SAXSdb — 9x1o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA helicase

Thermococcus kodakarensis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–592 链 B； UniProt 1–592 链 C； UniProt 1–592 链 D； UniProt 1–592 链 E； UniProt 1–592 链 F； UniProt 1–592	未记录	;5'-3' nuclease, encoded next to Rad50 and Mre11 homologs ; × 2 （Q5JHL5） DNA × 1 DNA × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MN MANGANESE (II) ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9X1O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9X1L The cryo-EM structure of HerA-NurA complex with AMPPNP from Thermococcus kodakarensis 提交 2025-10-02	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–592（592 aa）链 B 1–592（592 aa）链 C 1–592（592 aa）链 D 1–592（592 aa）链 E 1–592（592 aa）链 F 1–592（592 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9X1M The cryo-EM structure of HerA-NurA complex with AMPPNP and dsDNA from Thermococcus kodakarensis 提交 2025-10-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–592（592 aa）链 B 1–592（592 aa）链 C 1–592（592 aa）链 D 1–592（592 aa）链 E 1–592（592 aa）链 F 1–592（592 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MN MANGANESE (II) ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
9X1N The cryo-EM structure of HerA-NurA complex with ATPgammaS and dsDNA from Thermococcus kodakarensis (State 1) 提交 2025-10-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–592（592 aa）链 B 1–592（592 aa）链 C 1–592（592 aa）链 D 1–592（592 aa）链 E 1–592（592 aa）链 F 1–592（592 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MN MANGANESE (II) ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9X1P The cryo-EM structure of HerA-NurA complex with ATPgammaS and dsDNA from Thermococcus kodakarensis (State 3) 提交 2025-10-02	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–592（592 aa）链 B 1–592（592 aa）链 C 1–592（592 aa）链 D 1–592（592 aa）链 E 1–592（592 aa）链 F 1–592（592 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MN MANGANESE (II) ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5JHP7_THEKO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592 作者链 B； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592 作者链 C； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592 作者链 D； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592 作者链 E； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592 作者链 F； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592

;5'-3' nuclease, encoded next to Rad50 and Mre11 homologs ;

Thermococcus kodakarensis

UniProt Q5JHL5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 1–443 链 H； UniProt 1–443	突变：D49A	DNA helicase × 6 （Q5JHP7） DNA × 1 DNA × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MN MANGANESE (II) ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9X1O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9X1L The cryo-EM structure of HerA-NurA complex with AMPPNP from Thermococcus kodakarensis 提交 2025-10-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 1–443（443 aa）链 H 1–443（443 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9X1M The cryo-EM structure of HerA-NurA complex with AMPPNP and dsDNA from Thermococcus kodakarensis 提交 2025-10-02	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 G 1–443（443 aa）链 H 1–443（443 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MN MANGANESE (II) ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
9X1N The cryo-EM structure of HerA-NurA complex with ATPgammaS and dsDNA from Thermococcus kodakarensis (State 1) 提交 2025-10-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 G 1–443（443 aa）链 H 1–443（443 aa）	突变：D49A 突变：D49A	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MN MANGANESE (II) ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9X1P The cryo-EM structure of HerA-NurA complex with ATPgammaS and dsDNA from Thermococcus kodakarensis (State 3) 提交 2025-10-02	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 G 1–443（443 aa）链 H 1–443（443 aa）	突变：D49A 突变：D49A	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MN MANGANESE (II) ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5JHL5_THEKO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–443； UniProt 1–443 作者链 H； PDB构建体 1–443； UniProt 1–443

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9x1o
沉积日期 deposition_date	2025-10-02
结构标题 title	The cryo-EM structure of HerA-NurA complex with ATPgammaS and dsDNA from Thermococcus kodakarensis (State 2)
关键词 keywords	HerA, Helicase, NurA, Nuclease, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.29 Å
零角强度 I(0) i0	3645710000.00
分子量 molecular_weight	497970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	620050 Å³
包络体积 envelope_volume	887350 Å³
水化壳体积 shell_volume	134680 Å³
包络直径 envelope_diameter	177.2 Å
壳层 Rg shell_rg	60.85 Å
包络 Rg envelope_rg	51.19 Å
形状 Rg shape_rg	52.33 Å
总 Rg total_rg	52.37 Å
总原子数 total_atoms	34977
残基数 n_residues	4318
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	175.9 Å
Rg (实空间) rg_real	52.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6460e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3910e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3647000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8644
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.288
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.312
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	778600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.874

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA helicase
分子量 formula_weight	66118.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	34977

MRIAEDINKPVGIVTGEATVSSFQFYAHPDTDLKFGDFVVARLCKEAKDQNCRWGENEEGVEWVIGTIRGLKNINWLLSEGKSTYTSLELDIREYGESIGENEALIVTVHVLGKVQLNGEKAEVVPTRVPVPNGNRVYLASSDLLRAIYYGGNGYIELGRLIIREDVPVYLNVNELVSRHFAILAVTGAGKSNTVSVMLWKLVEELGGTVIVLDPHGDYTKLSLPGTGREYVNLIEAKIRPEAMDGEELADLMEIQSNASIQRSYLLRAWDTVLHENQGIGGREAVKLVHDLLQRWASEGGGTYWDPHAGQYRDLGEIKSAEKETIMRLTMKVSRFLRNYGHLLSSEDIVALIEPGKVNVIDLGPLDEGQMKLVVAKFLEKVFETRMDYEKARKRLDYLRTAYSSNISAVSDEINELEEFLRGVEKNYPALAEPVMVIVEEAHIFAPHGEKGGAVRILGRIAREGRKFGVGLGLVSQRPSRLSEDVLSQTNTKIIMRIVNPNDQQYVVRASEQVSGELMSDIAGLGKGEAVIVGQAISLPALVKIYNFKALGGNYGGEDIGAVERWLERKRRELEEKEKEEMYEEEGIEVDF

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	311400
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-3' nuclease, encoded next to Rad50 and Mre11 homologs ;
分子量 formula_weight	50991.7 kDa
突变 mutation	D49A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MYRLIDRRSVDRIKALLERGYREAESKLAEIEWKPLPKERKQTRVYAVAGSQGKQRLSGTIFYAVSSYAFGNGPAYRLVYTNAMLYNQGISDQIIRLQMETLENKLGYLSAKLGDVDYVMMDGTLTGSLTRPPVYPESVKGLTTIENALGKGKLKELVKKFVSLLDEHYKELEDGLREKGKINGNVILADEKLEEFEEFYKAMKGYKVRDFAGTTPRGIKISRATIDEYLKGRKSAEEIFQELLNEYGEERELSLDDARNAVHVVLGYLEYLYSLEKLLRLNLVYVAKSFYNRKLTQKLGIDIVDVPYLDAYLRKRFGEEIPGYFIITQGGKAISHKMPKVLRETFPLVEHYIEHGVPMAYVRTMKGGVIYLLQSNREVDDDLLSEILWHESNGYFRPLQRAHEGVKIEKKAFEAELKALLNIIKAESPELRVFLKYGRSPLE

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	311400
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA
分子量 formula_weight	9351.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA
分子量 formula_weight	9080.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	60765

fit	/app/data/saxs_computation/x1/9x1o/9x1o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x1/9x1o/9x1o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x1/9x1o/9x1o.dat

The cryo-EM structure of HerA-NurA complex with ATPgammaS and dsDNA from Thermococcus kodakarensis (State 2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA helicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;5'-3' nuclease, encoded next to Rad50 and Mre11 homologs ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)