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9x7s

sheathed filament of the spirochete periplasmic flagella of Leptospira biflexa from the flaA2-complemented stain

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 250.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellin

物种未注明

UniProt B0SQZ5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–282 链 D； UniProt 1–282 链 G； UniProt 1–282 链 J； UniProt 1–282 链 M； UniProt 1–282 链 P； UniProt 1–282 链 S； UniProt 1–282 链 V； UniProt 1–282 链 Y； UniProt 1–282 链 b； UniProt 1–282 链 e； UniProt 1–282 未记录 Bacterial flagellar sheath protein × 7 （B0STJ8） Bacterial flagellar sheath protein × 6 （B0SR03） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9X7S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9X7V Sheathed filament of the spirochete periplasmic flagella of Leptospira biflexa from the deleted fcpB_CL13 strain 提交 2025-10-17 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–282（282 aa）
链 D 1–282（282 aa）
链 G 1–282（282 aa）
链 J 1–282（282 aa）
链 M 1–282（282 aa）
链 P 1–282（282 aa）
链 S 1–282（282 aa）
链 V 1–282（282 aa）
链 Y 1–282（282 aa）
链 b 1–282（282 aa）
链 e 1–282（282 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9X80 sheathed filament of the spirochete periplasmic flagella of Leptospira biflexa wild type 提交 2025-10-18 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric
链 A 1–282（282 aa）
链 D 1–282（282 aa）
链 G 1–282（282 aa）
链 J 1–282（282 aa）
链 M 1–282（282 aa）
链 P 1–282（282 aa）
链 S 1–282（282 aa）
链 V 1–282（282 aa）
链 Y 1–282（282 aa）
链 b 1–282（282 aa）
链 e 1–282（282 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B0SQZ5_LEPBP
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 D； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 G； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 J； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 M； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 P； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 S； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 V； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 Y； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 b； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 e； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282

Bacterial flagellar sheath protein

物种未注明

UniProt B0STJ8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–300 链 K； UniProt 1–300 链 N； UniProt 1–300 链 Q； UniProt 1–300 链 Z； UniProt 1–300 链 c； UniProt 1–300 链 f； UniProt 1–300 未记录 Flagellin × 11 （B0SQZ5） Bacterial flagellar sheath protein × 6 （B0SR03） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9X7S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6NQW Flagellar protein FcpA from Leptospira biflexa - hexagonal form 提交 2019-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 34–300（267 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 40 PO4 PHOSPHATE ION × 12 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；PEG 8000, Na/K phosphate, NaCl
分辨率 1.90 Å R-free 0.219
6NQX Flagellar protein FcpA from Leptospira biflexa / primitive monoclinic form 提交 2019-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 34–300（267 aa） 片段：residues 34-300
链 B 34–300（267 aa） 片段：residues 34-300
链 C 34–300（267 aa） 片段：residues 34-300
链 D 34–300（267 aa） 片段：residues 34-300
未记录 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 4000, TrisHCl
分辨率 2.95 Å R-free 0.222
6NQY Flagellar protein FcpA from Leptospira biflexa / ab-centered monoclinic form 提交 2019-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–300（267 aa） 片段：residues 34-300
链 B 34–300（267 aa） 片段：residues 34-300
未记录 GOL GLYCEROL × 4 IOD IODIDE ION × 29 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, TrisHCl
分辨率 2.50 Å R-free 0.221
6PWB Rigid body fitting of flagellin FlaB, and flagellar coiling proteins, FcpA and FcpB, into a 10 Angstrom structure of the asymmetric flagellar filament purified from Leptospira biflexa Patoc WT cells resolved via subtomogram averaging 提交 2019-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 163 PDB 声明：163-meric
链 AL 55–291（237 aa）
链 AM 55–291（237 aa）
链 AU 55–291（237 aa）
链 BE 55–291（237 aa）
链 BF 55–291（237 aa）
链 BG 55–291（237 aa）
链 BH 55–291（237 aa）
链 BN 55–291（237 aa）
链 BP 55–291（237 aa）
链 BZ 55–291（237 aa）
链 CA 55–291（237 aa）
链 CB 55–291（237 aa）
链 CC 55–291（237 aa）
链 CI 55–291（237 aa）
链 CK 55–291（237 aa）
链 CU 55–291（237 aa）
链 CV 55–291（237 aa）
链 CW 55–291（237 aa）
链 CX 55–291（237 aa）
链 DD 55–291（237 aa）
链 DF 55–291（237 aa）
链 DP 55–291（237 aa）
链 DQ 55–291（237 aa）
链 DR 55–291（237 aa）
链 DS 55–291（237 aa）
链 DY 55–291（237 aa）
链 EA 55–291（237 aa）
链 EK 55–291（237 aa）
链 EL 55–291（237 aa）
链 EM 55–291（237 aa）
链 EN 55–291（237 aa）
链 ET 55–291（237 aa）
链 EV 55–291（237 aa）
链 FF 55–291（237 aa）
链 FG 55–291（237 aa）
链 FH 55–291（237 aa）
链 FI 55–291（237 aa）
链 FO 55–291（237 aa）
链 FQ 55–291（237 aa）
链 GA 55–291（237 aa）
链 GB 55–291（237 aa）
链 GC 55–291（237 aa）
链 GJ 55–291（237 aa）
链 GL 55–291（237 aa）
链 GV 55–291（237 aa）
链 GW 55–291（237 aa）
链 HE 55–291（237 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；Tris-HCl or ddH20, pH6.8 with <1% sodium azide as a preservative. FIDUCIAL MARKERS: Prior to vitrification, 1 uL of 6x concentrated Gold Tracer beads (10 nm colloidal gold) were mixed with 2 uL of purified flagella. To each grid, 3 uL of this mixture were applied.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；2 minute incubation time; blot time of 6-7.5 seconds; and blot offset of -2 mm
分辨率 9.83 Å
9X7V Sheathed filament of the spirochete periplasmic flagella of Leptospira biflexa from the deleted fcpB_CL13 strain 提交 2025-10-17 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–300（300 aa）
链 K 1–300（300 aa）
链 N 1–300（300 aa）
链 Q 1–300（300 aa）
链 Z 1–300（300 aa）
链 c 1–300（300 aa）
链 f 1–300（300 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9X80 sheathed filament of the spirochete periplasmic flagella of Leptospira biflexa wild type 提交 2025-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric
链 K 1–300（300 aa）
链 N 1–300（300 aa）
链 Q 1–300（300 aa）
链 Z 1–300（300 aa）
链 c 1–300（300 aa）
链 f 1–300（300 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B0STJ8_LEPBP
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 K； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 N； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 Q； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 Z； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 c； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 f； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300

Bacterial flagellar sheath protein

物种未注明

UniProt B0SR03

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 L； UniProt 1–277 链 O； UniProt 1–277 链 R； UniProt 1–277 链 a； UniProt 1–277 链 d； UniProt 1–277 链 g； UniProt 1–277 未记录 Flagellin × 11 （B0SQZ5） Bacterial flagellar sheath protein × 7 （B0STJ8） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9X7S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6PWB Rigid body fitting of flagellin FlaB, and flagellar coiling proteins, FcpA and FcpB, into a 10 Angstrom structure of the asymmetric flagellar filament purified from Leptospira biflexa Patoc WT cells resolved via subtomogram averaging 提交 2019-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 163 PDB 声明：163-meric
链 AO 37–257（221 aa）
链 BI 37–257（221 aa）
链 BJ 37–257（221 aa）
链 BK 37–257（221 aa）
链 BO 37–257（221 aa）
链 CD 37–257（221 aa）
链 CE 37–257（221 aa）
链 CF 37–257（221 aa）
链 CJ 37–257（221 aa）
链 CY 37–257（221 aa）
链 CZ 37–257（221 aa）
链 DA 37–257（221 aa）
链 DE 37–257（221 aa）
链 DT 37–257（221 aa）
链 DU 37–257（221 aa）
链 DV 37–257（221 aa）
链 DZ 37–257（221 aa）
链 EO 37–257（221 aa）
链 EP 37–257（221 aa）
链 EQ 37–257（221 aa）
链 EU 37–257（221 aa）
链 FJ 37–257（221 aa）
链 FK 37–257（221 aa）
链 FL 37–257（221 aa）
链 FP 37–257（221 aa）
链 GE 37–257（221 aa）
链 GF 37–257（221 aa）
链 GG 37–257（221 aa）
链 GK 37–257（221 aa）
链 GZ 37–257（221 aa）
链 HB 37–257（221 aa）
链 HF 37–257（221 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；Tris-HCl or ddH20, pH6.8 with <1% sodium azide as a preservative. FIDUCIAL MARKERS: Prior to vitrification, 1 uL of 6x concentrated Gold Tracer beads (10 nm colloidal gold) were mixed with 2 uL of purified flagella. To each grid, 3 uL of this mixture were applied.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；2 minute incubation time; blot time of 6-7.5 seconds; and blot offset of -2 mm
分辨率 9.83 Å
9LRY Straight and symmetrical filament of the spirochete periplasmic flagella of Leptospira biflexa 提交 2025-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–277（277 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9X80 sheathed filament of the spirochete periplasmic flagella of Leptospira biflexa wild type 提交 2025-10-18 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric
链 L 1–277（277 aa）
链 O 1–277（277 aa）
链 R 1–277（277 aa）
链 a 1–277（277 aa）
链 d 1–277（277 aa）
链 g 1–277（277 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B0SR03_LEPBP
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 L； PDB构建体 1–277； UniProt 1–277 作者链 O； PDB构建体 1–277； UniProt 1–277 作者链 R； PDB构建体 1–277； UniProt 1–277 作者链 a； PDB构建体 1–277； UniProt 1–277 作者链 d； PDB构建体 1–277； UniProt 1–277 作者链 g； PDB构建体 1–277； UniProt 1–277

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9x7s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9x7s
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9x7s
沉积日期 deposition_date2025-10-17
结构标题 titlesheathed filament of the spirochete periplasmic flagella of Leptospira biflexa from the flaA2-complemented stain
关键词 keywordsFilament, Flagellar motor, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier76.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron76.82 Å
零角强度 I(0) i07410790000.00
分子量 molecular_weight715470.0 kDa
排除体积 excluded_volume890320 ų
包络体积 envelope_volume1802800 ų
水化壳体积 shell_volume193070 ų
包络直径 envelope_diameter239.1 Å
壳层 Rg shell_rg81.37 Å
包络 Rg envelope_rg71.73 Å
形状 Rg shape_rg76.84 Å
总 Rg total_rg76.83 Å
总原子数 total_atoms50274
残基数 n_residues6218
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax250.3 Å
Rg (实空间) rg_real76.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.31 Å
I(0) (实空间) i0_real7.4110e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8570e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal78.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7432000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8496
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary100.1 Å
偏度 Skewness skewness0.010
峰度 Kurtosis kurtosis-0.633
角度范围 angular_range— – 0.1000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha612500000.0000
实空间数据点数 n_real_points21
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.941; Smooth: 0.505
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)