SAXSdb — 9xcg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein Csy3

Pectobacterium atrosepticum SCRI1043

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 26 RNA 1 PDB 声明：27-meric（27）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–337 链 B； UniProt 1–337 链 C； UniProt 1–337 链 D； UniProt 1–337 链 E； UniProt 1–337 链 F； UniProt 1–337 链 G； UniProt 1–337 链 H； UniProt 1–337 链 I； UniProt 1–337 链 J； UniProt 1–337 链 K； UniProt 1–337 链 L； UniProt 1–337 链 N； UniProt 1–337 链 O； UniProt 1–337 链 P； UniProt 1–337 链 Q； UniProt 1–337 链 S； UniProt 1–337 链 T； UniProt 1–337 链 U； UniProt 1–337 链 V； UniProt 1–337 链 W； UniProt 1–337 链 Y； UniProt 1–337 链 Z； UniProt 1–337 链 a； UniProt 1–337 链 b； UniProt 1–337 链 f； UniProt 1–337	未记录	RNA (159-MER) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.85 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9XCG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9IRF Cryo-EM Structure of csy1-4 with crRNA 提交 2024-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric	链 C 1–337（337 aa）链 D 1–337（337 aa）链 E 1–337（337 aa）链 F 1–337（337 aa）链 G 1–337（337 aa）链 H 1–337（337 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9IRG Cryo-EM Structure of RNA 提交 2024-07-16	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 26 PDB 声明：27-meric	链 A 1–337（337 aa）链 B 1–337（337 aa）链 C 1–337（337 aa）链 D 1–337（337 aa）链 E 1–337（337 aa）链 F 1–337（337 aa）链 G 1–337（337 aa）链 H 1–337（337 aa）链 I 1–337（337 aa）链 J 1–337（337 aa）链 K 1–337（337 aa）链 L 1–337（337 aa）链 N 1–337（337 aa）链 O 1–337（337 aa）链 P 1–337（337 aa）链 Q 1–337（337 aa）链 S 1–337（337 aa）链 T 1–337（337 aa）链 U 1–337（337 aa）链 V 1–337（337 aa）链 W 1–337（337 aa）链 Y 1–337（337 aa）链 Z 1–337（337 aa）链 a 1–337（337 aa）链 b 1–337（337 aa）链 f 1–337（337 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.59 Å
9IRI Cryo-EM Structure of D-RNA 提交 2024-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：undecameric	链 A 1–337（337 aa）链 C 1–337（337 aa）链 D 1–337（337 aa）链 E 1–337（337 aa）链 F 1–337（337 aa）链 G 1–337（337 aa）链 I 1–337（337 aa）链 J 1–337（337 aa）链 K 1–337（337 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9XCF Cryo-EM structure of csy3 with crRNA 提交 2025-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 30 PDB 声明：31-meric	链 A 1–337（337 aa）链 B 1–337（337 aa）链 C 1–337（337 aa）链 D 1–337（337 aa）链 E 1–337（337 aa）链 F 1–337（337 aa）链 G 1–337（337 aa）链 H 1–337（337 aa）链 I 1–337（337 aa）链 J 1–337（337 aa）链 K 1–337（337 aa）链 L 1–337（337 aa）链 N 1–337（337 aa）链 O 1–337（337 aa）链 P 1–337（337 aa）链 Q 1–337（337 aa）链 S 1–337（337 aa）链 T 1–337（337 aa）链 U 1–337（337 aa）链 V 1–337（337 aa）链 W 1–337（337 aa）链 Y 1–337（337 aa）链 Z 1–337（337 aa）链 a 1–337（337 aa）链 b 1–337（337 aa）链 f 1–337（337 aa）链 i 1–337（337 aa）链 o 1–337（337 aa）链 p 1–337（337 aa）链 q 1–337（337 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.58 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSY3_PECAS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 B； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 C； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 D； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 E； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 F； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 G； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 H； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 I； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 J； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 K； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 L； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 N； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 O； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 P； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 Q； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 S； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 T； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 U； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 V； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 W； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 Y； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 Z； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 a； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 b； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 f； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9xcg
沉积日期 deposition_date	2025-10-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of csy3 with crRNA
关键词 keywords	CRISPR-Cas system, IMMUNE SYSTEM-RNA complex; IMMUNE SYSTEM/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	94.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	96.25 Å
零角强度 I(0) i0	14627800000.00
分子量 molecular_weight	986960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1217800 Å³
包络体积 envelope_volume	2249700 Å³
水化壳体积 shell_volume	211610 Å³
包络直径 envelope_diameter	352.4 Å
壳层 Rg shell_rg	82.29 Å
包络 Rg envelope_rg	91.44 Å
形状 Rg shape_rg	96.27 Å
总 Rg total_rg	96.06 Å
总原子数 total_atoms	134796
残基数 n_residues	8678
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	272.6 Å
Rg (实空间) rg_real	92.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4210e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9090e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	89.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14390000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8493
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	85.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.523
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.413
角度范围 angular_range	— – 0.0800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0110
最高正则化参数 α highest_alpha	2617000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	17
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.002; Oscil: 0.638; Stabil: 0.982; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.206

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csy3
分子量 formula_weight	36948.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	26

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,E,F,G,I,J,K,L,B,H,N,O,P,Q,S,T,U,V,W,Y,Z,a,b,f
原子数 atom_count	134796

MAKAATTLKTASVLAFERKLANSDALMYAGNWAQQDNWTAIAIQEKSVRGTISNRLKNALTSDPAKLDAEIQKANLQKVDVAALPFGADTLKIVFTLRVLGNLAQPSVCNDQDYQTALGDIITGYAQEQGFSTLAARYAENIANGRFLWRNRVGAEAIRVVVTKKGERSWEFNGEDYSLRQFSQPAGDLAALTQAIEKGLAGDASALFTVEAYVQLGNGQEVFPSQELVLDEKARNGKSKILYQVNDVAAIHSQKIGNALRTIDDWYPAADEAGPIAVEPYGSVTSRGKAYRQPREKMDFYTLLDNWVIKGDVPMPEQQHYVIATLIRGGVFGEKGE

来源 Source

来源生物 organism	Pectobacterium atrosepticum SCRI1043
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	218491
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA (159-MER)
分子量 formula_weight	51550.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	M

ACGGCGAAAGCGGGCUUGAAAUUCACGGCGAAAUUCACGGCGGGCUUGAAAUUCACGGCGGGAUUCACGGCGGGCUUGAAAUUCACGGCGAAAUUCACGGCGGGCUUGAAAUUCACGGCGAAAUUCACGGCGGGCUUGAAAUUCACGGCGGGAUUCACG

来源 Source

来源生物 organism	Thiocystis violascens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	73141
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.85 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	140643

fit	/app/data/saxs_computation/xc/9xcg/9xcg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xc/9xcg/9xcg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xc/9xcg/9xcg.dat

Cryo-EM structure of csy3 with crRNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein Csy3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)