9xs1

Crystal structure of FOXM1 DNA binding domain to specific dsDNA substrate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Forkhead box protein M1

Homo sapiens

UniProt Q08050

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 223–360 链 G; UniProt 223–360 片段:DNA binding domain ;DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3') ; × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;289 K;10% PEG 20000, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.0) and 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate 分辨率 2.50 Å R-free 0.249
2 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 223–360 片段:DNA binding domain ;DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3') ; × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;289 K;10% PEG 20000, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.0) and 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate 分辨率 2.50 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FOXM1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–138; UniProt 223–360 作者链 D; PDB构建体 1–138; UniProt 223–360 作者链 G; PDB构建体 1–138; UniProt 223–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9xs1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9xs1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9xs1
沉积日期 deposition_date2025-11-20
最后修订 last_revision2026-04-15
结构标题 titleCrystal structure of FOXM1 DNA binding domain to specific dsDNA substrate
关键词 keywordstranscription factor, DNA-binding domain, DNA BINDING PROTEIN/DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.77
零角强度 I(0) i084554400.00
分子量 molecular_weight54382.0 kDa
排除体积 excluded_volume60099 ų
包络体积 envelope_volume89721 ų
水化壳体积 shell_volume27234 ų
包络直径 envelope_diameter97.2
壳层 Rg shell_rg34.39
包络 Rg envelope_rg28.13
形状 Rg shape_rg28.66
总 Rg total_rg29.44
总原子数 total_atoms3717
残基数 n_residues310
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.5
Rg (实空间) rg_real30.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75
I(0) (实空间) i0_real8.4550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal84560000.0000
解质量估计 total_estimate0.8954
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.4
偏度 Skewness skewness0.080
峰度 Kurtosis kurtosis-0.636
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3917000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.836

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)