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9y33

Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 363K, formyl-Methionine N-terminus

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 35.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rubredoxin

Pyrococcus furiosus

UniProt P24297

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–54 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0 分辨率 1.35 Å R-free 0.154

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9Y33 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BQ8 Rubredoxin (Methionine Mutant) from Pyrococcus Furiosus 提交 1998-08-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.6M NA,K PHOSPHATE, pH 8.5, vapor diffusion
分辨率 1.10 Å R-free 0.149
1BQ9 Rubredoxin (Formyl Methionine Mutant) from Pyrococcus Furiosus 提交 1998-08-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
突变：FMET INSERTED IN N-TERMINAL POSITION 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.6M NA,K PHOSPHATE, pH 8.5, vapor diffusion
分辨率 1.20 Å R-free 0.166
1BRF Rubredoxin (Wild Type) from Pyrococcus Furiosus 提交 1998-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–53（53 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.6M NA,K PHOSPHATE, pH 8.5, vapor diffusion
分辨率 0.95 Å R-free 0.162
1CAA X-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF THE OXIDIZED AND REDUCED FORMS OF THE RUBREDOXIN FROM THE MARINE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEBACTERIUM PYROCOCCUS FURIOSUS 提交 1992-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–53（53 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1CAD X-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF THE OXIDIZED AND REDUCED FORMS OF THE RUBREDOXIN FROM THE MARINE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEBACTERIUM PYROCOCCUS FURIOSUS 提交 1992-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–53（53 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1IU5 X-ray Crystal Structure of the rubredoxin mutant from Pyrococcus Furiosus 提交 2002-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–53（53 aa）
突变：W3Y, I23V, L32I FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；Na/K phosphate, VAPOR DIFFUSION
分辨率 1.50 Å R-free 0.203
1IU6 Neutron Crystal Structure of the rubredoxin mutant from Pyrococcus Furiosus 提交 2002-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–53（53 aa）
突变：W3Y, I23V, L32I FE FE (III) ION × 1 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；Na/K phosphate, VAPOR DIFFUSION
分辨率 1.60 Å R-free 0.228
1QCV RUBREDOXIN VARIANT (PFRD-XC4) FOLDS WITHOUT IRON 提交 1999-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–53（53 aa）
突变：C5L C8T C38A C41T 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）225mM；压力 1
NMR样品组成 1.5MM PFRD-XC4 ACETATE-D3 PH 6.3; 200MM NACL; 90/10 H2O/D2O
分辨率未提供
1RWD Backbone NMR Structure of a Mutant P. Furiosus Rubredoxin Using Residual Dipolar Couplings 提交 2003-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–53（53 aa）
突变：W3Y, I23V, L32I 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 4.5 mM Rubredoxin U-15N; 50 mM Na Phosphate; 100 mM NaCl; pH 6.3 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2.5 mM Rubredoxin U-15N; 50 mM Na Phosphate ; 50 mM NaCl; pH 6.3; 7% Bicelle (3:1 DMPC:DHPC with 4% CTAB relative to DMPC) | Bicelles in 90% H2O, 10% D2O
NMR样品组成 4.5 mM Rubredoxin U-15N; 50 mM Na Phosphate; 100 mM NaCl; pH 6.3; PF1 phage sample | Phage in 90% H2O, 10% D2O
分辨率未提供
1VCX Neutron Crystal Structure of the Wild Type Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 1.5A Resolution 提交 2004-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–53（53 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Macroseeding；pH 8；298 K；sodium dihydrogen phosphate, dipotassium hydrogen phosphate, pH 8.0, Macroseeding, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.217
1ZRP SOLUTION-STATE STRUCTURE BY NMR OF ZINC-SUBSTITUTED RUBREDOXIN FROM THE MARINE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEBACTERIUM PYROCOCCUS FURIOSUS 提交 1992-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–53（53 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–54（54 aa）
突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–54（54 aa）
突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–54（54 aa）
突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1–54（54 aa）
突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 1–54（54 aa）
突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 1–54（54 aa）
突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.04 Å R-free 0.180
2PVX NMR and X-ray Analysis of Structural Additivity in Metal Binding Site-Swapped Hybrids of Rubredoxin 提交 2007-05-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 1–54（54 aa）
突变：A2K,K7T,I8V,I41L,A44V,P45G,S47D,E48Q ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；62% Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.04 Å R-free 0.180
3KYU X-ray crystal structure determination of fully perdeuterated rubredoxin at 100K 提交 2009-12-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop
分辨率 1.10 Å R-free 0.125
3KYV Denovo X-ray crystal structure determination of H-labeled perdeuterated rubredoxin at 100K 提交 2009-12-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop
分辨率 1.10 Å R-free 0.147
3KYW Xray crystal structure determination of H-labeled perdeuterated rubredoxin at 295K 提交 2009-12-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop
分辨率 1.10 Å R-free 0.165
3KYX Joint Xray/neutron crystal structure determination of fully perdeuterated rubredoxin at 295K 提交 2009-12-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 实验方法未声明
X-ray结晶条件 hanging drop；3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop
分辨率 1.68 Å R-free 0.197
3KYY Joint Xray/neutron crystal structure determination of H-labeled perdeuterated rubredoxin at 295K 提交 2009-12-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 实验方法未声明
X-ray结晶条件 3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop
分辨率 1.10 Å
3RYG 128 hours neutron structure of perdeuterated rubredoxin 提交 2011-05-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9 M sodium/potassium phosphate sitting drop equilibrated against 3.8 m sodium/potassium phosphate reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.200
3RZ6 Neutron structure of perdeuterated rubredoxin using 40 hours 1st pass data 提交 2011-05-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9 M sodium/potassium phosphate sitting drop equilibrated against 3.8 m sodium/potassium phosphate reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.238
3RZT Neutron structure of perdeuterated rubredoxin using rapid (14 hours) data 提交 2011-05-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9 M sodium/potassium phosphate sitting drop equilibrated against 3.8 m sodium/potassium phosphate reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.249
3SS2 Neutron structure of perdeuterated rubredoxin using 48 hours 3rd pass data 提交 2011-07-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9m sodium/potassium phosphate sitting drop equilibrated against 3.8 m sodium/potassium phosphate reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.242
4AR3 Near-atomic resolution neutron crystallography on the oxidised form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin. 提交 2012-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 D8U deuterium(1+) × 4 D3O trideuteriooxidanium × 4 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5
分辨率 1.05 Å R-free 0.237
4AR4 Neutron crystallographic structure of the reduced form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin to 1.38 Angstrom resolution. 提交 2012-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 D8U deuterium(1+) × 2 D3O trideuteriooxidanium × 4 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；pH 6.2
分辨率 1.38 Å R-free 0.226
4AR5 X-ray crystallographic structure of the oxidised form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin in D2O at 295K (in quartz capillary) to 1.00 Angstrom resolution. 提交 2012-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.00 Å R-free 0.119
4AR6 X-ray crystallographic structure of the reduced form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin at 295 K (in quartz capillary) to 0.92 Angstroms resolution. 提交 2012-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；pH 6.2
分辨率 0.92 Å R-free 0.136
4K9F Neutron structure of Perdeuterated Rubredoxin refined against 1.75 resolution data collected on the new IMAGINE instrument at HFIR, ORNL 提交 2013-04-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mg/ml rubredoxin in 1.9 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE sitting drop equilibrated against 3.8 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.241
5AI2 Anomalous Neutron phased crystal structure of 113Cd-substituted Perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin to 1.75A resolution at 295K 提交 2015-02-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 1 D8U deuterium(1+) × 3 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5
分辨率 1.75 Å R-free 0.286
5AI3 X-ray structure of 113Cd-substituted Perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin to 1.02A resolution at 295K in a quartz capillary 提交 2015-02-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；3.8 M NAH2PO4, 3.8M K2HPO4 IN MORE THAN 99.7 PERCENT PURE D2O, pH 6.5
分辨率 1.02 Å R-free 0.126
5NW3 The cryofrozen atomic resolution X-ray crystal structure of perdeuterated Pyrococcus furiosus Rubredoxin (100K, 0.59A resolution) 提交 2017-05-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；seeded 3.4M equimolar Na/K phosphate buffer
分辨率 0.59 Å R-free 0.146
5OME The cryofrozen atomic resolution X-ray crystal structure of the reduced form (Fe2+) perdeuterated Pyrococcus furiosus Rubredoxin in D2O (100K, 0.75 Angstrom resolution) 提交 2017-07-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；SEEDED 3.4M EQUIMOLAR NA/K PHOSPHATE BUFFER
分辨率 0.75 Å R-free 0.121
9BKL Cobalt substituted rubredoxin from Pyrococcus furiosus solved by Co/S-SAD 提交 2024-04-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.8M NaH2PO4, 3.8M K2HPO4 (1:1, v/v)
分辨率 1.70 Å R-free 0.183
9BKP Crystal structure of rubredoxin from Pyrococcus furiosus reconstituted with FeCl3 solved by Fe/S-SAD 提交 2024-04-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M Tris pH 8.4, 2.2M ammonium sulfate, 30% MPD
分辨率 1.80 Å R-free 0.185
9BKT Crystal structure of rubredoxin from Pyrococcus furiosus reconstituted with FeSO4 solved by Fe/S-SAD 提交 2024-04-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 FE2 FE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M tris pH 8.4 2.2 M ammonium sulfate 30% MPD
分辨率 1.80 Å R-free 0.166
9XZU Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 100K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-27 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 0.82 Å R-free 0.148
9Y00 Zinc Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 140K, A2 Nterminus 提交 2025-08-28 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 0.83 Å R-free 0.140
9Y0Y Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 180K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-29 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 0.85 Å R-free 0.150
9Y0Z Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 200K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-29 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 0.86 Å R-free 0.149
9Y11 Zn Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 220K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-29 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 0.91 Å R-free 0.147
9Y1U Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 240K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-31 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 0.98 Å R-free 0.148
9Y28 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 260K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 1.01 Å R-free 0.143
9Y29 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 280K, Alanine-2 N terminus 提交 2025-08-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 1.08 Å R-free 0.144
9Y2E Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 100K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 0.78 Å R-free 0.140
9Y2G Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 293K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 1.14 Å R-free 0.158
9Y2Y Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 393K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 1.68 Å R-free 0.243
9Y30 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 383K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 1.53 Å R-free 0.190
9Y32 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 373K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 1.47 Å R-free 0.173
9Y37 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 353K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 1.84 Å R-free 0.253
9Y38 Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 313K, formyl-Methionine N-terminus 提交 2025-09-01 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–54（54 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.1 M NaCl with 3.6M Na,K PHOSPHATE, pH 8.0
分辨率 1.41 Å R-free 0.195

共 48 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RUBR_PYRFU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9y33

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9y33
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9y33
沉积日期 deposition_date2025-09-01
最后修订 last_revision2026-04-29
结构标题 titleRubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 363K, formyl-Methionine N-terminus
关键词 keywordsIRON-SULFUR PROTEIN, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.11 Å
零角强度 I(0) i0913902.00
分子量 molecular_weight6151.0 kDa
排除体积 excluded_volume7585 ų
包络体积 envelope_volume8035 ų
水化壳体积 shell_volume7082 ų
包络直径 envelope_diameter34.2 Å
壳层 Rg shell_rg15.24 Å
包络 Rg envelope_rg10.41 Å
形状 Rg shape_rg10.05 Å
总 Rg total_rg11.66 Å
总原子数 total_atoms425
残基数 n_residues53
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax35.5 Å
Rg (实空间) rg_real11.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real9.1390e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.4940e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal913900.0000
解质量估计 total_estimate0.8998
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.7 Å
偏度 Skewness skewness0.036
峰度 Kurtosis kurtosis-0.392
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha70520.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.962
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)