9y51

PanDDA analysis -- Crystal Structure of Zika virus NS3 Helicase in complex with Z1563512128

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.1 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Zika virus NS3 helicase domain

Zika virus

UniProt Q32ZE1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1681–2115 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 M0J N-[(2S)-2-hydroxypropyl]-N'-phenylurea × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;291 K;11.5% PEG1000, 11.5% PEG3350, 11.5% MPD, 0.09 M NPS, 0.1 M MES-imidazole, pH 6.7 分辨率 1.73 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 263 个其他 PDB 条目、302 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_ZIKV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–435; UniProt 1681–2115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9y51

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9y51
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9y51
沉积日期 deposition_date2025-09-04
最后修订 last_revision2025-09-17
结构标题 titlePanDDA analysis -- Crystal Structure of Zika virus NS3 Helicase in complex with Z1563512128
关键词 keywordszika, helicase, pandda, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.27
零角强度 I(0) i042584500.00
分子量 molecular_weight49526.0 kDa
排除体积 excluded_volume61670 ų
包络体积 envelope_volume73118 ų
水化壳体积 shell_volume26866 ų
包络直径 envelope_diameter72.9
壳层 Rg shell_rg29.75
包络 Rg envelope_rg22.41
形状 Rg shape_rg22.28
总 Rg total_rg23.12
总原子数 total_atoms3475
残基数 n_residues435
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.1
Rg (实空间) rg_real23.17
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37
I(0) (实空间) i0_real4.2580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.21
I(0) (倒空间) i0_reciprocal42590000.0000
解质量估计 total_estimate0.9110
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.5
偏度 Skewness skewness0.158
峰度 Kurtosis kurtosis-0.539
角度范围 angular_range— – 0.3400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15660000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)