9yc0

Plasmodium falciparum M17 aminopeptidase (PfA-M17) bound to inhibitor 3ab (MIPS3413)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M17 leucyl aminopeptidase

Plasmodium falciparum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	ZINC ION × 12 CARBONATE ION × 6 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 20 SULFATE ION × 29 N-[(1R)-1-(1,3-benzothiazol-5-yl)-2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]-3,3-dimethylbutanamide × 6 PENTAETHYLENE GLYCOL × 16 DIMETHYL SULFOXIDE × 7 NONAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	ZINC ION × 12 CARBONATE ION × 6 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 16 SULFATE ION × 30 N-[(1R)-1-(1,3-benzothiazol-5-yl)-2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]-3,3-dimethylbutanamide × 5 PENTAETHYLENE GLYCOL × 21 DIMETHYL SULFOXIDE × 6 NONAETHYLENE GLYCOL × 1 N-[(1S)-1-(1,3-benzothiazol-5-yl)-2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]-3,3-dimethylbutanamide × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8IL11_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 B； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 C； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 D； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 E； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 F； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 G； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 H； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 I； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 J； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 K； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 L； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yc0
沉积日期 deposition_date	2025-09-17
结构标题 title	Plasmodium falciparum M17 aminopeptidase (PfA-M17) bound to inhibitor 3ab (MIPS3413)
关键词 keywords	M17 aminopeptidase, aminopeptidase inhibitor, P. falciparum, malaria, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9yc0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9yc0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9yc0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.33 Å
Rg（电子密度）	42.72 Å
总 Rg	42.95 Å
原子数	24170
残基数	3085
排除体积	432690 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9yc0__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9yc0__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	M17 leucyl aminopeptidase
分子量 formula_weight	58577.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.1
突变 mutation	N152Q, N515Q, N546Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	51849

ASEVPQVVSLDPTSIPIEYNTPIHDIKVQVYDIKGGCNVEEGLTIFLVNNPGKENGPVKISSKVNDKQVSEFLKDENMEKFNVKLGTSKHFYMFNDNKNSVAVGYVGCGSVADLSEADMKRVVLSLVTMLHDNKLSKLTVVFEINVDKNLFRFFLETLFYEYMTDERFKSTDKNVNMEYIKHLGVYINNADTYKEEVEKARVYYFGTYYASQLIAAPSNYCNPVSLSNAAVELAQKLNLEYKILGVKELEELKMGAYLSVGKGSMYPNKFIHLTYKSKGDVKKKIALVGKGITFDSGGYNLKAAPGSMIDLMKFDMSGCAAVLGCAYCVGTLKPENVEIHFLSAVCENMVSKNSYRPGDIITASNGKTIEVGNTDAEGRLTLADALVYAEKLGVDYIVDIATLTGAMLYSLGTSYAGVFGNNEELINKILQSSKTSNEPVWWLPIINEYRATLNSKYADINQISSSVKASSIVASLFLKEFVQNTAWAHIDIAGVSWNFKARKPKGFGVRLLTEFVLNDALHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CARBONATE ION
分子量 formula_weight	60.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	59

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	N-[(1R)-1-(1,3-benzothiazol-5-yl)-2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]-3,3-dimethylbutanamide
分子量 formula_weight	321.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	37

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	NONAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	414.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	N-[(1S)-1-(1,3-benzothiazol-5-yl)-2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]-3,3-dimethylbutanamide
分子量 formula_weight	321.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3492

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晶胞边长 a length_a	173.729 Å
晶胞边长 b length_b	176.510 Å
晶胞边长 c length_c	231.308 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.370 Å
最低分辨率 resolution_low	48.420 Å
R 因子 r_factor	0.2212
R_work r_work	0.2185
R_free r_free	0.2708

Plasmodium falciparum M17 aminopeptidase (PfA-M17) bound to inhibitor 3ab (MIPS3413)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M17 leucyl aminopeptidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9yc0__assembly_1__model_1

9yc0__assembly_1__model_1 | I(q)

9yc0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

7. 引用文献 (1)

Plasmodium falciparum M17 aminopeptidase (PfA-M17) bound to inhibitor 3ab (MIPS3413)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M17 leucyl aminopeptidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9yc0__assembly_1__model_1

9yc0__assembly_1__model_1 | I(q)

9yc0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

7. 引用文献 (1)