SAXSdb — 9yee

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar basal-body rod protein FlgG

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49）与蛋白拷贝数一致	链 Ba； UniProt 1–262 链 Bb； UniProt 1–262 链 Bc； UniProt 1–262 链 Bd； UniProt 1–262 链 Be； UniProt 1–262 链 Bf； UniProt 1–262 链 Bg； UniProt 1–262 链 Bh； UniProt 1–262 链 Bi； UniProt 1–262 链 Bj； UniProt 1–262 链 Bk； UniProt 1–262 链 Bl； UniProt 1–262 链 Bm； UniProt 1–262 链 Bn； UniProt 1–262 链 Bo； UniProt 1–262 链 Bp； UniProt 1–262 链 Bq； UniProt 1–262 链 Br； UniProt 1–262 链 Bs； UniProt 1–262 链 Bt； UniProt 1–262 链 Bu； UniProt 1–262 链 Bv； UniProt 1–262 链 Bw； UniProt 1–262 链 Bx； UniProt 1–262 链 By； UniProt 1–262 链 Bz； UniProt 1–262 链 Cb； UniProt 1–262	未记录	Flagellar basal-body rod protein FlgF × 5 （Q9KQ11） Flagellar hook protein FlgE × 17 （Q9KQ10）	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YEE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9YH6 Composite structure of the sheathed flagellar motor in Vibrio cholerae adopting a lower FOMC conformation 提交 2025-09-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 407 PDB 声明：407-meric	链 Aa 1–262（262 aa）链 Ab 1–262（262 aa）链 Ac 1–262（262 aa）链 Ad 1–262（262 aa）链 Ae 1–262（262 aa）链 Af 1–262（262 aa）链 Ag 1–262（262 aa）链 Ah 1–262（262 aa）链 Ai 1–262（262 aa）链 Aj 1–262（262 aa）链 Ak 1–262（262 aa）链 Al 1–262（262 aa）链 Am 1–262（262 aa）链 An 1–262（262 aa）链 Ao 1–262（262 aa）链 Ap 1–262（262 aa）链 Aq 1–262（262 aa）链 Ar 1–262（262 aa）链 As 1–262（262 aa）链 At 1–262（262 aa）链 Au 1–262（262 aa）链 Av 1–262（262 aa）链 Aw 1–262（262 aa）链 Ax 1–262（262 aa）链 Ay 1–262（262 aa）链 Az 1–262（262 aa）链 Bb 1–262（262 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.60 Å
9YH7 Composite structure of the sheathed flagellar motor in Vibrio cholerae adopting a higher FOMC conformation 提交 2025-09-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 407 PDB 声明：407-meric	链 Aa 1–262（262 aa）链 Ab 1–262（262 aa）链 Ac 1–262（262 aa）链 Ad 1–262（262 aa）链 Ae 1–262（262 aa）链 Af 1–262（262 aa）链 Ag 1–262（262 aa）链 Ah 1–262（262 aa）链 Ai 1–262（262 aa）链 Aj 1–262（262 aa）链 Ak 1–262（262 aa）链 Al 1–262（262 aa）链 Am 1–262（262 aa）链 An 1–262（262 aa）链 Ao 1–262（262 aa）链 Ap 1–262（262 aa）链 Aq 1–262（262 aa）链 Ar 1–262（262 aa）链 As 1–262（262 aa）链 At 1–262（262 aa）链 Au 1–262（262 aa）链 Av 1–262（262 aa）链 Aw 1–262（262 aa）链 Ax 1–262（262 aa）链 Ay 1–262（262 aa）链 Az 1–262（262 aa）链 Bb 1–262（262 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.60 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KQ12_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Ba； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bb； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bc； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bd； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Be； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bf； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bg； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bh； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bi； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bj； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bk； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bl； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bm； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bn； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bo； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bp； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bq； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Br； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bs； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bt； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bu； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bv； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bw； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bx； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 By； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Bz； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 Cb； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262

Flagellar basal-body rod protein FlgF

物种未注明

UniProt Q9KQ11

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49）与蛋白拷贝数一致	链 Ca； UniProt 1–249 链 Cc； UniProt 1–249 链 Cd； UniProt 1–249 链 Cv； UniProt 1–249 链 Cw； UniProt 1–249	未记录	Flagellar basal-body rod protein FlgG × 27 （Q9KQ12） Flagellar hook protein FlgE × 17 （Q9KQ10）	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YEE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9YH6 Composite structure of the sheathed flagellar motor in Vibrio cholerae adopting a lower FOMC conformation 提交 2025-09-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 407 PDB 声明：407-meric	链 Ba 1–249（249 aa）链 Bc 1–249（249 aa）链 Bd 1–249（249 aa）链 Bv 1–249（249 aa）链 Bw 1–249（249 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.60 Å
9YH7 Composite structure of the sheathed flagellar motor in Vibrio cholerae adopting a higher FOMC conformation 提交 2025-09-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 407 PDB 声明：407-meric	链 Ba 1–249（249 aa）链 Bc 1–249（249 aa）链 Bd 1–249（249 aa）链 Bv 1–249（249 aa）链 Bw 1–249（249 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.60 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KQ11_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Ca； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Cc； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Cd； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Cv； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Cw； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

Flagellar hook protein FlgE

物种未注明

UniProt Q9KQ10

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49）与蛋白拷贝数一致	链 Ce； UniProt 1–434 链 Cf； UniProt 1–434 链 Cg； UniProt 1–434 链 Ch； UniProt 1–434 链 Ci； UniProt 1–434 链 Cj； UniProt 1–434 链 Ck； UniProt 1–434 链 Cl； UniProt 1–434 链 Cm； UniProt 1–434 链 Cn； UniProt 1–434 链 Co； UniProt 1–434 链 Cp； UniProt 1–434 链 Cq； UniProt 1–434 链 Cr； UniProt 1–434 链 Cs； UniProt 1–434 链 Ct； UniProt 1–434 链 Cu； UniProt 1–434	未记录	Flagellar basal-body rod protein FlgG × 27 （Q9KQ12） Flagellar basal-body rod protein FlgF × 5 （Q9KQ11）	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YEE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9YH6 Composite structure of the sheathed flagellar motor in Vibrio cholerae adopting a lower FOMC conformation 提交 2025-09-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 407 PDB 声明：407-meric	链 Be 1–434（434 aa）链 Bf 1–434（434 aa）链 Bg 1–434（434 aa）链 Bh 1–434（434 aa）链 Bi 1–434（434 aa）链 Bj 1–434（434 aa）链 Bk 1–434（434 aa）链 Bl 1–434（434 aa）链 Bm 1–434（434 aa）链 Bn 1–434（434 aa）链 Bo 1–434（434 aa）链 Bp 1–434（434 aa）链 Bq 1–434（434 aa）链 Br 1–434（434 aa）链 Bs 1–434（434 aa）链 Bt 1–434（434 aa）链 Bu 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.60 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KQ10_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 Ce； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Cf； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Cg； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Ch； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Ci； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Cj； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Ck； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Cl； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Cm； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Cn； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Co； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Cp； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Cq； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Cr； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Cs； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Ct； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 Cu； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yee
沉积日期 deposition_date	2025-09-24
结构标题 title	Rod-hook protein in Vibrio cholerae at assembled, opened state
关键词 keywords	In situ cryo-EM, sheathed flagellar motor, Vibrio cholerae, rod-hook, assembled state, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	74.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	74.82 Å
零角强度 I(0) i0	27982200000.00
分子量 molecular_weight	1375000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1700600 Å³
包络体积 envelope_volume	2327700 Å³
水化壳体积 shell_volume	244830 Å³
包络直径 envelope_diameter	297.3 Å
壳层 Rg shell_rg	81.67 Å
包络 Rg envelope_rg	76.60 Å
形状 Rg shape_rg	74.85 Å
总 Rg total_rg	74.78 Å
总原子数 total_atoms	96589
残基数 n_residues	12773
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	221.8 Å
Rg (实空间) rg_real	73.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7610e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1620e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	73.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27930000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8344
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	84.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.474
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.196
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1840
最高正则化参数 α highest_alpha	4384000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.093

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Flagellar basal-body rod protein FlgG
分子量 formula_weight	28114.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ba,Bb,Bc,Bd,Be,Bf,Bg,Bh,Bi,Bj,Bk,Bl,Bm,Bn,Bo,Bp,Bq,Br,Bs,Bt,Bu,Bv,Bw,Bx,By,Bz,Cb
原子数 atom_count	96589

MQPALWVSKTGLDAQQTNIATISNNLANASTIGFKKGRAVFEDLFYQNINQPGAQSSQNTRLPSGLMLGAGSKVVATQKVHTNGNVQTTSNSLDMMIEGDGFFQILMPDGNIAYSRNGQFTLDDEGAIVTSGAGYRLQPEIIIPEDAISITIGNDGEVSVRVRGQQDNQVLGQITTVDFINPGGLEPVGQNLYLPTGASGEPQEGVPGLDGLGDIRQSMLETSNVNVTEELVNMIEAQRVYEMNSKVISAVDKMMSFVNQQL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Flagellar basal-body rod protein FlgF
分子量 formula_weight	26778.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ca,Cc,Cd,Cv,Cw

MDRALFLAMSGAKQNMQAMQLRANNLANVSTTGFRADLAQARSMQAYGEGLPSRVFSMTERPGHNFAQGSVITTGRDLDITIQGDGWISVLDKTGKEGLTRNGNLRIDETGLLLNGNGHPVLGETGAPITLPVPLNKVEIGGDGTISVRPQGAPADAMEVVDRIKLVRLNDQSLFKDVNGLFRATDPNTQFEADASVKILTGALEGSNVNAIGEMTSLIDLQRQFEMQVKMMSTAEEMDKASDSLLRSS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Flagellar hook protein FlgE
分子量 formula_weight	46880.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ce,Cf,Cg,Ch,Ci,Cj,Ck,Cl,Cm,Cn,Co,Cp,Cq,Cr,Cs,Ct,Cu

MSYVSLSGLSAAQMDLNTTSNNIANANTFGFKESRAEFGDVYSTSLFTNAKTTPGQGVQAAKVAQQFHEGSSIYTNNPLDLRIAGTGFFAVAKDRLVPQQNELTRNGAFHLDKNSFMVTANDEFLLGYEVNPDTGDVLSYEPKPINIPPQFGKPKQTANIDLGANLPANGDLKDPALFDITDPETYNRTTSSTIYDSMGQPYKLTTYYLKDMNQANTWQTYYTVTDKTGEKPINVVGGDAASPTGHVGHTMRFNNDGTLSSLNNGQPIVTEPLGGGANPVDLNGADVNQTLSFSLDSATQFAAPFELTKFDQDGATTGFLTKIDFDENGSVLATYSNGINTTLGRVALVRVANEQGLDKKGGTQWDATQFSGAKIWGESNKGSFGSISNGSLEQSNIDMTQELVDLISAQRNFQANSRALEVHNGLQQNILQIR

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.44 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	77446

fit	/app/data/saxs_computation/ye/9yee/9yee.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ye/9yee/9yee.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ye/9yee/9yee.dat

Rod-hook protein in Vibrio cholerae at assembled, opened state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar basal-body rod protein FlgG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Flagellar basal-body rod protein FlgF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Flagellar hook protein FlgE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)