SAXSdb — 9yup

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein PprA

Deinococcus radiodurans

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–300 链 B； UniProt 25–300 链 C； UniProt 25–300 链 D； UniProt 25–300	突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FLC CITRATE ANION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；1.0 ul of protein solution was mixed with 1.0 uL of crystallization solution and hung upside-down in a sealed chamber containing 1mL of well solution. \| Protein solution: 2.4 mg/mL PprA (73 uM), 150mM KCl, 20mM Tris, pH 7.5 \| Crystallization solution: 400 mM Lithium citrate, 20% (w/v) PEG 3350 \| Well solution: 1.5 M Ammonium sulfate	分辨率 2.07 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YUP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6A27 Crystal structure of PprA W183R mutant form 1 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–300（284 aa）链 B 17–300（284 aa）	突变：W183R 突变：W183R	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris buffer (pH 8.5) containing 0.2 M LiSO4 and 30% PEG4000	分辨率 1.35 Å R-free 0.202
6A28 Crystal structure of PprA W183R mutant form 2 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–300（284 aa）链 B 17–300（284 aa）	突变：W183R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：W183R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris buffer (pH 8.5) containing 0.2 M LiSO4 and 30% PEG4000	分辨率 2.19 Å R-free 0.235
6A29 Crystal structure of PprA A139R mutant 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–300（284 aa）链 B 17–300（284 aa）	突变：A139R 突变：A139R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris buffer (pH 8.5) containing 0.2 M LiSO4 and 30% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.271
6A29 Crystal structure of PprA A139R mutant 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 17–300（284 aa）链 D 17–300（284 aa）	突变：A139R 突变：A139R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris buffer (pH 8.5) containing 0.2 M LiSO4 and 30% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.271
6A29 Crystal structure of PprA A139R mutant 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 17–300（284 aa）链 F 17–300（284 aa）	突变：A139R 突变：A139R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris buffer (pH 8.5) containing 0.2 M LiSO4 and 30% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.271
6A29 Crystal structure of PprA A139R mutant 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 17–300（284 aa）链 H 17–300（284 aa）	突变：A139R 突变：A139R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris buffer (pH 8.5) containing 0.2 M LiSO4 and 30% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.271
6BDU Crystal structure of PprA from Deinococcus radiodurans 提交 2017-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–300（276 aa）链 B 25–300（276 aa）	突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；Protein at 2.4mg/mL in 150mM KCl, 20mM Tris, pH 7.5 was mixed in 1:1 volume ratio with a solution of 0.2 M Lithium Citrate Tribasic and 20 % (w/v) PEG 3350. The drop was suspended over 1.5M Ammonium sulfate.	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
6MC6 Crystal structure of PprA filament from Deinococcus radiodurans 提交 2018-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 25–300（276 aa）链 B 25–300（276 aa）	突变：D180K, D184K 突变：D180K, D184K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；Protein at 4.5 mg/mL in 150 mM KCl, 20 mM Tris, pH 7.5 was mixed in 1:1 volume ratio with Wizard Classic 1 (Rigaku) #46 - a solution of 200 mM Lithium sulfate, 10% (w/v) PEG 8000 and 100 mM Imidazole/ HCl at pH 8.0. The drop was suspended over a 1.5M Ammonium sulfate dehydrating solution and incubated for about 5 weeks.	分辨率 2.75 Å R-free 0.260
6NEO Crystal structure of PprA filament from Deinococcus radiodurans 提交 2018-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 25–300（276 aa）	突变：D180K, D184K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；1:1 4.9 mg/mL protein in 150 mM potassium chloride, 20 mM Tris, pH 8.0 + Morpheus II-FX96 (Molecular Dimensions) condition H2 - 40 mM polyamines (spermine tetrahydrochloride, spermidine trihydrochloride, 1,4-diaminobutane dihydrochloride, DL-ornithine monohydrochloride), 50% v/v Precipitant Mix 6 (25% w/v PEG4000, 40% w/v 1,2,6-hexanetriol), 0.1 M Buffer System 4 (Gly-Gly, AMPD) at pH 6.5. The drop was suspended over a 1.5 M ammonium sulfate dehydrating solution and incubated at 20 degrees C for about 5 months.	分辨率 5.94 Å R-free 0.309
9OM8 Crystal structure of PprA S-F filament from Deinococcus radiodurans 提交 2025-05-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 25–300（276 aa）链 B 25–300（276 aa）链 C 25–300（276 aa）链 D 25–300（276 aa）	突变：D180K, D184K 突变：D180K, D184K 突变：D180K, D184K 突变：D180K, D184K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；1.0 ul of protein solution was mixed with 1.0 uL of crystallization solution and hung upside-down in a sealed chamber containing 1mL of well solution. \| Protein solution: 3.5 mg/mL PprA (117 uM), 150mM KCl, 20mM Tris, pH 7.5 \| Crystallization solution: 0.2M LiCl, 20% (w/v) PEG 3350 \| Well solution: 1.4 M (NH4)2SO4	分辨率 2.83 Å R-free 0.275
9OR6 Crystal structure of PprA S-F-S tetramer from Deinococcus radiodurans 提交 2025-05-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–300（276 aa）链 B 25–300（276 aa）	突变：D180K, D184K 突变：D180K, D184K	SPD SPERMIDINE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；1.5 ul of protein solution was mixed with 1.0 uL of crystallization solution and hung upside-down in a sealed chamber containing 1mL of well solution. \| Protein solution: 5.0 mg/mL PprA (168 uM), 43bp dsDNA (101 uM), 150mM KCl, 20mM Tris, pH 7.5, 1 mM MgCl2. \| Crystallization solution (Molecular Dimensions - Morpheus 2 #94): 10 mM Spermine tetrahydrochloride, 10 mM Spermidine trihydrochloride, 10 mM 1,4 Diaminobutane dihydrochloride, 10 mM DL Ornithine monohydrochloride 0.1M Gly-Gly, AMPD, pH 8.5, 13% w/v PEG 4000, 21% w/v 1,2,6 Hexanetriol. \| Well solution: 2.0 M Ammonium sulfate.	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
9YI3 Crystal structure of PprA S-F filament from Deinococcus radiodurans 提交 2025-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 25–300（276 aa）链 B 25–300（276 aa）	突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；1.0 ul of protein solution was mixed with 2.0 uL of crystallization solution and hung upside-down in a sealed chamber containing 1mL of well solution. \| Protein solution: 2.98 mg/mL PprA (100 uM), 150mM KCl, 20mM Tris, pH 7.5 \| Crystallization solution: 800 mM LiCl, 32% (w/v) PEG 4000, 100 mM HEPES, pH 8.0 \| Well solution: 0.8 M Ammonium sulfate	分辨率 1.82 Å R-free 0.275
9YL4 Crystal structure of PprA S-F filament from Deinococcus radiodurans 提交 2025-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 25–300（276 aa）链 B 25–300（276 aa）链 C 25–300（276 aa）链 D 25–300（276 aa）链 E 25–300（276 aa）链 F 25–300（276 aa）	突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；2.0 ul of protein solution was mixed with 1.0 uL of crystallization solution and hung upside-down in a sealed chamber containing 1mL of well solution. \| Protein solution: 6.4 mg/mL PprA (214 uM), 150mM KCl, 20mM Tris, pH 7.5 \| Crystallization solution (Molecular Dimensions - MCSG2 #82): 200 mM NaCl, 20% (w/v) PEG 8000, 100 mM CAPS:NaOH, pH 10.5 \| Well solution: 1.25 M Ammonium sulfate	分辨率 3.70 Å R-free 0.283
9YL4 Crystal structure of PprA S-F filament from Deinococcus radiodurans 提交 2025-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 G 25–300（276 aa）链 H 25–300（276 aa）链 I 25–300（276 aa）链 J 25–300（276 aa）链 K 25–300（276 aa）链 L 25–300（276 aa）	突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D180K, D184K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；2.0 ul of protein solution was mixed with 1.0 uL of crystallization solution and hung upside-down in a sealed chamber containing 1mL of well solution. \| Protein solution: 6.4 mg/mL PprA (214 uM), 150mM KCl, 20mM Tris, pH 7.5 \| Crystallization solution (Molecular Dimensions - MCSG2 #82): 200 mM NaCl, 20% (w/v) PEG 8000, 100 mM CAPS:NaOH, pH 10.5 \| Well solution: 1.25 M Ammonium sulfate	分辨率 3.70 Å R-free 0.283

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPRA_DEIRA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 32–307； UniProt 25–300 作者链 B； PDB构建体 32–307； UniProt 25–300 作者链 C； PDB构建体 32–307； UniProt 25–300 作者链 D； PDB构建体 32–307； UniProt 25–300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yup
沉积日期 deposition_date	2025-10-22
最后修订 last_revision	2025-10-29
结构标题 title	Crystal structure of PprA S-F-S tetramer from Deinococcus radiodurans
关键词 keywords	;PprA, Deinococcus, Deinococcus radiodurans, D. radiodurans, DNA repair, DNA binding protein, Genome reassembly, self-assembly, protein filament ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.38 Å
零角强度 I(0) i0	239992000.00
分子量 molecular_weight	121030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	148980 Å³
包络体积 envelope_volume	238070 Å³
水化壳体积 shell_volume	44491 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.8 Å
壳层 Rg shell_rg	48.82 Å
包络 Rg envelope_rg	44.92 Å
形状 Rg shape_rg	46.30 Å
总 Rg total_rg	46.75 Å
总原子数 total_atoms	16789
残基数 n_residues	1097
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.9 Å
Rg (实空间) rg_real	46.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	239900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8324
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	44.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.201
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.806
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9609000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.913; Smooth: 0.334

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair protein PprA
分子量 formula_weight	33602.8 kDa
突变 mutation	D180K, D184K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16960

MRSGSHHHHHHRSDITSLYKKAGLENLYFQGQTDGIYAAFDTLMSTAGVDSQIAALAASEADAGTLDAALTQSLQEAQGRWGLGLHHLRHEARLTDDGDIEILTDGRPSARVSEGFGALAQAYAPMQALDERGLSQWAALGEGYRAPGDLPLAQLKVLIEHARDFETDWSAGRGETFQRVWRKGDTLFVEVARPASAEAALSKAAWKVIASIKDRAFQRELMRRSEKDGMLGALLGARHAGAKANLAQLPEAHFTVQAFVQTLSGAAARNAEEYRAALKTAAAALEEYQGVTTRQLSEVLRHGLRES

来源 Source

来源生物 organism	Deinococcus radiodurans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1299
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	171

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.679 Å
晶胞边长 b length_b	123.221 Å
晶胞边长 c length_c	139.288 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.070 Å
最低分辨率 resolution_low	41.650 Å
R 因子 r_factor	0.2119
R_work r_work	0.2107
R_free r_free	0.2361

fit	/app/data/saxs_computation/yu/9yup/9yup.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yu/9yup/9yup.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yu/9yup/9yup.dat

Crystal structure of PprA S-F-S tetramer from Deinococcus radiodurans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein PprA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction