SAXSdb — 9z3b

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mesothelin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 590–606	片段：C-terminal peptide (UNP residues 590-606)	MSLNB703 Light Chain × 1 MSLNB703 Heavy Chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG1500	分辨率 1.96 Å R-free 0.278
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 590–606	片段：C-terminal peptide (UNP residues 590-606)	MSLNB703 Light Chain × 1 MSLNB703 Heavy Chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG1500	分辨率 1.96 Å R-free 0.278
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 590–606	片段：C-terminal peptide (UNP residues 590-606)	MSLNB703 Light Chain × 1 MSLNB703 Heavy Chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG1500	分辨率 1.96 Å R-free 0.278
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 590–606	片段：C-terminal peptide (UNP residues 590-606)	MSLNB703 Light Chain × 1 MSLNB703 Heavy Chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG1500	分辨率 1.96 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Z3B	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4F3F Crystal Structure of Msln7-64 MORAb-009 FAB complex 提交 2012-05-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 302–359（58 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1 M Trisodium citrate pH 5.6, 17% Polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.65 Å R-free 0.222
7U8C Crystal structure of Mesothelin C-terminal peptide-MORAb 15B6 FAB complex 提交 2022-03-08	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 BA2 590–606（17 aa）片段：C-terminal peptide (UNP residues 590-606)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 26% PEG550 MME, 6% 2-propanol	分辨率 1.74 Å R-free 0.238
7U9J Crystal structure of Mesothelin-207 fragment 提交 2022-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 296–501（206 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 100 mM potassium chloride, 12.5% PEG3350, 100 mM lithium sulfate	分辨率 2.09 Å R-free 0.216
7U9J Crystal structure of Mesothelin-207 fragment 提交 2022-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 296–501（206 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 100 mM potassium chloride, 12.5% PEG3350, 100 mM lithium sulfate	分辨率 2.09 Å R-free 0.216
7UED Crystal structure of full length mesothelin bound with MORAb-009 Fab 提交 2022-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 295–599（305 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；0.1 M Tris, pH 7, 150 mM sodium citrate, 16.4% PEG3350, 100 mM lithium sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.237
8CX3 Crystal structure of full-length mesothelin 提交 2022-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 295–599（305 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；289 K；0.9-1.1 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2	分辨率 3.61 Å R-free 0.310
8CX3 Crystal structure of full-length mesothelin 提交 2022-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 295–599（305 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；289 K；0.9-1.1 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2	分辨率 3.61 Å R-free 0.310
8CX3 Crystal structure of full-length mesothelin 提交 2022-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 295–599（305 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；289 K；0.9-1.1 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2	分辨率 3.61 Å R-free 0.310
8CX3 Crystal structure of full-length mesothelin 提交 2022-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 295–599（305 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；289 K；0.9-1.1 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2	分辨率 3.61 Å R-free 0.310
8CX3 Crystal structure of full-length mesothelin 提交 2022-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 295–599（305 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；289 K；0.9-1.1 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2	分辨率 3.61 Å R-free 0.310
8CX3 Crystal structure of full-length mesothelin 提交 2022-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 295–599（305 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；289 K；0.9-1.1 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2	分辨率 3.61 Å R-free 0.310
8CXC Novel Anti-Mesothelin Antibodies Enable Crystallography of the Intact Mesothelin Ectodo- main and Engineering of Potent, T cell-engaging Bispecific Therapeutics 提交 2022-05-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 M 296–605（310 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；tris 8.0, zinc chloride, ammonium sulfate	分辨率 4.31 Å R-free 0.300
8CYH Novel Anti-Mesothelin Antibodies Enable Crystallography of the Intact Mesothelin Ectodo- main and Engineering of Potent, T cell-engaging Bispecific Therapeutics 提交 2022-05-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 296–605（310 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris (8.0), sodium citrate, Peg3350	分辨率 3.38 Å R-free 0.268
8CZ8 Novel Anti-Mesothelin Antibodies Enable Crystallography of the Intact Mesothelin Ectodo- main and Engineering of Potent, T cell-engaging Bispecific Therapeutics 提交 2022-05-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 434–590（157 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；bicine (9.0), glycerol, ammonium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.224
8CZ8 Novel Anti-Mesothelin Antibodies Enable Crystallography of the Intact Mesothelin Ectodo- main and Engineering of Potent, T cell-engaging Bispecific Therapeutics 提交 2022-05-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 434–590（157 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；bicine (9.0), glycerol, ammonium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.224
8FSL Human Mesothelin bound to a neutralizing VH domain antibody 提交 2023-01-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 300–584（285 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；286 K；PEG3350 20% 0.15 M ammonium nitrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
8FSL Human Mesothelin bound to a neutralizing VH domain antibody 提交 2023-01-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 300–584（285 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；286 K；PEG3350 20% 0.15 M ammonium nitrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
8VM1 Structural Elucidation of the Mesothelin Mucin16 CA125 Interaction 提交 2024-01-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 296–359（64 aa）片段：residues 296-359 of mesothelin (Uniprot numbering),SEA 10 domain of mucin-16	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Bis-Tris, NH4CL, PEG3350	分辨率 2.65 Å R-free 0.298
9P4C Crystal structure of Mesothelin C-terminal peptide-RO4 Fab complex 提交 2025-06-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 590–606（17 aa）片段：C-terminal peptide (UNP residues 590-606)	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.5 and 16% PEG 10000	分辨率 1.52 Å R-free 0.180

共 11 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MSLN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–17； UniProt 590–606 作者链 J； PDB构建体 1–17； UniProt 590–606 作者链 K； PDB构建体 1–17； UniProt 590–606 作者链 L； PDB构建体 1–17； UniProt 590–606

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9z3b
沉积日期 deposition_date	2025-11-06
结构标题 title	Structure C-terminal human Mesothelin Peptide bound to MSLNB703 Fab
关键词 keywords	Mesothelin Antibody, ANTITUMOR PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; ANTITUMOR PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.93 Å
零角强度 I(0) i0	566492000.00
分子量 molecular_weight	190510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	236260 Å³
包络体积 envelope_volume	312160 Å³
水化壳体积 shell_volume	65621 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.8 Å
壳层 Rg shell_rg	45.92 Å
包络 Rg envelope_rg	38.02 Å
形状 Rg shape_rg	38.94 Å
总 Rg total_rg	39.27 Å
总原子数 total_atoms	13451
残基数 n_residues	1818
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.0 Å
Rg (实空间) rg_real	39.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	566600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8951
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.163
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.482
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.902

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MSLNB703 Light Chain
分子量 formula_weight	24241.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	13677

EIVLTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSDNKNYLAWYQQKPGQPPNLLIYWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTINSLQAEDVAVYYCQQYYSTPFTFGPGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MSLNB703 Heavy Chain
分子量 formula_weight	24970.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

QVQLVESGPGQVKPSQTLSLTCAISGDSVSSNSAAWNWIRQSPSRGLEWLGRTYYRSKWYNDYAVSVKSRITINPDTSKNQFSLQLNSVTPEDTAVYYCARRDYSSGGFDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Mesothelin
分子量 formula_weight	1863.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

IPNGYLVLDLSMQEALS

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	205

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.151 Å
晶胞边长 b length_b	79.744 Å
晶胞边长 c length_c	86.774 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	77.18 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.73 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.84 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.960 Å
最低分辨率 resolution_low	44.210 Å
R 因子 r_factor	0.2294
R_work r_work	0.2268
R_free r_free	0.2775

fit	/app/data/saxs_computation/z3/9z3b/9z3b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z3/9z3b/9z3b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z3/9z3b/9z3b.dat

Structure C-terminal human Mesothelin Peptide bound to MSLNB703 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mesothelin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)