9zbu

Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication restart protein PriB

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 3	DNA (36-MER) × 1 DNA (33-MER) × 1 DNA (11-MER) × 1 Replication restart protein DnaT × 7 （P0A8J2） Replication restart protein PriA × 1 （P17888） ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 2–100 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 2–100

Replication restart protein DnaT

Escherichia coli K-12

UniProt P0A8J2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 3	DNA (36-MER) × 1 DNA (33-MER) × 1 DNA (11-MER) × 1 Replication restart protein PriB × 2 （P07013） Replication restart protein PriA × 1 （P17888） ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNAT_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 D； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 E； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 T； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 W； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 X； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 Y； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154

Replication restart protein PriA

Escherichia coli K-12

UniProt P17888

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 3	DNA (36-MER) × 1 DNA (33-MER) × 1 DNA (11-MER) × 1 Replication restart protein PriB × 2 （P07013） Replication restart protein DnaT × 7 （P0A8J2） ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–731； UniProt 2–732

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zbu
沉积日期 deposition_date	2025-11-21
结构标题 title	Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome
关键词 keywords	DNA replication, helicase, oligomer, DNA repair, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9zbu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9zbu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9zbu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.80 Å
Rg（电子密度）	46.75 Å
总 Rg	46.91 Å
原子数	13223
残基数	1563
排除体积	230110 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9zbu__assembly_1__model_1`	tridecameric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA (36-MER)
分子量 formula_weight	10955.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	13223

CCGCAGACTCATTTAGCCCTTATCCGTATTGCGGTC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (33-MER)
分子量 formula_weight	10223.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

GACCGCAATACGGATAAGGGCTGAGCACGCCGA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (11-MER)
分子量 formula_weight	3341.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

TCGGCGTGCTC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Replication restart protein PriB
分子量 formula_weight	10953.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

TNRLVLSGTVCRAPLRKVSPSGIPHCQFVLEHRSVQEEAGFHRQAWCQMPVIVSGHENQAITHSITVGSRITVQGFISCHKAKNGLSKMVLHAEQIELI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Replication restart protein DnaT
分子量 formula_weight	16851.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,T,W,X,Y

MSSRVLTPDVVGIDALVHDHQTVLAKAEGGVVAVFANNAPAFYAVTPARLAELLALEEKLARPGSDVALDDQLYQEPQAAPVAVPMGKFAMYPDWQPDADFIRLAALWGVALREPVTTEELASFIAYWQAEGKVFHHVQWQQKLARSLQIGRAS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Replication restart protein PriA
分子量 formula_weight	81634.6 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

PVAHVALPVPLPRTFDYLLPEGMTVKAGCRVRVPFGKQQERIGIVVSVSDASELPLNELKAVVEVLDSEPVFTHSVWRLLLWAADYYHHPIGDVLFHALPILLRQGRPAANAPMWYWFATEQGQAVDLNSLKRSPKQQQALAALRQGKIWRDQVATLEFNDAALQALRKKGLCDLASETPEFSDWRTNYAVSGERLRLNTEQATAVGAIHSAADTFSAWLLAGVTGSGKTEVYLSVLENVLAQGKQALVMVPEIGLTPQTIARFRERFNAPVEVLHSGLNDSERLSAWLKAKNGEAAIVIGTRSALFTPFKNLGVIVIDEEHDSSYKQQEGWRYHARDLAVYRAHSEQIPIILGSATPALETLCNVQQKKYRLLRLTRRAGNARPAIQHVLDLKGQKVQAGLAPALITRMRQHLQADNQVILFLNRRGFAPALLCHDCGWIAECPRCDHYYTLHQAQHHLRCHHCDSQRPVPRQCPSCGSTHLVPVGLGTEQLEQTLAPLFPGVPISRIDRDTTSRKGALEQQLAEVHRGGARILIGTQMLAKGHHFPDVTLVALLDVDGALFSADFRSAERFAQLYTQVAGRAGRAGKQGEVVLQTHHPEHPLLQTLLYKGYDAFAEQALAERRMMQLPPWTSHVIVRAEDHNNQHAPLFLQQLRNLILSSPLADEKLWVLGPVPALAPKRGGRWRWQILLQHPSRVRLQHIINGTLALINTIPDSRKVKWVLDVDPIEG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	212000

Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication restart protein PriB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Replication restart protein DnaT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Replication restart protein PriA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9zbu__assembly_1__model_1

9zbu__assembly_1__model_1 | I(q)

9zbu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication restart protein PriB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Replication restart protein DnaT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Replication restart protein PriA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9zbu__assembly_1__model_1

9zbu__assembly_1__model_1 | I(q)

9zbu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)