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9zjq

Human KLK3 following acylation by CDD-3290

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prostate-specific antigen

Homo sapiens

UniProt P07288

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–261 未记录 A1C2U 1H-1,3-benzimidazole-5-carbaldehyde × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；1.4 M sodium malonate pH 7.0. Protein (30 mg/mL) was co-crystallized as 1 uL sitting drop (1:1 protein:precipitant) 分辨率 2.20 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ZJQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2ZCH Crystal structure of human prostate specific antigen complexed with an activating antibody 提交 2007-11-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 25–261（237 aa） 片段：UNP residues 25-261
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2 CL CHLORIDE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；14% MPEG 550, 100mM HEPES, pH7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.83 Å R-free 0.270
2ZCK Crystal structure of a ternary complex between PSA, a substrat-acyl intermediate and an activating antibody 提交 2007-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 25–261（237 aa） 片段：UNP residues 25-261
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；crystal grown in 14% MPEG550, 100mM HEPES (pH7.2), then soaked in PEG400, 100mM Tris-HCl (pH7.3), 10mM ZnCl2, 0.28 mg/ml Mu-KGISSQY-AFC, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.275
2ZCL Crystal structure of human prostate specific antigen complexed with an activating antibody 提交 2007-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 25–261（237 aa） 片段：UNP residues 25-261
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；crystals grown in 14% MPEG550, 100mM HEPES (pH7.2), then soaked in 33% PEG400, 100mM MES (pH5.5), 10mM ZnCl2, 0.28mg/ml Mu-KGISSQY-AFC, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.25 Å R-free 0.251
3QUM Crystal structure of human prostate specific antigen (PSA) in Fab sandwich with a high affinity and a PCa selective antibody 提交 2011-02-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 P 25–261（237 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；Protein solution: 20 ul 5D3D11 at 10.7 mg/ml and 10 ul PSA at 5 mg/ml + 31 ul 5D5A5 at 6.7mg/ml in PBS. against a precipitant of 10% PEG 4,000, 20% ethylene glycol, 100 mM Na,K phosphate. Drops consisted of 1 ul protein + precipitant equilibrated by vapor diffusion. Streak seeding and macro seeding were used, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.20 Å R-free 0.294
3QUM Crystal structure of human prostate specific antigen (PSA) in Fab sandwich with a high affinity and a PCa selective antibody 提交 2011-02-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 Q 25–261（237 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；Protein solution: 20 ul 5D3D11 at 10.7 mg/ml and 10 ul PSA at 5 mg/ml + 31 ul 5D5A5 at 6.7mg/ml in PBS. against a precipitant of 10% PEG 4,000, 20% ethylene glycol, 100 mM Na,K phosphate. Drops consisted of 1 ul protein + precipitant equilibrated by vapor diffusion. Streak seeding and macro seeding were used, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.20 Å R-free 0.294

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KLK3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–237； UniProt 25–261

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9zjq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9zjq
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9zjq
沉积日期 deposition_date2025-12-05
最后修订 last_revision2025-12-24
结构标题 titleHuman KLK3 following acylation by CDD-3290
关键词 keywordsProtease, inhibitor, fertility, contraception, cancer, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.89 Å
零角强度 I(0) i023512300.00
分子量 molecular_weight24674.0 kDa
排除体积 excluded_volume23816 ų
包络体积 envelope_volume37675 ų
水化壳体积 shell_volume18224 ų
包络直径 envelope_diameter59.1 Å
壳层 Rg shell_rg23.52 Å
包络 Rg envelope_rg17.23 Å
形状 Rg shape_rg16.91 Å
总 Rg total_rg17.62 Å
总原子数 total_atoms1863
残基数 n_residues241
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.3 Å
Rg (实空间) rg_real17.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23510000.0000
解质量估计 total_estimate0.7810
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.7 Å
偏度 Skewness skewness0.171
峰度 Kurtosis kurtosis-0.371
角度范围 angular_range— – 0.4500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7149000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.721; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)