SAXSdb — 9znh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

Bordetella pertussis Tohama I

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–155 链 B； UniProt 1–155 链 C； UniProt 1–155 链 D； UniProt 1–155 链 E； UniProt 1–155	片段：residues 1-155	CL CHLORIDE ION × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 BCN BICINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；Morpheus E12: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 30 mM Diethylene glycol, 30 mM Triethyleneglycol, 30 mM Tetraethylene glycol and 30 mM Pentaethylene glycol. BopeA.00730.a.B2.PW39381 at 13.8 mg/mL. The diffraction data where highly ansiotropic resulting in high B-factors. Therefore the anisotropically truncated data (staraniso) were used for refinement and both data sets were deposited. plate 19802 E12 drop 1, Puck: PSL-1009, Cryo: direct	分辨率 2.34 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9ZNH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9YL5 Crystal Structure of 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase from Bordetella pertussis in complex with 5-amino-6-(D-ribitylamino)uracil 提交 2025-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）链 D 1–155（155 aa）链 E 1–155（155 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 36 LMZ 5-NITROSO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；Morpheus B9: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 30 mM NaF, 30 mM NaBr and 30 mM NaI. BopeA.00730.a.B2.PW39381 at 13.8 mg/mL. 2mM ligand added to protein prior to crystallization. plate 19802 B9 drop 1, Puck: PSL-2810, Cryo: direct	分辨率 2.56 Å R-free 0.248
9ZNJ Crystal Structure of 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase from Bordetella pertussis in complex with 6,7-dimethyl-8-(1'-D-ribityl) lumazine 提交 2025-12-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–155（155 aa）片段：residues 1-155 链 B 1–155（155 aa）片段：residues 1-155 链 C 1–155（155 aa）片段：residues 1-155 链 D 1–155（155 aa）片段：residues 1-155 链 E 1–155（155 aa）片段：residues 1-155	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 32 DLZ 1-deoxy-1-(6,7-dimethyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropteridin-8(2H)-yl)-D-ribitol × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；Morpheus B12: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 30 mM NaF, 30 mM NaBr and 30 mM NaI. BopeA.00730.a.B2.PW39381 at 13.8 mg/mL. 24 hour soak with 2 mM 6,7-dimethyl-8-(1'-D-ribityl) lumazine. plate 19802 B12, Puck: PSL-0104, Cryo: direct	分辨率 2.15 Å R-free 0.261

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RISB_BORPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–163； UniProt 1–155 作者链 B； PDB构建体 9–163； UniProt 1–155 作者链 C； PDB构建体 9–163； UniProt 1–155 作者链 D； PDB构建体 9–163； UniProt 1–155 作者链 E； PDB构建体 9–163； UniProt 1–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9znh
沉积日期 deposition_date	2025-12-12
最后修订 last_revision	2025-12-24
结构标题 title	Crystal Structure of 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase from Bordetella pertussis
关键词 keywords	SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, RIBOFLAVIN SYNTHASE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.94 Å
零角强度 I(0) i0	100480000.00
分子量 molecular_weight	77178.0 kDa
排除体积 excluded_volume	96052 Å³
包络体积 envelope_volume	114990 Å³
水化壳体积 shell_volume	35703 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.7 Å
壳层 Rg shell_rg	34.24 Å
包络 Rg envelope_rg	25.85 Å
形状 Rg shape_rg	25.97 Å
总 Rg total_rg	26.69 Å
总原子数 total_atoms	5406
残基数 n_residues	760
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.7 Å
Rg (实空间) rg_real	26.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	100500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9121
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.144
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.544
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.972

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
分子量 formula_weight	17318.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.78
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	5502

MAHHHHHHMNPYILTPDLNGEGLHIGIVRARFNEEIGQAQLQACLEELGKLGVDERDVMVVSVPGALELGVALARMAESYEFDALIALGAVIRGETYHFEVVSNESAAAISRIALETGIPVANGVLTVDTDEQAQARAAGKGADCAQVAVEMANLAAALEPEE

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis Tohama I
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	257313
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BICINE
分子量 formula_weight	163.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	96

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	133.820 Å
晶胞边长 b length_b	75.050 Å
晶胞边长 c length_c	92.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.27 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.340 Å
最低分辨率 resolution_low	46.730 Å
R 因子 r_factor	0.2166
R_work r_work	0.2144
R_free r_free	0.2594

fit	/app/data/saxs_computation/zn/9znh/9znh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zn/9znh/9znh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zn/9znh/9znh.dat

Crystal Structure of 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase from Bordetella pertussis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction