SAXSdb — 9zvh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin

Influenza A virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 9 其他聚合物 3 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–516 链 B； UniProt 1–516 链 C； UniProt 1–516	未记录	H33 Fab Heavy Chain × 3 Fab H33 Light Chain × 3 ;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9ZVH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9EBC H5N1 HA in complex with HC-5 Fab 提交 2024-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 17–333（317 aa）链 C 17–333（317 aa）链 E 17–333（317 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
9ZV0 CryoEM structure of H5N1 A/Texas/37/2024 HA bound to Fab H70 提交 2025-12-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–516（516 aa）链 B 1–516（516 aa）链 C 1–516（516 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
9ZV1 CryoEM structure of H5N1 A/Texas/37/2024 HA bound to Fab H51 提交 2025-12-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–516（516 aa）链 B 1–516（516 aa）链 C 1–516（516 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9ZV4 CryoEM structure of H5N1 A/Texas/37/2024 HA bound to Fab H20 提交 2025-12-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–516（516 aa）链 B 1–516（516 aa）链 C 1–516（516 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.15 Å
9ZV9 CryoEM structure of H5N1 A/Texas/37/2024 HA bound to Fab H77 提交 2025-12-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–516（516 aa）链 B 1–516（516 aa）链 C 1–516（516 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å
9ZVL CryoEM structure of H5N1 A/Texas/37/2024 HA bound to Fab H83 提交 2025-12-30	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–516（516 aa）链 B 1–516（516 aa）链 C 1–516（516 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.48 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AAX6NNG0_9INFA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–515； UniProt 1–516 作者链 B； PDB构建体 1–515； UniProt 1–516 作者链 C； PDB构建体 1–515； UniProt 1–516

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zvh
沉积日期 deposition_date	2025-12-30
结构标题 title	CryoEM structure of H5N1 A/Texas/37/2024 HA bound to Fab H33
关键词 keywords	H5N1, antibody, influenza, VIRAL PROTEIN, ANTIMICROBIAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.00 Å
零角强度 I(0) i0	914103000.00
分子量 molecular_weight	243760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	301830 Å³
包络体积 envelope_volume	409830 Å³
水化壳体积 shell_volume	73568 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.8 Å
壳层 Rg shell_rg	50.84 Å
包络 Rg envelope_rg	45.59 Å
形状 Rg shape_rg	46.00 Å
总 Rg total_rg	46.18 Å
总原子数 total_atoms	17141
残基数 n_residues	2100
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.8 Å
Rg (实空间) rg_real	46.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	914400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8980
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.058
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.687
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	88140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.783

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H33 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	13099.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,D
原子数 atom_count	17141

QVLLVQSGAEMKRPGASVKVSCTASGYTFTNYDIHWVRQASGQGLEWMGWMNPNSGDTGYAQKFQGRVTLTRDTSINTAYMELRRLNSEDTAVYYCARGGVSYNFDHWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab H33 Light Chain
分子量 formula_weight	11728.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,K,G

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCWASQNIRSYLNWYQQTPGNAPKVLIYTASSFQSGVPSRFSDSGSGTEFTLTITTLQPEDFATYYCQQSSSPPYTFGQGTTLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	65585.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

MENIVLLLAIVSLVKSDQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTHAQDILEKTHNGKLCDLNGVKPLILKDCSVAGWLLGNPMCDEFIRVPEWSYIVERANPANDLCYPGSLNDYEELKHMLSRINHFEKIQIIPKSSWPNHETSLGVSAACPYQGAPSFFRNVVWLIKKNDAYPTIKISYNNTNREDLLILWGIHHSNNAEEQTNLYKNPITYISVGTSTLNQRLAPKIATRSQVNGQRGRMDFFWTILKPDDAIHFESNGNFIAPEYAYKIVKKGDSTIMKSGVEYGHCNTKCQTPVGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNKLVLATGLRNSPLRRRRRRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADKESTQKAIDGVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMENERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQYSEEARLKREGSSGSSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGHHHHHHHHHGGSGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1405.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.930 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.93 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	201510

fit	/app/data/saxs_computation/zv/9zvh/9zvh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zv/9zvh/9zvh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zv/9zvh/9zvh.dat

CryoEM structure of H5N1 A/Texas/37/2024 HA bound to Fab H33

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)