9zzr

Cryo-EM Structure of a RAD51 filament bound by ssDNA and the XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 paralog complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD51 homolog 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 1	;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3') ; × 1 DNA repair protein XRCC2 × 1 （O43543） DNA repair protein RAD51 homolog 4 × 1 （O75771） DNA repair protein RAD51 homolog 3 × 1 （O43502） DNA repair protein XRCC3 × 1 （O43542） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 11	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD51_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 8
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–316； UniProt 22–337 作者链 V； PDB构建体 1–316； UniProt 22–337 作者链 E； PDB构建体 1–317； UniProt 22–338 作者链 K； PDB构建体 1–317； UniProt 22–338 作者链 O； PDB构建体 1–317； UniProt 22–338 作者链 W； PDB构建体 1–317； UniProt 22–338 作者链 F； PDB构建体 1–314； UniProt 24–337

DNA repair protein XRCC2

Homo sapiens

UniProt O43543

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 1	DNA repair protein RAD51 homolog 1 × 2 （Q06609） DNA repair protein RAD51 homolog 1 × 4 （Q06609） ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3') ; × 1 DNA repair protein RAD51 homolog 4 × 1 （O75771） DNA repair protein RAD51 homolog 3 × 1 （O43502） DNA repair protein XRCC3 × 1 （O43542） DNA repair protein RAD51 homolog 1 × 1 （Q06609） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 11	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	XRCC2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–260； UniProt 21–280

DNA repair protein RAD51 homolog 4

Homo sapiens

UniProt O75771

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 1	DNA repair protein RAD51 homolog 1 × 2 （Q06609） DNA repair protein RAD51 homolog 1 × 4 （Q06609） ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3') ; × 1 DNA repair protein XRCC2 × 1 （O43543） DNA repair protein RAD51 homolog 3 × 1 （O43502） DNA repair protein XRCC3 × 1 （O43542） DNA repair protein RAD51 homolog 1 × 1 （Q06609） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 11	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RA51D_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–313； UniProt 2–314

DNA repair protein RAD51 homolog 3

Homo sapiens

UniProt O43502

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 1	DNA repair protein RAD51 homolog 1 × 2 （Q06609） DNA repair protein RAD51 homolog 1 × 4 （Q06609） ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3') ; × 1 DNA repair protein XRCC2 × 1 （O43543） DNA repair protein RAD51 homolog 4 × 1 （O75771） DNA repair protein XRCC3 × 1 （O43542） DNA repair protein RAD51 homolog 1 × 1 （Q06609） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 11	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RA51C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–339； UniProt 10–348

DNA repair protein XRCC3

Homo sapiens

UniProt O43542

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 1	DNA repair protein RAD51 homolog 1 × 2 （Q06609） DNA repair protein RAD51 homolog 1 × 4 （Q06609） ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3') ; × 1 DNA repair protein XRCC2 × 1 （O43543） DNA repair protein RAD51 homolog 4 × 1 （O75771） DNA repair protein RAD51 homolog 3 × 1 （O43502） DNA repair protein RAD51 homolog 1 × 1 （Q06609） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 11	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	XRCC3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–346； UniProt 1–346

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zzr
沉积日期 deposition_date	2026-01-07
结构标题 title	Cryo-EM Structure of a RAD51 filament bound by ssDNA and the XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 paralog complex
关键词 keywords	Pentameric, RAD51, XRCC3, RAD51C, RAD51D, XRCC2, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9zzr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9zzr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9zzr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	59.81 Å
Rg（电子密度）	60.64 Å
总 Rg	60.57 Å
原子数	26730
残基数	3390
排除体积	474530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9zzr__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD51 homolog 1
分子量 formula_weight	34464.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,V
原子数 atom_count	26730

PQPISRLEQCGINANDVKKLEEAGFHTVEAVAYAPKKELINIKGISEAKADKILAEAAKLVPMGFTTATEFHQRRSEIIQITTGSKELDKLLQGGIETGSITEMFGEFRTGKTQICHTLAVTCQLPIDRGGGEGKAMYIDTEGTFRPERLLAVAERYGLSGSDVLDNVAYARAFNTDHQTQLLYQASAMMVESRYALLIVDSATALYRTDYSGRGELSARQMHLARFLRMLLRLADEFGVAVVITNQVVAQVDGAAMFAADPKKPIGGNIIAHASTTRLYLRKGRGETRICKIYDSPCLPEAEAMFAINADGVGDA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD51 homolog 1
分子量 formula_weight	34593.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,O,E,K

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	6951.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA repair protein XRCC2
分子量 formula_weight	29832.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

RSSLKEIEPNLFADEDSPVHGDILEFHGPEGTGKTEMLYHLTARCILPKSEGGLEVEVLFIDTDYHFDMLRLVTILEHRLSQSSEEIIKYCLGRFFLVYCSSSTHLLLTLYSLESMFCSHPSLCLLILDSLSAFYWIDRVNGGESVNLQESTLRKCSQCLEKLVNDYRLVLFATTQTIMQKASSSSEEPSHASRRLCDVDIDYRPYLCKAWQQLVKHRMFFSKQDDSQSSNQFSLVSRCLKSNSLKKHFFIIGESGVEFC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD51 homolog 4
分子量 formula_weight	33548.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GVLRVGLCPGLTEEMIQLLRSHRIKTVVDLVSADLEEVAQKCGLSYKALVALRRVLLAQFSAFPVNGADLYEELKTSTAILSTGIGSLDKLLDAGLYTGEVTEIVGGPGSGKTQVCLCMAANVAHGLQQNVLYVDSNGGLTASRLLQLLQAKTQDEEEQAEALRRIQVVHAFDIFQMLDVLQELRGTVAQQVTGSSGTVKVVVVDSVTAVVSPLLGGQQREGLALMMQLARELKTLARDLGMAVVVTNHITRDRDSGRLKPALGRSWSFVPSTRILLDTIEGAGASGGRRMACLAKSSRQPTGFQEMVDIGTW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD51 homolog 3
分子量 formula_weight	38021.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MQRDLVSFPLSPAVRVKLVSAGFQTAEELLEVKPSELSKEVGISKAEALETLQIIRRECLTNKPRYAGTSESHKKCTALELLEQEHTQGFIITFCSALDDILGGGVPLMKTTEICGAPGVGKTQLCMQLAVDVQIPECFGGVAGEAVFIDTEGSFMVDRVVDLATACIQHLQLIAEKHKGEEHRKALEDFTLDNILSHIYYFRCRDYTELLAQVYLLPDFLSEHSKVRLVIVDGIAFPFRHDLDDLSLRTRLLNGLAQQMISLANNHRLAVILTNQMTTKIDRNQALLVPALGESWGHAATIRLIFHWDRKQRLATLYKSPSQKECTVLFQIKPQGFRD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA repair protein XRCC3
分子量 formula_weight	37899.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDLDLLDLNPRIIAAIKKAKLKSVKEVLHFSGPDLKRLTNLSSPEVWHLLRTASLHLRGSSILTALQLHQQKERFPTQHQRLSLGCPVLDALLRGGLPLDGITELAGRSSAGKTQLALQLCLAVQFPRQHGGLEAGAVYICTEDAFPHKRLQQLMAQQPRLRTDVPGELLQKLRFGSQIFIEHVADVDTLLECVNKKVPVLLSRGMARLVVIDSVAAPFRCEFDSQASAPRARHLQSLGATLRELSSAFQSPVLCINQVTEAMEEQGAAHGPLGFWDERVSPALGITWANQLLVRLLADRLREEEAALGCPARTLRVLSAPHLPPSSCSYTISAEGVRGTPGTQSH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD51 homolog 1
分子量 formula_weight	34239.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

PISRLEQCGINANDVKKLEEAGFHTVEAVAYAPKKELINIKGISEAKADKILAEAAKLVPMGFTTATEFHQRRSEIIQITTGSKELDKLLQGGIETGSITEMFGEFRTGKTQICHTLAVTCQLPIDRGGGEGKAMYIDTEGTFRPERLLAVAERYGLSGSDVLDNVAYARAFNTDHQTQLLYQASAMMVESRYALLIVDSATALYRTDYSGRGELSARQMHLARFLRMLLRLADEFGVAVVITNQVVAQVDGAAMFAADPKKPIGGNIIAHASTTRLYLRKGRGETRICKIYDSPCLPEAEAMFAINADGVGDA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.95 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	123502

Cryo-EM Structure of a RAD51 filament bound by ssDNA and the XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 paralog complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD51 homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA repair protein XRCC2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA repair protein RAD51 homolog 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA repair protein RAD51 homolog 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA repair protein XRCC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9zzr__assembly_1__model_1

9zzr__assembly_1__model_1 | I(q)

9zzr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)