当前蛋白身份：B4RPP8
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5VMT Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae bound to NAD 提交 2017-04-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 B
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 C
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 D
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 21.2 mg/mL with 3 mM NAD against JCSG+ screen condition A9 0.2 M ammonium chloride, 25% PEG 3350 supplemented with 20% ethylene glycol and 3 mM NAD as cryoprotectant, crystal tracking ID 284230a9, unique puck ID giy4-10
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.219 |
| 5VMT Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae bound to NAD 提交 2017-04-28 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 F
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 G
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 H
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 21.2 mg/mL with 3 mM NAD against JCSG+ screen condition A9 0.2 M ammonium chloride, 25% PEG 3350 supplemented with 20% ethylene glycol and 3 mM NAD as cryoprotectant, crystal tracking ID 284230a9, unique puck ID giy4-10
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.219 |
| 9Y4U Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (Orthorhombic I form) 提交 2025-09-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 B
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；Berkeley D4: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM sodium acetate pH 4.5. 2mM NAD addied prior to crystallization, plate 20205 well D4 drop 3 , Puck: PSL2003, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.214 |
| 9Z9C Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (P1 form) 提交 2025-11-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 B
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 C
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 D
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley D8 : 25% PEG 3350, 0.10M MES pH 5.5, 5% iso-Propanol, 0.10M ammonium citrate dibasic. NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 8 mg/mL. plate 20061 D8 drop 1, Puck: PSL-2202, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.232 |
| 9Z9C Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (P1 form) 提交 2025-11-18 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 F
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 G
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 H
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley D8 : 25% PEG 3350, 0.10M MES pH 5.5, 5% iso-Propanol, 0.10M ammonium citrate dibasic. NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 8 mg/mL. plate 20061 D8 drop 1, Puck: PSL-2202, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.232 |
| 9Z9C Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (P1 form) 提交 2025-11-18 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 I
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 J
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 K
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 L
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley D8 : 25% PEG 3350, 0.10M MES pH 5.5, 5% iso-Propanol, 0.10M ammonium citrate dibasic. NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 8 mg/mL. plate 20061 D8 drop 1, Puck: PSL-2202, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.232 |
| 9Z9C Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (P1 form) 提交 2025-11-18 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 M
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 N
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 O
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 P
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley D8 : 25% PEG 3350, 0.10M MES pH 5.5, 5% iso-Propanol, 0.10M ammonium citrate dibasic. NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 8 mg/mL. plate 20061 D8 drop 1, Puck: PSL-2202, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.232 |
| 9Z9C Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (P1 form) 提交 2025-11-18 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 Q
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 R
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 S
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 T
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley D8 : 25% PEG 3350, 0.10M MES pH 5.5, 5% iso-Propanol, 0.10M ammonium citrate dibasic. NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 8 mg/mL. plate 20061 D8 drop 1, Puck: PSL-2202, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.232 |
| 9Z9C Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (P1 form) 提交 2025-11-18 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 U
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 V
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 W
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
链 X
24–357（334 aa）
片段：residues 24-357
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley D8 : 25% PEG 3350, 0.10M MES pH 5.5, 5% iso-Propanol, 0.10M ammonium citrate dibasic. NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 8 mg/mL. plate 20061 D8 drop 1, Puck: PSL-2202, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.232 |
| 9ZAG Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD and GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE 提交 2025-11-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
24–357（334 aa）
链 B
24–357（334 aa）
链 C
24–357（334 aa）
链 D
24–357（334 aa）
|
未记录 | G3H GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 NA SODIUM ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Berkeley H9: 25% PEG 4000, 0.10M HEPES pH 7.5, 10% iso-Propanol. NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 8 mg/mL. cocrystallization with NAD and G3H, plate 20061 H9 drop 1, Puck: PSL-2203, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.187 |
| 9ZAG Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD and GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE 提交 2025-11-19 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
24–357（334 aa）
链 F
24–357（334 aa）
链 G
24–357（334 aa）
链 H
24–357（334 aa）
|
未记录 | G3H GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 NA SODIUM ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Berkeley H9: 25% PEG 4000, 0.10M HEPES pH 7.5, 10% iso-Propanol. NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 8 mg/mL. cocrystallization with NAD and G3H, plate 20061 H9 drop 1, Puck: PSL-2203, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.187 |
| 9ZAO Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (P1 form2) 提交 2025-11-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
24–357（334 aa）
链 B
24–357（334 aa）
链 C
24–357（334 aa）
链 D
24–357（334 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 3 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Morpheus Fusion, B4 : 20 mM Sodium formate, 20 mM Ammonium acetate, 20 mM Sodium citrate tribasic dihydrate, 20 mM Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20 mM Sodium oxamate, 0.12 M Ethyleneglycol 40 mM Imidazole, 60 mM MES monohydrate (acid), pH 6.5, 20% v/v PEG 500 MME, 10 % w/v PEG 20000, 10% iso-Propanol. NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 8 mg/mL. cocrystallization with NAD, plate 20064 B4 drop 1, Puck: PSL-2206, Cryo: direct
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.234 |
| 9ZAO Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (P1 form2) 提交 2025-11-19 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
24–357（334 aa）
链 F
24–357（334 aa）
链 G
24–357（334 aa）
链 H
24–357（334 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 3 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Morpheus Fusion, B4 : 20 mM Sodium formate, 20 mM Ammonium acetate, 20 mM Sodium citrate tribasic dihydrate, 20 mM Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20 mM Sodium oxamate, 0.12 M Ethyleneglycol 40 mM Imidazole, 60 mM MES monohydrate (acid), pH 6.5, 20% v/v PEG 500 MME, 10 % w/v PEG 20000, 10% iso-Propanol. NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 8 mg/mL. cocrystallization with NAD, plate 20064 B4 drop 1, Puck: PSL-2206, Cryo: direct
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.234 |
| 9ZAO Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (P1 form2) 提交 2025-11-19 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 I
24–357（334 aa）
链 J
24–357（334 aa）
链 K
24–357（334 aa）
链 L
24–357（334 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Morpheus Fusion, B4 : 20 mM Sodium formate, 20 mM Ammonium acetate, 20 mM Sodium citrate tribasic dihydrate, 20 mM Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20 mM Sodium oxamate, 0.12 M Ethyleneglycol 40 mM Imidazole, 60 mM MES monohydrate (acid), pH 6.5, 20% v/v PEG 500 MME, 10 % w/v PEG 20000, 10% iso-Propanol. NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 8 mg/mL. cocrystallization with NAD, plate 20064 B4 drop 1, Puck: PSL-2206, Cryo: direct
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.234 |
| 9ZAO Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (P1 form2) 提交 2025-11-19 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 M
24–357（334 aa）
链 N
24–357（334 aa）
链 O
24–357（334 aa）
链 P
24–357（334 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Morpheus Fusion, B4 : 20 mM Sodium formate, 20 mM Ammonium acetate, 20 mM Sodium citrate tribasic dihydrate, 20 mM Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20 mM Sodium oxamate, 0.12 M Ethyleneglycol 40 mM Imidazole, 60 mM MES monohydrate (acid), pH 6.5, 20% v/v PEG 500 MME, 10 % w/v PEG 20000, 10% iso-Propanol. NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 8 mg/mL. cocrystallization with NAD, plate 20064 B4 drop 1, Puck: PSL-2206, Cryo: direct
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.234 |
| 9ZAO Crystal structure of a glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (P1 form2) 提交 2025-11-19 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 Q
24–357（334 aa）
链 R
24–357（334 aa）
链 S
24–357（334 aa）
链 T
24–357（334 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Morpheus Fusion, B4 : 20 mM Sodium formate, 20 mM Ammonium acetate, 20 mM Sodium citrate tribasic dihydrate, 20 mM Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20 mM Sodium oxamate, 0.12 M Ethyleneglycol 40 mM Imidazole, 60 mM MES monohydrate (acid), pH 6.5, 20% v/v PEG 500 MME, 10 % w/v PEG 20000, 10% iso-Propanol. NegoA.00617.a.B1.PS38018 at 8 mg/mL. cocrystallization with NAD, plate 20064 B4 drop 1, Puck: PSL-2206, Cryo: direct
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.234 |