当前蛋白身份：C3SQU2
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11BQ Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved 16S rRNA (EC-S3.5) 提交 2026-02-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 307 SPD SPERMIDINE × 14 SPM SPERMINE × 1 C CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 G GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 11DG Chimeric Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved Vibrio cholerae 16S rRNA (VC-S4.4) 提交 2026-02-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 272 SPD SPERMIDINE × 14 SPM SPERMINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 11EL Chimeric Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved 16S rRNA from Vibrio cholerae (VC-ST) 提交 2026-02-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 308 SPD SPERMIDINE × 16 SPM SPERMINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 4V85 Crystal Structure of Release Factor RF3 Trapped in the GTP State on a Rotated Conformation of the Ribosome. 提交 2011-06-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 BD
1–209（209 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 493 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Tris Ac PH.7.0, 25-35 mM KCL, 6.1% PEG 20000, 1% glycerol, 50mM sucrose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.250 |
| 7YLA Cryo-EM structure of 50S-HflX complex 提交 2022-07-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–209（209 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.52 Å |
| 8AM9 Cryo-EM structure of the proline-rich antimicrobial peptide drosocin bound to the elongating ribosome 提交 2022-08-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 293 SPM SPERMINE × 1 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8ANA Cryo-EM structure of the proline-rich antimicrobial peptide drosocin bound to the 50S ribosomal subunit 提交 2022-08-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 216 SPM SPERMINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.10 Å |
| 8EIU E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C 提交 2022-09-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 268 SPD SPERMIDINE × 16 8AN 3'-amino-3'-deoxyadenosine 5'-(dihydrogen phosphate) × 2 SPM SPERMINE × 1 MET METHIONINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.24 Å |
| 8J1Z The global structure of pre50S related to DbpA in state3 提交 2023-04-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric（27） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 210 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM HEPES-KOH,pH7.5;140mM NH4Cl;10mM Mg2+,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8QBT E. coli ApdP-stalled ribosomal complex 提交 2023-08-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–209（209 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 248 K POTASSIUM ION × 127 PRO PROLINE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 8W51 Structure of YchF(H114A) on E.coli 50S ribosomal subunit 提交 2023-08-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–209（209 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 104 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8ZEJ Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide 提交 2024-05-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PRO PROLINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.69 Å |
| 8ZFI Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide and trigger factor 提交 2024-05-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PRO PROLINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.90 Å |
| 9AX7 70S initiation complex (tRNA-fMet M1 + CUG start codon) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 309 IAS BETA-L-ASPARTIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.63 Å |
| 9CG5 70S initiation complex (tRNA-fMet M1 + UUG start codon) 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 309 IAS BETA-L-ASPARTIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.59 Å |
| 9CG6 70S initiation complex (tRNA-fMet M1 + GUG start codon) 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 309 IAS BETA-L-ASPARTIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 9CG7 70S initiation complex (tRNA-fMet M1 + AUG start codon) 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 309 IAS BETA-L-ASPARTIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 9D89 E. coli 50S ribosomal subunit in complex with PrAMP rumicidin-2 (focused refinement) 提交 2024-08-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 204 K POTASSIUM ION × 93 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.95 Å |
| 9O2X Structure of WT E.coli ribosome 70S subunit with complexed with mRNA, P-site fMet-NH-tRNAfMet and A-site (S)-betahydroxyBocK charged NH-tRNAPyl 提交 2025-04-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 320 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 10 PAR PAROMOMYCIN × 1 SPD SPERMIDINE × 14 SPM SPERMINE × 1 A1B71 (2S)-6-[(tert-butoxycarbonyl)amino]-2-(hydroxymethyl)hexanoic acid × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.29 Å |
| 9O2Y Structure of WT E.coli ribosome 70S subunit with complexed with mRNA, P-site fMet-NH-tRNAfMet and A-site (R) beta-2-hydroxy-BocLysine acid charged NH-tRNAPyl 提交 2025-04-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 320 SPD SPERMIDINE × 13 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 SPM SPERMINE × 1 K POTASSIUM ION × 10 ZN ZINC ION × 2 A1B70 (2R)-6-[(tert-butoxycarbonyl)amino]-2-(hydroxymethyl)hexanoic acid × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.14 Å |
| 9PIH E. coli 70S ribosome bound to Doxycycline 提交 2025-07-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 276 K POTASSIUM ION × 92 DXT (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9PII E. coli 70S ribosome bound to Sarecycline 提交 2025-07-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 281 K POTASSIUM ION × 100 V7A Sarecycline × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9PIJ E. coli 70S ribosome bound to Minocycline 提交 2025-07-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 340 K POTASSIUM ION × 148 MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 9WNQ Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide 提交 2025-09-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PRO PROLINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.59 Å |
| 9WNR Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide and trigger factor 提交 2025-09-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–209（209 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PRO PROLINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.76 Å |