8j1z

The global structure of pre50S related to DbpA in state3

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 224.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8j1z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8j1z
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8j1z
沉积日期 deposition_date2023-04-13
最后修订 last_revision2024-04-24
结构标题 titleThe global structure of pre50S related to DbpA in state3
关键词 keywordsRibosome, pre50S, DbpA; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier66.89
回转半径 Rg (电子) rg_electron67.79
零角强度 I(0) i046748400000.00
分子量 molecular_weight1176100.0 kDa
排除体积 excluded_volume1197100 ų
包络体积 envelope_volume1976200 ų
水化壳体积 shell_volume224940 ų
包络直径 envelope_diameter227.9
壳层 Rg shell_rg79.48
包络 Rg envelope_rg67.07
形状 Rg shape_rg67.85
总 Rg total_rg67.76
总原子数 total_atoms78856
残基数 n_residues5455
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax224.2
Rg (实空间) rg_real66.71
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.71
I(0) (实空间) i0_real4.6750e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0080e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal67.45
I(0) (倒空间) i0_reciprocal46810000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6401
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary87.7
偏度 Skewness skewness0.205
峰度 Kurtosis kurtosis-0.403
角度范围 angular_range— – 0.1150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6484000000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.038; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.786

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (29)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)