当前蛋白身份:C3SQX2 重新检索
本组结构的主要差异维度
组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

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相关结构差异明细

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PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
4V85 Crystal Structure of Release Factor RF3 Trapped in the GTP State on a Rotated Conformation of the Ribosome. 提交 2011-06-13 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 55 PDB 声明:59-meric(59) 与全部聚合物一致
链 AC 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 493 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;295 K;Tris Ac PH.7.0, 25-35 mM KCL, 6.1% PEG 20000, 1% glycerol, 50mM sucrose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.20 Å R-free 0.250
6YSR Structure of the P+9 stalled ribosome complex 提交 2020-04-23 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 52 PDB 声明:57-meric(57) 与全部聚合物一致
链 c 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 332 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4;50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
分辨率 3.10 Å
6YSS Structure of the P+9 ArfB-ribosome complex in the post-hydrolysis state 提交 2020-04-23 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 53 PDB 声明:58-meric(58) 与全部聚合物一致
链 c 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 387 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4;50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
分辨率 2.60 Å
6YST Structure of the P+9 ArfB-ribosome complex with P/E hybrid tRNA in the post-hydrolysis state 提交 2020-04-23 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 53 PDB 声明:58-meric(58) 与全部聚合物一致
链 c 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 253 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4;50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
分辨率 3.20 Å
6YSU Structure of the P+0 ArfB-ribosome complex in the post-hydrolysis state 提交 2020-04-23 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 52 PDB 声明:57-meric(57) 与全部聚合物一致
链 c 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 356 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4;50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.1 % w/v DDM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6ZTJ E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (38 nt intervening mRNA) 提交 2020-07-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 58 PDB 声明:66-meric(66) 与全部聚合物一致
链 AC 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 479 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6ZTM E. coli 70S-RNAP expressome complex in collided state without NusG 提交 2020-07-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 52 PDB 声明:60-meric(60) 与全部聚合物一致
链 AC 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 421 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6ZTN E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (42 nt intervening mRNA) 提交 2020-07-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:63-meric(63) 与全部聚合物一致
链 AC 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6ZTO E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 1 提交 2020-07-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:62-meric(62) 与全部聚合物一致
链 AC 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6ZTP E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 6 提交 2020-07-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:62-meric(62) 与全部聚合物一致
链 AC 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6ZU1 E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 2 提交 2020-07-21 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:62-meric(62) 与全部聚合物一致
链 AC 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7AF3 Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state M (head domain) 提交 2020-09-19 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物一致
链 C 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å
7AF5 Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state I (head domain) 提交 2020-09-19 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物一致
链 C 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 52 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
7AF8 Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state E (head domain) 提交 2020-09-19 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物一致
链 C 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
7AFA Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state F (head domain) 提交 2020-09-19 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物一致
链 C 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 25 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
7AFD Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state A (head domain) 提交 2020-09-19 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物一致
链 C 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 22 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.44 Å
7AFH Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state C (head domain) 提交 2020-09-19 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物一致
链 C 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 11 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.59 Å
7AFK Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state D (head domain) 提交 2020-09-19 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物一致
链 C 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 12 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.90 Å
7AFN Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state B (head domain) 提交 2020-09-19 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物一致
链 C 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 11 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.86 Å
7NAX Complete Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state I (Consensus Refinement) 提交 2021-01-25 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 19 PDB 声明:eicosameric(20) 与全部聚合物一致
链 C 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 181 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
7NWT Initiated 70S ribosome in complex with 2A protein from encephalomyocarditis virus (EMCV) 提交 2021-03-17 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:59-meric(59) 与全部聚合物一致
链 h 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 437 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;Initiated 70S ribosomes in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2 were diluted tenfold into 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM potassium acetate, 1.5 mM MgCl2, 2.0 mM DTT. 2A protein was dialysed (3K MWCO, 277K, 16 h) into the same buffer. Crosslinking reactions of 50 microliters comprising 75 nM ribosomes, 3.0 micromolar 2A and 2.0 mM bis(sulfosuccinimidyl)suberate (BS3) were performed on ice (30 min) immediately prior to grid preparation.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Quantifoil R 2/2 400-mesh copper supports were coated with an additional ~ 60 angstrom layer of amorphous, evaporated carbon by flotation and thoroughly dried before use. Grids were made hydrophilic by glow-discharge in air for 30 s. Three microliters of crosslinking reaction was applied to grids which were then blotted for 4.5 s and vitrified by plunging into liquid ethane using a Vitrobot MK IV (FEI) at 277K, 100% relative humidity.
分辨率 2.66 Å
7PJS Structure of the 70S ribosome with tRNAs in the classical pre-translocation state and apramycin (C) 提交 2021-08-24 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 52 PDB 声明:58-meric(58) 与全部聚合物一致
链 c 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 363 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
分辨率 2.35 Å
7PJT Structure of the 70S ribosome with tRNAs in hybrid state 1 (H1) 提交 2021-08-24 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 52 PDB 声明:58-meric(58) 与全部聚合物一致
链 c 1–233(233 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
分辨率 6.00 Å
7PJW Structure of the 70S-EF-G-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 2 (H2-EF-G-GDP-Pi) 提交 2021-08-24 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 53 PDB 声明:59-meric(59) 与全部聚合物一致
链 c 1–233(233 aa)
未记录 AM2 APRAMYCIN × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
分辨率 4.00 Å
7PJX Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in hybrid state 1 (H1-EF-G-GDP) 提交 2021-08-24 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 53 PDB 声明:59-meric(59) 与全部聚合物一致
链 c 1–233(233 aa)
未记录 AM2 APRAMYCIN × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
分辨率 6.50 Å
7PJZ Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in chimeric state 2 (CHI2-EF-G-GDP) 提交 2021-08-24 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 53 PDB 声明:59-meric(59) 与全部聚合物一致
链 c 1–233(233 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 AM2 APRAMYCIN × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
分辨率 6.00 Å
7Q4K Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain 提交 2021-10-31 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:56-meric(56) 与全部聚合物一致
链 AC 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 172 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9GUP 30S mRNA delivery complex (open head) 提交 2024-09-20 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 21 PDB 声明:23-meric(23) 与全部聚合物一致
链 D 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 86 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9GUS 30S mRNA delivery complex TEC resolved (30S only) 提交 2024-09-20 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 21 PDB 声明:24-meric(24) 与全部聚合物一致
链 D 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 125 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9GUT 30S mRNA delivery complex (bS1 resolved) 提交 2024-09-20 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 21 PDB 声明:24-meric(24) 与全部聚合物一致
链 D 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 137 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9GUU 30S mRNA delivery complex (consensus) 提交 2024-09-20 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 21 PDB 声明:24-meric(24) 与全部聚合物一致
链 D 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 120 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9GUV 30S mRNA delivery complex (closed-head) 提交 2024-09-20 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 21 PDB 声明:24-meric(24) 与全部聚合物一致
链 D 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 86 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9GUW 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 2 提交 2024-09-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 26 PDB 声明:30-meric(30) 与全部聚合物一致
链 D 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 118 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9GUX 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 1 提交 2024-09-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 27 PDB 声明:31-meric(31) 与全部聚合物一致
链 D 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 132 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9RTU Structure of the 70S-EF-G(P610L)-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 1 (H1-EF-G(P610L)-GDP-Pi) 提交 2025-07-03 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 53 PDB 声明:59-meric(59) 与全部聚合物一致
链 c 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 369 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
分辨率 3.00 Å
9RTV Structure of the 70S-EF-G(P610L)-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 2 (H2-EF-G(P610L)-GDP-Pi) 提交 2025-07-03 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 53 PDB 声明:59-meric(59) 与全部聚合物一致
链 c 1–233(233 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 369 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
分辨率 3.60 Å
9SX2 30S Doxycycline Bound E. coli Ribosome 提交 2025-10-08 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 21 PDB 声明:22-meric(22) 与全部聚合物一致
链 C 1–233(233 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 DXT (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 142 K POTASSIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;BS100 ribosomal resuspension buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.08 Å