当前蛋白身份：G0RYI5
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4WVY Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo) 提交 2014-11-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–462（462 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate pH 6.0
|
分辨率 3.64 Å R-free 0.251 |
| 4WVY Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo) 提交 2014-11-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–462（462 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate pH 6.0
|
分辨率 3.64 Å R-free 0.251 |
| 4WVY Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo) 提交 2014-11-08 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–462（462 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate pH 6.0
|
分辨率 3.64 Å R-free 0.251 |
| 4WW4 Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)/Rvb2(ADP) 提交 2014-11-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–462（462 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate, ADP-BeF3
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.223 |
| 4WW4 Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)/Rvb2(ADP) 提交 2014-11-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–462（462 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate, ADP-BeF3
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.223 |
| 4WW4 Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)/Rvb2(ADP) 提交 2014-11-10 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–462（462 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate, ADP-BeF3
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.223 |
| 5FM6 Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)Rvb2(apo) 提交 2015-11-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–462（462 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M BIS-TRIS PH 5.7; 1.8 M AMMONIUM SULPHATE
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.256 |
| 5FM7 Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)Rvb2(ADP) 提交 2015-11-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–462（462 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M MES PH 6.0,1 M SUCCINATE, 1.2% MME
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.282 |
| 6FHS CryoEM Structure of INO80core 提交 2018-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
1–462（462 aa）
链 B
1–462（462 aa）
链 C
1–462（462 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8,
60 mM KCl,
0.5% glycerol,
0.25 mM CaCl2,
20 uM ZnCl2,
0.25 mM DTT,
0.05% Octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.75 Å |
| 6FML CryoEM Structure INO80core Nucleosome complex 提交 2018-01-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–462（462 aa）
链 B
1–462（462 aa）
链 C
1–462（462 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8,
60 mM KCl,
0.5% glycerol,
0.25 mM CaCl2,
20 uM ZnCl2,
0.25 mM DTT,
0.05% Octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.34 Å |
| 8AV6 CryoEM structure of INO80 core nucleosome complex in closed grappler conformation 提交 2022-08-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–462（462 aa）
链 B
1–462（462 aa）
链 C
1–462（462 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.68 Å |
| 8OO7 CryoEM Structure INO80core Hexasome complex composite model state1 提交 2023-04-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric（18） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–462（462 aa）
链 B
1–462（462 aa）
链 C
1–462（462 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5
50mM NaCl
0.25mM CaCl2
0.25mM DTT
2mM ADP
3.3mM MgCl2
10mM NaF
2mM AlCl3
0.05% octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)
|
分辨率 2.80 Å |
| 8OOC CryoEM Structure INO80core Hexasome complex Rvb core refinement state1 提交 2023-04-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
1–462（462 aa）
链 B
1–462（462 aa）
链 C
1–462（462 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5
50mM NaCl
0.25mM CaCl2
0.25mM DTT
2mM ADP
3.3mM MgCl2
10mM NaF
2mM AlCl3
0.05% octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)
|
分辨率 2.93 Å |
| 8OOP CryoEM Structure INO80core Hexasome complex composite model state2 提交 2023-04-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric（18） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–462（462 aa）
链 B
1–462（462 aa）
链 C
1–462（462 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5
50mM NaCl
0.25mM CaCl2
0.25mM DTT
2mM ADP
3.3mM MgCl2
10mM NaF
2mM AlCl3
0.05% octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)
|
分辨率 2.70 Å |
| 8OOR CryoEM Structure INO80core Hexasome complex Rvb core refinement state2 提交 2023-04-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
1–462（462 aa）
链 B
1–462（462 aa）
链 C
1–462（462 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5
50mM NaCl
0.25mM CaCl2
0.25mM DTT
2mM ADP
3.3mM MgCl2
10mM NaF
2mM AlCl3
0.05% octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)
|
分辨率 2.87 Å |