当前蛋白身份：J3QS39
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2DEN Solution Structure of the Ubiquitin-Associated Domain of Human BMSC-UbP and its Complex with Ubiquitin 提交 2006-02-14 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
1mM HGB1-UBA | 20mM phosphate, 100mM NaCl, pH6.5
NMR样品组成
1mM Ubiquitin | 20mM phosphate, 100mM NaCl, pH6.5
|
分辨率未提供 |
| 2MBH NMR structure of EKLF(22-40)/Ubiquitin Complex 提交 2013-07-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20
NMR样品组成
4 mM Ubi_unl, 0.8 mM [U-100% 15N] EKLF, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
4 mM EKLF_unl, 0.8 mM [U-100% 15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
4 mM EKLF_unl, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
4 mM Ubi_unl, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] EKLF, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3PRM Structural analysis of a viral OTU domain protease from the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus in complex with human ubiquitin 提交 2010-11-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–75（75 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；22-26% PEG 8000, 0.1 M Na cacodylate, 0.2 M Mg acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.267 |
| 3PRM Structural analysis of a viral OTU domain protease from the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus in complex with human ubiquitin 提交 2010-11-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–75（75 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；22-26% PEG 8000, 0.1 M Na cacodylate, 0.2 M Mg acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.267 |
| 3PRP Structural analysis of a viral OTU domain protease from the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus in complex with human ubiquitin 提交 2010-11-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–75（75 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；22-28% PEG 8000, 100 mM Na cacodylate pH 6.5, 100-250 mM Mg acetate, and 2% n-Octyl- -D-glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.212 |
| 3PRP Structural analysis of a viral OTU domain protease from the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus in complex with human ubiquitin 提交 2010-11-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–75（75 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；22-28% PEG 8000, 100 mM Na cacodylate pH 6.5, 100-250 mM Mg acetate, and 2% n-Octyl- -D-glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.212 |
| 5TXK CRYSTAL STRUCTURE OF USP35 C450S IN COMPLEX WITH UBIQUITIN 提交 2016-11-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；296 K；0.95 M ammonium sulphate
0.1 M HEPES
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.183 |
| 5YDR Structure of DNMT1 RFTS domain in complex with ubiquitin 提交 2017-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–73（73 aa）
片段：UNP residues 1-73
链 D
1–73（73 aa）
片段：UNP residues 1-73
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8；291 K；20mM Tris-HCl, 200mM sodium acetate, 25% PEG 4000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.233 |
| 6K4I The partially disordered conformation of ubiquitin (Q41N variant) 提交 2019-05-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
|
突变：Q41N | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4；278 K；离子强度（mmCIF原始值）30；压力 2500
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ubiquitin, 30 mM D D-acetate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3 mM [U-99% 15N] ubiquitin, 30 mM D D-acetate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6KOW Retracted state of S65/T66 double-phosphorylated ubiquitin 提交 2019-08-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 760
NMR样品组成
20 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6KOX Relaxed state of S65/T66 double-phosphorylated ubiquitin 提交 2019-08-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 760
NMR样品组成
20 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6NJG Ubiquitin Variant in Complex with Ubiquitin Interacting Motif 提交 2019-01-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–78（78 aa）
|
突变：K6Q, L8I, G10V, K11M, T12R, T14A, K48M, Q62K, K63R, E64D, T66N, H68Y, L71S, R72S, G75S, G76L, M77R, Q78A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.1 M DL-Malic acid
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.244 |
| 6NOG Poised-state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome 提交 2019-01-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing
|
分辨率 3.90 Å |
| 6O96 Dot1L bound to the H2BK120 Ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 PROPANE；blotted for 3s before plunging
|
分辨率 3.50 Å |
| 6OAM Crystal Structure of ChlaDUB2 DUB domain 提交 2019-03-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–75（75 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 0.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.8 M sodium phosphate monobasic, 0.1M Cesium chloride
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.306 |
| 6OAM Crystal Structure of ChlaDUB2 DUB domain 提交 2019-03-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–75（75 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 0.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.8 M sodium phosphate monobasic, 0.1M Cesium chloride
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.306 |
| 6PZV Crystal Structure of Bovine DNMT1 RFTS domain in complex with H3K9me3 and Ubiquitin 提交 2019-08-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；277 K；0.1M citric acid (pH 3.5), 28% PEG8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.272 |
| 6PZV Crystal Structure of Bovine DNMT1 RFTS domain in complex with H3K9me3 and Ubiquitin 提交 2019-08-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；277 K；0.1M citric acid (pH 3.5), 28% PEG8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.272 |
| 6QF8 Solution NMR ensemble for human ubiquitin at 298K compiled using the CoMAND method 提交 2019-01-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] human ubiquitin, 40 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6TBM Structure of SAGA bound to TBP, including Spt8 and DUB 提交 2019-11-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 R
1–75（75 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 20.00 Å |
| 6UH5 Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome 提交 2019-09-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric（19） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6XAA SARS CoV-2 PLpro in complex with ubiquitin propargylamide 提交 2020-06-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
|
突变：G76 replaced with propargylamide 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris chloride, pH 8.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.260 |
| 6XQC UbKEKS 提交 2020-07-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
500 uM [U-13C; U-15N] UbKEKS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
500 uM [U-13C; U-15N] UbKEKS, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7BBD Crystal structure of monoubiquitinated TRIM21 RING (Ub-RING) In complex with ubiquitin charged Ube2N (Ube2N~Ub) and Ube2V2 提交 2020-12-17 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–74（74 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290.15 K；MOPSO, Bis-Tris, PEG 4K, 1,2,6-hexanetriol, Li, Na, K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.252 |
| 7BU0 Crystal structure of a OTU deubiquitinase in complex with Ub-PA 提交 2020-04-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–75（75 aa）
链 D
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289.15 K；0.1M Magnesium formate dihydrate
15% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.255 |
| 7E8I Structural insight into BRCA1-BARD1 complex recruitment to damaged chromatin 提交 2021-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7NBB Branched Lys48- and Lys63-linked tri-ubiquitin (K48-K63-Ub3) in complex with synthetic nanobody NbSL3 提交 2021-01-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–72（72 aa）
链 B
1–76（76 aa）
链 C
1–76（76 aa）
|
突变：K48R K63R 突变：K48R K63R | MG MAGNESIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277.15 K；0.1 M Bis-Tris pH 7.2
0.28 M MgCl2
21% PEG3350
0.15 M NaCl
0.05 M Tris/HCl pH 7.5
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.212 |
| 7NBB Branched Lys48- and Lys63-linked tri-ubiquitin (K48-K63-Ub3) in complex with synthetic nanobody NbSL3 提交 2021-01-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–72（72 aa）
链 F
1–76（76 aa）
链 G
1–76（76 aa）
|
突变：K48R K63R 突变：K48R K63R | MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 5 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277.15 K；0.1 M Bis-Tris pH 7.2
0.28 M MgCl2
21% PEG3350
0.15 M NaCl
0.05 M Tris/HCl pH 7.5
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.212 |
| 7NPO Branched K48-K63-Ub3 提交 2021-02-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–72（72 aa）
链 B
1–76（76 aa）
链 C
1–76（76 aa）
|
突变：K48R K63R 突变：K48R K63R | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Ammonium acetate, 20 mM Tris pH 7.5, 50 mM NaCl, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% w/v PEG 4000; 22 mg/ml
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.284 |
| 7QO4 26S proteasome WT-Ubp6-UbVS complex in the si state (ATPases, Rpn1, Ubp6, and UbVS) 提交 2021-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 9
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.00 Å |
| 7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49） 与蛋白数一致 |
链 9
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å |
| 7UD5 Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-03-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric（17） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.25 Å |
| 7US1 Structure of parkin (R0RB) bound to two phospho-ubiquitin molecules 提交 2022-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–74（74 aa）
链 C
1–74（74 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1M Bis-Tris propane pH 7.5, 20.5% PEG3350, 0.2M NaI
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.258 |
| 7W3U USP34 catalytic domain in complex with UbPA 提交 2021-11-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% w/v PEG 3350, 0.8M Magnesium chloride hexahydrate, 0.6mM Lyso PG, 1 mM Facade R-EPC
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.245 |
| 7W3U USP34 catalytic domain in complex with UbPA 提交 2021-11-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% w/v PEG 3350, 0.8M Magnesium chloride hexahydrate, 0.6mM Lyso PG, 1 mM Facade R-EPC
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.245 |
| 7W3U USP34 catalytic domain in complex with UbPA 提交 2021-11-26 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% w/v PEG 3350, 0.8M Magnesium chloride hexahydrate, 0.6mM Lyso PG, 1 mM Facade R-EPC
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.245 |
| 7W54 Crystal structure of a bacterial OTU DUB with Ub-PA 提交 2021-11-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
1–75（75 aa）
链 D
1–75（75 aa）
链 E
1–75（75 aa）
链 F
1–75（75 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；299 K；100 mM Magnesium formate, 15% (w/v) PEG 3350, pH 8.0
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.253 |
| 7YQK cryo-EM structure of gammaH2AXK15ub-H4K20me2 nucleosome bound to 53BP1 提交 2022-08-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–75（75 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 8A67 Branched Lys48- and Lys63-linked tri-ubiquitin (K48-K63-Ub3) in complex with matured synthetic nanobody NbSL3.3Q (3rd generation) 提交 2022-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–72（72 aa）
链 B
1–76（76 aa）
链 C
1–76（76 aa）
|
突变：K48R K63R 突变：K48R K63R | GOL GLYCEROL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；Protein concentrated to 14.5 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl. Mixed 200 nl protein with 100 nl mother liquor (0.1 M HEPES pH 7.5, 10% 2-propanol, 20% PEG4000). Crystals harvested and cryo-protected with Mother liquor supplemented with 30% glycerol.
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.245 |
| 8A67 Branched Lys48- and Lys63-linked tri-ubiquitin (K48-K63-Ub3) in complex with matured synthetic nanobody NbSL3.3Q (3rd generation) 提交 2022-06-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–72（72 aa）
链 F
1–76（76 aa）
链 G
1–76（76 aa）
|
突变：K48R K63R 突变：K48R K63R | GOL GLYCEROL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；Protein concentrated to 14.5 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl. Mixed 200 nl protein with 100 nl mother liquor (0.1 M HEPES pH 7.5, 10% 2-propanol, 20% PEG4000). Crystals harvested and cryo-protected with Mother liquor supplemented with 30% glycerol.
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.245 |
| 8DU4 Complex between RbBP5-WDR5 and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-07-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–76（76 aa）
|
突变：G76C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 8HQY Cryo-EM structure of SSX1 bound to the H2AK119Ub nucleosome at a resolution of 3.05 angstrom 提交 2022-12-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–74（74 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 8K6E LnaB-Actin-PRUb ternary complex 提交 2023-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–75（75 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；PEG 8000; Sodium chloride; Sodium HEPES
|
分辨率 2.74 Å R-free 0.245 |
| 8T2D Ubiquitin variant i53:Mutant T12Y.T14E.L67R with 53BP1 Tudor domain 提交 2023-06-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–74（74 aa）
|
突变：T12Y, T14E, L67R | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；0.1 M MES pH 6.0,
0.2 M Trimethylamine N-oxide dehydrate,
13% w/v PEG MME 2000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.273 |
| 8WG5 Cryo-EM structure of USP16 bound to H2AK119Ub nucleosome 提交 2023-09-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–75（75 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9KQO cryo-EM structure of RNF20/RNF40-RAD6A-Ub in complex with H2BS112GlcNAc nucleosome 提交 2024-11-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–75（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.48 Å |
| 9NY4 USP21 bound to H2AK119ub nucleosome 提交 2025-03-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |