当前蛋白身份：K7N5M4
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3PQY Crystal Structure of 6218 TCR in complex with the H2Db-PA224 提交 2010-11-28 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
107–249（143 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；10-14% PEG 3350, 0.2M KCN, 0.1M Bis Tris Propane pH 6.8, 5% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.316 |
| 3PQY Crystal Structure of 6218 TCR in complex with the H2Db-PA224 提交 2010-11-28 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
107–249（143 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；10-14% PEG 3350, 0.2M KCN, 0.1M Bis Tris Propane pH 6.8, 5% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.316 |
| 3PQY Crystal Structure of 6218 TCR in complex with the H2Db-PA224 提交 2010-11-28 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 O
107–249（143 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；10-14% PEG 3350, 0.2M KCN, 0.1M Bis Tris Propane pH 6.8, 5% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.316 |
| 3PQY Crystal Structure of 6218 TCR in complex with the H2Db-PA224 提交 2010-11-28 | Assembly 4 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 T
107–249（143 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；10-14% PEG 3350, 0.2M KCN, 0.1M Bis Tris Propane pH 6.8, 5% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.316 |
| 4MNH Structure of the DP10.7 TCR 提交 2013-09-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
120–259（140 aa）
片段：DP10.7 TCR gamma variable domain fused with human TCR beta constant domain
|
突变：S173C, C191A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 10k, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.285 |
| 4MNH Structure of the DP10.7 TCR 提交 2013-09-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
120–259（140 aa）
片段：DP10.7 TCR gamma variable domain fused with human TCR beta constant domain
|
突变：S173C, C191A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 10k, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.285 |
| 5BRZ MAGE-A3 reactive TCR in complex with MAGE-A3 in HLA-A1 提交 2015-06-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
108–248（141 aa）
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M ammonium chloride, 0.1M HEPES pH7, 15% PEG 8000
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.268 |
| 5BS0 MAGE-A3 Reactive TCR in complex with Titin Epitope in HLA-A1 提交 2015-06-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
108–249（142 aa）
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未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.2M Ammonium Chloride, 0.1M MES, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.262 |
| 5MEN Human Leukocyte Antigen A02 presenting ILAKFLHWL, in complex with cognate T-Cell Receptor 提交 2016-11-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
125–249（125 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M HEPES pH7, 20% PEG 8000
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.272 |
| 5WLG Crystal Structure of H-2Db with the GAP501 peptide (SQL) 提交 2017-07-26 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
120–249（130 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；277 K；18%PEG3350, 2% ethylen glycol, 0.2M CaCl2, 0.1M HEPES pH 7.2
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.249 |
| 5WLG Crystal Structure of H-2Db with the GAP501 peptide (SQL) 提交 2017-07-26 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
120–249（130 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；277 K；18%PEG3350, 2% ethylen glycol, 0.2M CaCl2, 0.1M HEPES pH 7.2
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.249 |
| 6AT6 Crystal structure of the KFJ5 TCR 提交 2017-08-28 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
120–249（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 25 % PEG3350
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.218 |
| 6BJ2 TCR589 in complex with HIV(Pol448-456)/HLA-B35 提交 2017-11-03 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
120–249（130 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；295 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 20% PEG3350, 0.002 M zinc chloride
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.276 |
| 6BJ3 TCR55 in complex with HIV(Pol448-456)/HLA-B35 提交 2017-11-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 H
107–249（143 aa）
|
突变：A187C | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；295 K；PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.216 |
| 6BJ8 TCR55 in complex with Pep20/HLA-B35 提交 2017-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 H
107–249（143 aa）
|
突变：A187C | GOL GLYCEROL × 27 PO4 PHOSPHATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；295 K；0.04 M potassium phosphate monobasic, 16% w/v PEG8000, 20% v/v glycerol
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.183 |
| 6CW6 Structure of alpha-GC[8,18] bound by CD1d and in complex with the Va14Vb8.2 TCR 提交 2018-03-29 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
138–248（111 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PBS (2S,3S,4R)-N-OCTANOYL-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]-2-AMINO-OCTADECANE-3,4-DIOL × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；295 K；8% Tacsimate pH 4.0
20% PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.250 |
| 6D78 The complex between high-affinity TCR DMF5(alpha-D26Y,beta-L98W) and human Class I MHC HLA-A2 with the bound MART-1(27-35)peptide 提交 2018-04-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
125–249（125 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Tris, 12% PEG6000, 0.2 M magnesium chloride
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.255 |
| 6DKP The complex among DMF5(alpha-D26Y, alpha-Y50A,beta-L98W) TCR, human Class I MHC HLA-A2 and MART-1(26-35)(A27L) peptide 提交 2018-05-30 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
120–249（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；12% Peg 3350, 250mM MgCl2, 0.1M HEPES
|
分辨率 2.97 Å R-free 0.286 |
| 6PY2 HLA-TCR complex 提交 2019-07-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
120–249（130 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES, pH 6.5, 5% v/v MPD, 15% w/v PEG6000
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.244 |
| 6Q3S Engineered Human HLA_A2 MHC Class I molecule in complex with TCR and SV9 peptide 提交 2018-12-04 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
123–249（127 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M ammonium acetate; 0.1 M bis-tris pH 5.5, 17 %(w/v) PEG 10.000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.273 |
| 6R2L NYBR1-A2-SLSKILDTV 提交 2019-03-18 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
107–249（143 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 8 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.2 M NaCl, 0.1 M MES, 20% PEG 6000, pH 6.0 . Condition B07 from Molecular Dimensions PACT premier HT-96/FX-96, MD1-36
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.265 |
| 6U07 Computational Stabilization of T Cell Receptor Constant Domains 提交 2019-08-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
120–249（130 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；23% PEG 4K, 300 mM magnesium sulfate, 10% glycerol
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.226 |
| 6V80 Crystal structure of human CD1d presenting alpha-Galactosylceramide in complex with NKT12 TCR and VHH nanobody 1D12 提交 2019-12-10 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
6–249（244 aa）
|
未记录 | AGH N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；21 % (v/v) PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate, 3% (v/v) D-(+)-trehalose dehydrate
|
分辨率 3.53 Å R-free 0.254 |
| 6V80 Crystal structure of human CD1d presenting alpha-Galactosylceramide in complex with NKT12 TCR and VHH nanobody 1D12 提交 2019-12-10 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 I
6–249（244 aa）
|
未记录 | AGH N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；21 % (v/v) PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate, 3% (v/v) D-(+)-trehalose dehydrate
|
分辨率 3.53 Å R-free 0.254 |
| 7M72 MHC-like protein complex structure 提交 2021-03-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
120–249（130 aa）
片段：murine variable domain,human constant domain
|
未记录 | QOD (3R)-N-[(2S,3R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3-hydroxy-15-methylhexadecan-2-yl]-3-hydroxyheptadecanamide × 1 HP6 HEPTANE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；18-20% PEG 3350, 8% Tacsimate pH 5.0
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.227 |
| 7N4K 6218 TCR in complex with H2-Db PA 224 提交 2021-06-04 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
107–249（143 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG3350, 0.2 M NaF, 0.05 M NaForm, 1% 1,5-Diaminopentane dihydrochloride
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.214 |
| 7N5C 6218 TCR in complex with H2Db PA with an engineered TCR-pMHC disulfide bond 提交 2021-06-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
107–249（143 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG3350, 0.2M NaF, 0.05M NaForm, 1% 1,5-Diaminopentane dihydrochloride
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.233 |
| 7N5P 6218 TCR in complex with H2-Db PA224-233 with a cysteine mutant 提交 2021-06-06 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
107–249（143 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG3350, 0.2M NaF, 0.05M NaForm, 1% 1,5-Diaminopentane dihydrochloride
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.236 |
| 7NDQ Gag:02 TCR in complex with HLA-E. 提交 2021-02-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 EEE
120–249（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23.2% (w/v) PEG 1500, 93 mM MMT pH 9.0
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.296 |
| 7NDU Gag:02 TCR in complex with HLA-E featuring a non-natural amino acid 提交 2021-02-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 EEE
120–249（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22.3% (w/v) PEG 1500, 89 mM MMT pH 9.0
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.301 |