当前蛋白身份：K9N5Q8
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4XAK Crystal structure of potent neutralizing antibody m336 in complex with MERS Co-V RBD 提交 2014-12-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
367–601（235 aa）
片段：Receptor-binding domain (UNP residues 367-601)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 2000MME, 100 mM HEPES, pH7.5
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.249 |
| 4XAK Crystal structure of potent neutralizing antibody m336 in complex with MERS Co-V RBD 提交 2014-12-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
367–601（235 aa）
片段：Receptor-binding domain (UNP residues 367-601)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 2000MME, 100 mM HEPES, pH7.5
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.249 |
| 4ZPT Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 1) 提交 2015-05-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 R
381–588（208 aa）
片段：receptor-binging domain, UNP residues 381-588
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 50 mM sodium chloride, 10 % PEG 400, 11 % PEG 8,000
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.244 |
| 4ZPT Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 1) 提交 2015-05-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 S
381–588（208 aa）
片段：receptor-binging domain, UNP residues 381-588
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 50 mM sodium chloride, 10 % PEG 400, 11 % PEG 8,000
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.244 |
| 4ZPV Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 2) 提交 2015-05-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 R
381–588（208 aa）
片段：UNP residues 381-588
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 80 mM magnesium acetate, 14.5 % PEG 8,000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.281 |
| 4ZPV Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 2) 提交 2015-05-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 S
381–588（208 aa）
片段：UNP residues 381-588
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 80 mM magnesium acetate, 14.5 % PEG 8,000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.281 |
| 4ZPW Structure of unbound MERS-CoV spike receptor-binding domain (England1 strain). 提交 2015-05-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 R
381–588（208 aa）
片段：receptor-binding domain, UNP residues 381-588
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 10 % MPD, 29 % PEG 1,500
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.259 |
| 4ZPW Structure of unbound MERS-CoV spike receptor-binding domain (England1 strain). 提交 2015-05-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 S
381–588（208 aa）
片段：receptor-binding domain, UNP residues 381-588
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 10 % MPD, 29 % PEG 1,500
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.259 |
| 6C6Y Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus neutralizing antibody JC57-14 isolated from a vaccinated rhesus macaque in complex with MERS Receptor Binding Domain 提交 2018-01-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 S
381–588（208 aa）
片段：Receptor Binding Domain residues 381-588
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；90 mM CHES pH 9.5, 18% PEG 8,000
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.267 |
| 6C6Y Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus neutralizing antibody JC57-14 isolated from a vaccinated rhesus macaque in complex with MERS Receptor Binding Domain 提交 2018-01-19 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 R
381–588（208 aa）
片段：Receptor Binding Domain residues 381-588
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；90 mM CHES pH 9.5, 18% PEG 8,000
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.267 |
| 7M55 B6 Fab fragment bound to the MERS-CoV spike stem helix peptide 提交 2021-03-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1230–1244（15 aa）
片段：residues 1230-1244 of the spike glycoprotein
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Magnesium Chloride and 20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.200 |
| 7X27 MERS-CoV spike complex 提交 2022-02-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
19–1229（1211 aa）
链 I
19–1229（1211 aa）
链 J
19–1229（1211 aa）
|
突变：H1020Q, V1060P, L1061P 突变：H1020Q, V1060P, L1061P 突变：H1020Q, V1060P, L1061P | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 8DGV Crystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC99.103 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1221–1247（27 aa）
片段：stem helix domain, residues 1221-1247
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295.15 K；19% (v/v) Isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) Glycerol, 0.095 M Sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.249 |
| 8DGX Crystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC68.109 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1221–1247（27 aa）
片段：Stem helix domain, residues 1221-1247
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.17 M Sodium acetate, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) Glycerol, 0.085 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.280 |
| 8DGX Crystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC68.109 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1221–1247（27 aa）
片段：Stem helix domain, residues 1221-1247
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.17 M Sodium acetate, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) Glycerol, 0.085 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.280 |
| 8XZ6 MERS-CoV S and radixin complex structure 提交 2024-01-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
1334–1346（13 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.5, and 6% PEG 8000
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.256 |
| 8XZ6 MERS-CoV S and radixin complex structure 提交 2024-01-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1334–1346（13 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.5, and 6% PEG 8000
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.256 |
| 8XZ6 MERS-CoV S and radixin complex structure 提交 2024-01-20 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1334–1346（13 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.5, and 6% PEG 8000
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.256 |
| 8XZ6 MERS-CoV S and radixin complex structure 提交 2024-01-20 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1334–1346（13 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.5, and 6% PEG 8000
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.256 |
| 8Z4O MERS-CoV post-fusion S ectodomain trimer 提交 2024-04-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
752–1290（539 aa）
链 B
752–1290（539 aa）
链 C
752–1290（539 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.79 Å |
| 8Z4T MERS-CoV S ectodomain trimer in complex with receptor DPP4-750E 提交 2024-04-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
19–1224（1206 aa）
链 B
19–1224（1206 aa）
链 C
19–1224（1206 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.93 Å |
| 9IXV Cryo-EM structure of MERS-CoV S1-NTD bound with KNIH-88 Fab 提交 2024-07-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–350（350 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.11 Å |