当前蛋白身份：M1E1E4
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2M7W Independently verified structure of gp41-M-MAT, a membrane associated MPER trimer from HIV-1 gp41 提交 2013-05-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–59（59 aa）
链 B
1–59（59 aa）
链 C
1–59（59 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；303 K；压力 ambient
NMR样品组成
2 mM protein, 50 mM sodium phosphate, 100 mM [U-99% 2H] DPC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5KWW Crystal Structure of Inhibitor JNJ-53718678 In Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein 提交 2016-07-19 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
1–28（28 aa）
片段：F0 (UNP residues 1-513) + Envelope glycoprotein (UNP residues 1-28)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 3 SO4 SULFATE ION × 30 6YA 3-[[5-chloranyl-1-(3-methylsulfonylpropyl)indol-2-yl]methyl]-1-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]imidazo[4,5-c]pyridin-2-one × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；1.54 M potassium/sodium tartrate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CHES, pH 9.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.239 |
| 5U68 Structural basis for antibody cross-neutralization of respiratory syncytial virus and human metapneumovirus 提交 2016-12-07 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–28（28 aa）
片段：UNP P03420 residues 1-513,UNP M1E1E4 residues 1-28
链 B
1–28（28 aa）
片段：UNP P03420 residues 1-513,UNP M1E1E4 residues 1-28
链 C
1–28（28 aa）
片段：UNP P03420 residues 1-513,UNP M1E1E4 residues 1-28
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M Potassium Nitrate, 0.1M Citrate Phosphate pH 4.2, 1 % Tacsimate pH 7.0, 14 (w/v) % PEG 6000
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.239 |
| 6A0Z Crystal structure of broadly neutralizing antibody 13D4 bound to H5N1 influenza hemagglutinin, HA head region 提交 2018-06-06 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–28（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289.15 K；0.1 M Bis-Tris-propane pH 6.5, 0.2 M NaAc and 18% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.218 |
| 6APD Crystal structure of RSV F bound by AM22 and the infant antibody ADI-19425 提交 2017-08-17 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
1–29（29 aa）
链 B
1–29（29 aa）
链 C
1–29（29 aa）
|
突变：N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V 突变：N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V 突变：N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000
10% 2-propanol
0.1 M sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.256 |
| 6CNV INFLUENZA B/BRISBANE HEMAGGLUTININ FAB CR9115 SD84H COMPLEX 提交 2018-03-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 B
1–28（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；100 mM sodium acetate, pH 4.5, 5.5 M sodium formate, and 5% MPD
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.276 |
| 6CXC 3.9A Cryo-EM structure of murine antibody bound at a novel epitope of respiratory syncytial virus fusion protein 提交 2018-04-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–30（30 aa）
链 B
1–30（30 aa）
链 C
1–30（30 aa）
链 D
1–30（30 aa）
链 E
1–30（30 aa）
链 F
1–30（30 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.90 Å |
| 6DC3 RSV prefusion F bound to RSD5 Fab 提交 2018-05-04 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
1–28（28 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 13 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.0
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.205 |
| 6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–28（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.280 |
| 6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–28（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.280 |
| 6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–28（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.280 |
| 6G9I Crystal structure of Ebolavirus glycoprotein in complex with clomipramine 提交 2018-04-10 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
2–28（27 aa）
|
突变：H613A,H613A,H613A,H613A | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 GOL GLYCEROL × 12 CXX 3-(3-CHLORO-5H-DIBENZO[B,F]AZEPIN-5-YL)-N,N-DIMETHYLPROPAN-1-AMINE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；293 K；9% (w/v) PEG 6000 and 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.208 |
| 6ONA Crystal structure of Influenza hemagglutinin from strain A/Hickox/JY2/1940 提交 2019-04-20 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–28（28 aa）
片段：UNP residues 18-509
链 B
1–28（28 aa）
片段：UNP residues 18-509
链 C
1–28（28 aa）
片段：UNP residues 18-509
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 CL CHLORIDE ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；287 K；0.1 uL 9.5 mg/mL SEC-purified InvbQ.18715.a.KN11.PD38349 in 2 5 mM Tris, pH 8.5, 150 mM sodium chloride + 0.1 uL mother liquor (0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.1 M magnesium chloride, 34% PEG400), flash-frozen, crystal ID 308018c7 data set les6-6
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.230 |
| 6OUS Structure of fusion glycoprotein from human respiratory syncytial virus 提交 2019-05-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
1–28（28 aa）
链 D
1–28（28 aa）
链 F
1–28（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM Tris 8.5, 10% PEG 8000, 200 mM ammonium sulfate
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.275 |
| 6OUS Structure of fusion glycoprotein from human respiratory syncytial virus 提交 2019-05-05 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 H
1–28（28 aa）
链 J
1–28（28 aa）
链 L
1–28（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM Tris 8.5, 10% PEG 8000, 200 mM ammonium sulfate
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.275 |
| 6VKC Crystal Structure of Inhibitor JNJ-36811054 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein 提交 2020-01-20 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
1–28（28 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 18 R0J 3-{[5-chloro-1-(4,4,4-trifluorobutyl)-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl]methyl}-1-cyclopropyl-1,3-dihydro-2H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-one × 3 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；1.52M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.229 |
| 6VKD Crystal Structure of Inhibitor JNJ-36689282 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein 提交 2020-01-20 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
1–28（28 aa）
|
未记录 | R0P 1-cyclopropyl-3-({1-[3-(methylsulfonyl)propyl]-1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-2-yl}methyl)-1,3-dihydro-2H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-one × 3 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；1.64M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.229 |
| 6VKE Crystal Structure of Inhibitor JNJ-40012665 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein 提交 2020-01-20 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
1–28（28 aa）
|
未记录 | NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 3 R0S 4-(5-chloro-2-{[1-(3,4-dimethoxyphenyl)-2-oxo-1,2-dihydro-3H-imidazo[4,5-c]pyridin-3-yl]methyl}-1H-indol-1-yl)butanenitrile × 3 CL CHLORIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；1.64M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.199 |
| 6W16 Crystal structure of a human metapneumovirus monomeric fusion protein complexed with 458 Fab 提交 2020-03-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
1–28（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1.0 M Lithium sulfate monohydrate
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.234 |
| 7AD1 Cryo-EM structure of a prefusion stabilized SARS-CoV-2 Spike (D614N, R682S, R685G, A892P, A942P and V987P)(One up trimer) 提交 2020-09-14 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–28（28 aa）
链 B
1–28（28 aa）
链 C
1–28（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å |
| 7FJN Cryo-EM structure of South African (B.1.351) SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with two T6 Fab 提交 2021-08-04 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–28（28 aa）
链 B
1–28（28 aa）
链 C
1–28（28 aa）
|
突变：R682G,R683S,R685S,K968P,V969P,S305T 突变：R682G,R683S,R685S,K968P,V969P,S305T 突变：R682G,R683S,R685S,K968P,V969P,S305T | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 7KC1 Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HA 提交 2020-10-04 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
1–28（28 aa）
链 D
1–28（28 aa）
链 I
1–28（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |
| 7L7F Cryo-EM structure of human ACE2 receptor bound to protein encoded by vaccine candidate BNT162b1 提交 2020-12-28 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–28（28 aa）
链 F
1–28（28 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å |
| 7MPG Cryo-EM structure of Prefusion-stabilized RSV F (DS-Cav1) in complex with Fab AM14 提交 2021-05-04 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
1–29（29 aa）
链 B
1–29（29 aa）
链 C
1–29（29 aa）
|
突变：S155C,S190F,V207L,S290C 突变：S155C,S190F,V207L,S290C 突变：S155C,S190F,V207L,S290C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7QTI SARS-CoV-2 S Omicron Spike B.1.1.529 - 3-P2G3 and 1-P5C3 Fabs (Global) 提交 2022-01-14 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 A
1–30（30 aa）
链 D
1–30（30 aa）
链 K
1–30（30 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 7ZRV cryo-EM structure of omicron spike in complex with de novo designed binder, full map 提交 2022-05-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–30（30 aa）
链 B
1–30（30 aa）
链 C
1–30（30 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8HFX Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein in complex with white-tailed deer ACE2 提交 2022-11-13 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–29（29 aa）
链 B
1–29（29 aa）
链 C
1–29（29 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 9BJM Crystal Structure of Inhibitor 5c in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein 提交 2024-04-25 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–28（28 aa）
|
未记录 | A1APZ 1'-{[5-chloro-1-(4,4,4-trifluorobutyl)-1H-1,3-benzimidazol-2-yl]methyl}-1-(methanesulfonyl)spiro[azetidine-3,3'-indol]-2'(1'H)-one × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3M NaFormate
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.203 |