当前蛋白身份：O14763
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1D0G CRYSTAL STRUCTURE OF DEATH RECEPTOR 5 (DR5) BOUND TO APO2L/TRAIL 提交 1999-09-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 R
54–183（130 aa）
片段：EXTRACELLULAR DOMAIN RESIDUES 1-130
链 S
54–183（130 aa）
片段：EXTRACELLULAR DOMAIN RESIDUES 1-130
链 T
54–183（130 aa）
片段：EXTRACELLULAR DOMAIN RESIDUES 1-130
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；15% Peg8K, 10% ethylene glycol, 0.2M ammonium sulface, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,
temperature 19K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.267 |
| 1DU3 Crystal structure of TRAIL-SDR5 提交 2000-01-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
54–183（130 aa）
片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
链 B
54–183（130 aa）
片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
链 C
54–183（130 aa）
片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 4.6；295 K；PEG 1000, Sodium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 22K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.291 |
| 1DU3 Crystal structure of TRAIL-SDR5 提交 2000-01-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
54–183（130 aa）
片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
链 H
54–183（130 aa）
片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
链 I
54–183（130 aa）
片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 4.6；295 K；PEG 1000, Sodium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 22K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.291 |
| 1ZA3 The crystal structure of the YSd1 Fab bound to DR5 提交 2005-04-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 S
54–183（130 aa）
片段：Extra-cellular domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；292 K；20% PEG 8000, 0.2M MgAcetate, 0.1M NaCacodylate pH 6.2-6.6, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.280 |
| 1ZA3 The crystal structure of the YSd1 Fab bound to DR5 提交 2005-04-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 R
54–183（130 aa）
片段：Extra-cellular domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；292 K；20% PEG 8000, 0.2M MgAcetate, 0.1M NaCacodylate pH 6.2-6.6, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.280 |
| 2H9G Crystal structure of phage derived Fab BdF1 with human Death Receptor 5 (DR5) 提交 2006-06-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 R
54–183（130 aa）
片段：extra cellular domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；Crystals from drops containing an equal volume of protein and well solution consisting of 20% PEG 3350, 0.2M Na2HPO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.1-6.8. The crystals were cryo-protected with well solution supplemented with 20% PEG 200., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.282 |
| 2H9G Crystal structure of phage derived Fab BdF1 with human Death Receptor 5 (DR5) 提交 2006-06-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 S
54–183（130 aa）
片段：extra cellular domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；Crystals from drops containing an equal volume of protein and well solution consisting of 20% PEG 3350, 0.2M Na2HPO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.1-6.8. The crystals were cryo-protected with well solution supplemented with 20% PEG 200., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.282 |
| 3X3F TRAIL-R2 Extracellular Region Complexed to a Fab fragment from Human Agonist Antibody KMTR2 提交 2015-01-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
54–184（131 aa）
片段：UNP residues 54-184
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；7.5% PEG 3350, 75mM calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.224 |
| 4I9X Crystal structure of human cytomegalovirus glycoprotein UL141 targeting the death receptor TRAIL-R2 提交 2012-12-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
58–184（127 aa）
片段：TRAIL-R2, UNP residues 58-184
链 D
58–184（127 aa）
片段：TRAIL-R2, UNP residues 58-184
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；295.15 K；20% PEG 8K, CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.274 |
| 4N90 Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody 提交 2013-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 T
57–182（126 aa）
片段：UNP residues 57-182
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.286 |
| 4N90 Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody 提交 2013-10-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 S
57–182（126 aa）
片段：UNP residues 57-182
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.286 |
| 4N90 Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody 提交 2013-10-18 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 R
57–182（126 aa）
片段：UNP residues 57-182
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.286 |
| 4OD2 Crystal structure of the Fab fragment of an anti-DR5 antibody bound to DR5 提交 2014-01-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 S
73–183（111 aa）
片段：UNP residues 73-183
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；Protein (7mg/mL in 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl) was mixed with equal volume of well solution (30% PEG 4K, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M MgCl2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.305 |
| 6NHW Structure of the transmembrane domain of the Death Receptor 5 - Dimer of Trimer 提交 2018-12-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
208–242（35 aa）
片段：residues 208-242
链 B
208–242（35 aa）
片段：residues 208-242
链 C
208–242（35 aa）
片段：residues 208-242
链 D
208–242（35 aa）
片段：residues 208-242
链 E
208–242（35 aa）
片段：residues 208-242
链 F
208–242（35 aa）
片段：residues 208-242
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
0.8 mM [U-13C; U-15N; 85%-2H] Transmembrane Domain of Death Receptor 5, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-13C; U-15N] Transmembrane Domain of Death Receptor 5, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.4 mM [U-15N; U-2H; 15%-13C] Transmembrane Domain of Death Receptor 5, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6NHY Structure of the transmembrane domain of the Death Receptor 5 mutant (G217Y) - Trimer Only 提交 2018-12-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
208–242（35 aa）
链 B
208–242（35 aa）
链 C
208–242（35 aa）
|
突变：G217Y 突变：G217Y 突变：G217Y | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
0.8 mM [U-13C; U-15N; 85%-2H] Transmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-13C; U-15N] Transmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.4 mM [15%-13C; U-15N; H-2H] Transmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6T3J Dual Epitope Targeting by Anti-DR5 Antibodies 提交 2019-10-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
58–184（127 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；281 K；10% (w/v) PEG 4000
200 mM ammonium sulphate
100 mM Sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.282 |
| 6T3J Dual Epitope Targeting by Anti-DR5 Antibodies 提交 2019-10-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
58–184（127 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；281 K；10% (w/v) PEG 4000
200 mM ammonium sulphate
100 mM Sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.282 |
| 8DPX Preligand association structure of DR5 提交 2022-07-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
77–184（108 aa）
链 B
77–184（108 aa）
链 C
77–184（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.2；310 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
400 uM [U-100% 15N, U-100% 13C, U-85% 2H] DR5 ectodomain, 4.4 mM DGS-NTA (Ni), 44 mM DMPC, 88 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
500 uM [U-100% 15N; U-100% 2H] DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
250 uM [U-100% 15N; U-100% 2H] Isotopically mixed DR5 ectodomain, 250 uM [U-100% 13C] DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
250 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-95% 2H] Isotopically mixed DR5 ectodomain, 250 uM DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
400 uM [U-100% 15N, U-85% 2H] DR5 ectodomain, 4.4 mM DGS-NTA (Ni), 44 mM DMPC, 88 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |