当前蛋白身份：O14807
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7SD0 Cryo-EM structure of the SHOC2:PP1C:MRAS complex 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–208（208 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Used the "perpetually hydrated" method of applying graphene oxide. (Cheung et al., 2018)
|
分辨率 2.95 Å |
| 7TVF Crystal structure of the SHOC2-MRAS-PP1CA (SMP) complex to a resolution of 2.17 Angstrom 提交 2022-02-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
1–178（178 aa）
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突变：Q71L | GOL GLYCEROL × 7 SO4 SULFATE ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；Crystals originally grown in 15% PEG 1500, 0.1M MIB pH 4.2 (15mg/ml of SMP) were used to make seeds. Microseeded into a condition with a reservoir consisting of 17.8% PEG 3350, 136mM sodium sulfate with 1:10 dilution of seeds (7.5mg/ml of SMP) using a ratio of 200nl protein:133nl reservoir:67nl diluted seeds
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.226 |
| 7TVF Crystal structure of the SHOC2-MRAS-PP1CA (SMP) complex to a resolution of 2.17 Angstrom 提交 2022-02-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–178（178 aa）
|
突变：Q71L | GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；Crystals originally grown in 15% PEG 1500, 0.1M MIB pH 4.2 (15mg/ml of SMP) were used to make seeds. Microseeded into a condition with a reservoir consisting of 17.8% PEG 3350, 136mM sodium sulfate with 1:10 dilution of seeds (7.5mg/ml of SMP) using a ratio of 200nl protein:133nl reservoir:67nl diluted seeds
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.226 |
| 7TXH Human MRas Q71R in complex with human Shoc2 LRR domain M173I and human PP1Ca 提交 2022-02-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–178（178 aa）
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突变：Q71R | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M NaH2PO4 pH 6.5, 12% PEG 8000
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.210 |
| 7TXH Human MRas Q71R in complex with human Shoc2 LRR domain M173I and human PP1Ca 提交 2022-02-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–178（178 aa）
|
突变：Q71R | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M NaH2PO4 pH 6.5, 12% PEG 8000
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.210 |
| 7UPI Cryo-EM structure of SHOC2-PP1c-MRAS holophosphatase complex 提交 2022-04-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–182（182 aa）
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突变：Q71L | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Fluorinated octyl maltoside added immediately prior to vitrification
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.89 Å |
| 9B4R Crystal structure of MRAS bound to GMPPNP 提交 2024-03-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
11–178（168 aa）
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未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；0.002 M divalent II mix, 50%v/v(30%w/v PEG 3000, 40%v/v 1,2,4-butanetriol, and 2%w/v NDSB 256)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.250 |
| 9B4T Crystal structure of the MRAS-p110alpha complex 提交 2024-03-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–178（178 aa）
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突变：Q35A | 5H5 (2S)-2-({2-[1-(propan-2-yl)-1H-1,2,4-triazol-5-yl]-5,6-dihydroimidazo[1,2-d][1,4]benzoxazepin-9-yl}oxy)propanamide × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M (Tris/Bicine) 1.2%w/v cholic acid mix, 50%v/v (40%v/v ethylene glycol, 20%w/v PEG 8000)
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分辨率 2.75 Å R-free 0.262 |
| 9C1A Crystal structure of GDP-bound human M-RAS protein in crystal form I 提交 2024-05-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–178（178 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2M CaCl2, 20% PEG3350
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.200 |
| 9C1B Crystal structure of GDP-bound human M-RAS protein in crystal form II 提交 2024-05-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–204（204 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；20% PEG3350
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.247 |
| 9C1B Crystal structure of GDP-bound human M-RAS protein in crystal form II 提交 2024-05-28 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–204（204 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；20% PEG3350
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.247 |
| 9C1B Crystal structure of GDP-bound human M-RAS protein in crystal form II 提交 2024-05-28 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–204（204 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；20% PEG3350
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.247 |
| 9C1B Crystal structure of GDP-bound human M-RAS protein in crystal form II 提交 2024-05-28 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–204（204 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；20% PEG3350
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.247 |
| 9MEZ Crystal structure of MRAS(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–181（181 aa）
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未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；11.2% w/v PEG3350, 5.26% Tacsimate pH 6.0
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.255 |
| 9MEZ Crystal structure of MRAS(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–181（181 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MLA MALONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；11.2% w/v PEG3350, 5.26% Tacsimate pH 6.0
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.255 |
| 9MEZ Crystal structure of MRAS(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–181（181 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MLA MALONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；11.2% w/v PEG3350, 5.26% Tacsimate pH 6.0
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.255 |
| 9MEZ Crystal structure of MRAS(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1–181（181 aa）
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未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MLA MALONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；11.2% w/v PEG3350, 5.26% Tacsimate pH 6.0
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.255 |
| 9MEZ Crystal structure of MRAS(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
1–181（181 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；11.2% w/v PEG3350, 5.26% Tacsimate pH 6.0
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.255 |
| 9O0P Crystal structure of GDP-bound mutant MRAS in complex with MRTX1133 提交 2025-04-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–178（178 aa）
|
突变：F74Y, R105H, F106Y, L109Q | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2M ammonium fluoride
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分辨率 1.50 Å R-free 0.221 |
| 9O0P Crystal structure of GDP-bound mutant MRAS in complex with MRTX1133 提交 2025-04-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–178（178 aa）
|
突变：F74Y, R105H, F106Y, L109Q | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2M ammonium fluoride
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.221 |
| 9O0Q Crystal structure of GMPPNP-bound mutant MRAS in complex with MRTX1133 提交 2025-04-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–178（178 aa）
|
突变：F74Y, R105H, F106Y, L109Q | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.6M magnesium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.207 |
| 9O0Q Crystal structure of GMPPNP-bound mutant MRAS in complex with MRTX1133 提交 2025-04-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–178（178 aa）
|
突变：F74Y, R105H, F106Y, L109Q | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.6M magnesium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.207 |
| 9O0Q Crystal structure of GMPPNP-bound mutant MRAS in complex with MRTX1133 提交 2025-04-03 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–178（178 aa）
|
突变：F74Y, R105H, F106Y, L109Q | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.6M magnesium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.207 |