当前蛋白身份：O35433
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2NYJ Crystal structure of the ankyrin repeat domain of TRPV1 提交 2006-11-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
101–364（264 aa）
片段：ankyrin repeart domain, residues 101-365
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.033MM PROTEIN, 5% PEG8000, 0.1M SODIUM CITRATE, 5MM ATP, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.286 |
| 2PNN Crystal Structure of the Ankyrin Repeat Domain of Trpv1 提交 2007-04-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
101–364（264 aa）
片段：Ankyrin Repeat Domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5；3% PEG 8000, 0.1M SODIUM CITRATE, 5MM ATP, PH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K, pH 5.00
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.248 |
| 3J5P Structure of TRPV1 ion channel determined by single particle electron cryo-microscopy 提交 2013-10-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
111–603（493 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 A
626–718（93 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 B
111–603（493 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 B
626–718（93 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 C
111–603（493 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 C
626–718（93 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 D
111–603（493 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 D
626–718（93 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP；pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 6 sec；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)
|
分辨率 3.27 Å |
| 3J5Q Structure of TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX determined by single particle electron cryo-microscopy 提交 2013-10-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
111–719（609 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 D
111–719（609 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 E
111–719（609 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 G
111–719（609 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP；pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 6 sec；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)
|
分辨率 3.80 Å |
| 3J5R Reconstruction of TRPV1 ion channel in complex with capsaicin by single particle cryo-microscopy 提交 2013-10-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
111–603（493 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 A
626–718（93 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 B
111–603（493 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 B
626–718（93 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 C
111–603（493 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 C
626–718（93 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 D
111–603（493 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 D
626–718（93 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP；pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 6 sec；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)
|
分辨率 4.20 Å |
| 3J9J Structure of the capsaicin receptor, TRPV1, determined by single particle electron cryo-microscopy 提交 2015-02-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
111–603（493 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 A
627–719（93 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 B
111–603（493 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 B
627–719（93 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 C
111–603（493 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 C
627–719（93 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 D
111–603（493 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 D
627–719（93 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 3SUI Crystal structure of ca2+-calmodulin in complex with a trpv1 c-terminal peptide 提交 2011-07-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
767–801（35 aa）
片段：Unp residues 767-801
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M MES PH6.0, 2.2-2.8M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.248 |
| 5IRX Structure of TRPV1 in complex with DkTx and RTX, determined in lipid nanodisc 提交 2016-03-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
110–603（494 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 A
627–764（138 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 B
110–603（494 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 B
627–764（138 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 C
110–603（494 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 C
627–764（138 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 D
110–603（494 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 D
627–764（138 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
|
未记录 | 6O8 (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphatetradecan-1-aminium × 4 6OE (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate × 8 6EU resiniferatoxin × 4 6O9 (2S)-2-(acetyloxy)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}propyl pentanoate × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 2.95 Å |
| 5IRZ Structure of TRPV1 determined in lipid nanodisc 提交 2016-03-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
110–603（494 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 B
627–764（138 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 C
110–603（494 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 C
627–764（138 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 D
110–603（494 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 D
627–764（138 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 E
110–603（494 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 E
627–764（138 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
|
未记录 | 6O8 (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphatetradecan-1-aminium × 4 6ES (2S)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4S,5S,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(pentanoyloxy)propan-2-yl decanoate × 4 6OE (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate × 16 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 3.28 Å |
| 5IS0 Structure of TRPV1 in complex with capsazepine, determined in lipid nanodisc 提交 2016-03-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
110–603（494 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 B
627–764（138 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 C
110–603（494 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 C
627–764（138 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 D
110–603（494 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 D
627–764（138 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 E
110–603（494 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
链 E
627–764（138 aa）
片段：UNP residues 110-603, 627-764
|
未记录 | 6ET capsazepine × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 3.43 Å |
| 7L2H Cryo-EM structure of unliganded full-length TRPV1 at neutral pH 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–838（837 aa）
链 B
2–838（837 aa）
链 C
2–838（837 aa）
链 D
2–838（837 aa）
|
未记录 | XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 XJD (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl tridecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.63 Å |
| 7L2I Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at pH6a state 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–838（837 aa）
链 B
2–838（837 aa）
链 C
2–838（837 aa）
链 D
2–838（837 aa）
|
未记录 | XJA (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7L2J Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at pH6c state 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–838（837 aa）
链 B
2–838（837 aa）
链 C
2–838（837 aa）
链 D
2–838（837 aa）
|
未记录 | XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.66 Å |
| 7L2K Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at pH6b state 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–838（837 aa）
链 B
2–838（837 aa）
链 C
2–838（837 aa）
链 D
2–838（837 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.89 Å |
| 7L2L Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 in O1 state 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–838（837 aa）
链 B
2–838（837 aa）
链 C
2–838（837 aa）
链 D
2–838（837 aa）
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 7L2M Cryo-EM structure of DkTx/RTX-bound full-length TRPV1 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–838（837 aa）
链 B
2–838（837 aa）
链 C
2–838（837 aa）
链 D
2–838（837 aa）
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.84 Å |
| 7L2N Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 in C1 state 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–838（837 aa）
链 B
2–838（837 aa）
链 C
2–838（837 aa）
链 D
2–838（837 aa）
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 7L2O Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 at pH 5.5 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–838（837 aa）
链 B
2–838（837 aa）
链 C
2–838（837 aa）
链 D
2–838（837 aa）
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.64 Å |
| 7L2P cryo-EM structure of unliganded minimal TRPV1 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
链 B
110–764（655 aa）
链 C
110–764（655 aa）
链 D
110–764（655 aa）
|
未记录 | XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7L2R Cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 at the pre-open state 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 B
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 C
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 D
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
|
未记录 | XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 65I (9R,12R)-15-amino-12-hydroxy-6,12-dioxo-7,11,13-trioxa-12lambda~5~-phosphapentadecan-9-yl undecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7L2S cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 at the pre-bound state 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
链 B
110–764（655 aa）
链 C
110–764（655 aa）
链 D
110–764（655 aa）
|
未记录 | XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.71 Å |
| 7L2T cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 in partial open state 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
链 B
110–764（655 aa）
链 C
110–764（655 aa）
链 D
110–764（655 aa）
|
未记录 | XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 65I (9R,12R)-15-amino-12-hydroxy-6,12-dioxo-7,11,13-trioxa-12lambda~5~-phosphapentadecan-9-yl undecanoate × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.08 Å |
| 7L2U cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 in open state 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
链 B
110–764（655 aa）
链 C
110–764（655 aa）
链 D
110–764（655 aa）
|
未记录 | XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 XKP (11R,14S)-17-amino-14-hydroxy-8,14-dioxo-9,13,15-trioxa-14lambda~5~-phosphaheptadecan-11-yl decanoate × 4 NA SODIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 7L2V cryo-EM structure of RTX-bound minimal TRPV1 with NMDG at state b 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
链 B
110–764（655 aa）
链 C
110–764（655 aa）
链 D
110–764（655 aa）
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 XPS 6-deoxy-6-(methylamino)-D-galactitol × 1 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.82
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.64 Å |
| 7L2W cryo-EM structure of RTX-bound minimal TRPV1 with NMDG at state a 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
链 B
110–764（655 aa）
链 C
110–764（655 aa）
链 D
110–764（655 aa）
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.82
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 7L2X cryo-EM structure of RTX-bound minimal TRPV1 with NMDG at state c 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
链 B
110–764（655 aa）
链 C
110–764（655 aa）
链 D
110–764（655 aa）
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 XPJ 1-deoxy-1-(methylamino)-D-allitol × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.82
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.26 Å |
| 7LP9 Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at 4 degrees Celsius 提交 2021-02-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | T7X Phosphatidylinositol × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 28 NA SODIUM ION × 2 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.63 Å |
| 7LPA Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 4 degrees Celsius 提交 2021-02-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 NA SODIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 7LPB Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 25 degrees Celsius 提交 2021-02-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 7LPC Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at 48 degrees Celsius 提交 2021-02-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 24 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 T7X Phosphatidylinositol × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 7LPD Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 48 degrees Celsius, in an intermediate state, class 2 提交 2021-02-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 7LPE Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 48 degrees Celsius, in an open state, class 1 提交 2021-02-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 4 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 7MZ5 Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 in C2 state 提交 2021-05-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–838（837 aa）
链 B
2–838（837 aa）
链 C
2–838（837 aa）
链 D
2–838（837 aa）
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å |
| 7MZ6 Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 1 perturbed PI 提交 2021-05-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 B
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 C
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 D
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
|
未记录 | XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.85
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 7MZ7 Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 4 partially bound RTX 提交 2021-05-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 B
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 C
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 D
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.85
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 7MZ9 Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 1 partially bound RTX 提交 2021-05-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 B
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 C
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 D
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 1 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 3 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.85
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 7MZA Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 2 bound RTX in adjacent pockets 提交 2021-05-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 B
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 C
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 D
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
|
未记录 | XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 2 6EU resiniferatoxin × 2 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.85
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 7MZB Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 3 bound RTX and 1 perturbed PI 提交 2021-05-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 B
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 C
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 D
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
|
未记录 | XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 1 6EU resiniferatoxin × 3 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.85
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 7MZC Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with RTX bound in C1 state 提交 2021-05-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 B
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 C
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 D
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 7MZD Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with RTX bound in C2 state 提交 2021-05-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 B
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 C
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 D
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7MZE Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 2 bound RTX in opposite pockets 提交 2021-05-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 B
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 C
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
链 D
110–764（655 aa）
片段：UNP residues 110-764
|
未记录 | XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 2 NA SODIUM ION × 1 6EU resiniferatoxin × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.85
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 7RQU Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 4 degrees Celsius, in a closed state, class I 提交 2021-08-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 20 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 NA SODIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 7RQV Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 4 degrees Celsius, in an intermediate-closed state, class II 提交 2021-08-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 7RQW Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 4 degrees Celsius, in an open state, class III 提交 2021-08-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.11 Å |
| 7RQX Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 25 degrees Celsius, in an intermediate-open state, class A 提交 2021-08-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |
| 7RQY Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 25 degrees Celsius, in an open state, class B 提交 2021-08-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 7RQZ Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 48 degrees Celsius, in an open state, class alpha 提交 2021-08-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | 6EU resiniferatoxin × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 8T0C TRPV1 in Nanodisc bound with lysophosphatidic acid in all four monomers 提交 2023-05-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 4 NA SODIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8T0E TRPV1 in Nanodisc not bound with lysophosphatidic acid (apo) 提交 2023-05-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
片段：truncated construct
链 B
1–838（838 aa）
片段：truncated construct
链 C
1–838（838 aa）
片段：truncated construct
链 D
1–838（838 aa）
片段：truncated construct
|
未记录 | 8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8T0Y TRPV1 in nanodisc bound with one LPA in one monomer 提交 2023-06-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
片段：truncated construct
链 B
1–838（838 aa）
片段：truncated construct
链 C
1–838（838 aa）
片段：truncated construct
链 D
1–838（838 aa）
片段：truncated construct
|
未记录 | 8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 3 NA SODIUM ION × 1 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8T10 TRPV1 in nanodisc bound with two LPA molecules in opposite monomers 提交 2023-06-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
片段：truncated construct
链 B
1–838（838 aa）
片段：truncated construct
链 C
1–838（838 aa）
片段：truncated construct
链 D
1–838（838 aa）
片段：truncated construct
|
未记录 | 8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 2 NA SODIUM ION × 2 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8T3L TRPV1 in nanodisc bound with 2 LPA molecules in neighboring monomers 提交 2023-06-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
链 B
110–764（655 aa）
链 C
110–764（655 aa）
链 D
110–764（655 aa）
|
未记录 | 8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 2 NA SODIUM ION × 2 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8T3M TRPV1 in nanodisc bound with 3 LPA molecules 提交 2023-06-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
链 B
110–764（655 aa）
链 C
110–764（655 aa）
链 D
110–764（655 aa）
|
未记录 | 85R [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{S},3~{S},5~{R},6~{S})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate × 1 NA SODIUM ION × 2 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8U2Z TRPV1 in nanodisc bound with diC8-PIP2 in the dilated state 提交 2023-09-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
链 B
110–764（655 aa）
链 C
110–764（655 aa）
链 D
110–764（655 aa）
|
未记录 | PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8U30 TRPV1 in nanodisc bound with diC8-PIP2 in the closed state 提交 2023-09-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8U3A TRPV1 in nanodisc bound with PI-Br4 bound in Conformation 1 (monomer) 提交 2023-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
链 D
110–764（655 aa）
|
未记录 | VPN (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 8U3C TRPV1 in nanodisc bound with PI-Br4 bound in Conformation 2 (monomer) 提交 2023-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | VPN (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 8U3J TRPV1 in nanodisc bound with empty vanilloid binding pocket at 4C 提交 2023-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
197–753（557 aa）
链 B
197–753（557 aa）
链 C
197–753（557 aa）
链 D
197–753（557 aa）
|
未记录 | 3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8U3L TRPV1 in nanodisc bound with empty vanilloid binding pocket at 25C 提交 2023-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | 3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8U43 TRPV1 in nanodisc bound with PIP2-Br4 提交 2023-09-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
链 B
110–764（655 aa）
链 C
110–764（655 aa）
链 D
110–764（655 aa）
|
未记录 | V5H (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8U4D TRPV1 in nanodisc bound with PI-Br4, consensus structure 提交 2023-09-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
110–764（655 aa）
链 B
110–764（655 aa）
链 C
110–764（655 aa）
链 D
110–764（655 aa）
|
未记录 | VPN (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 9ISG Structure of rat TRPV1 in complex with PSFL426-S5 提交 2024-07-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | A1D92 4-azanyl-3-sulfanylidene-1,2,4-triazine-5,6-dione × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9OGK Refinement of PDB-3J5R against EMD-8117 using EMAN2 提交 2025-04-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9W4M ratTRPV1 bound with antagonist AMG517 提交 2025-07-31 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | A1D6R ~{N}-[4-[6-[4-(trifluoromethyl)phenyl]pyrimidin-4-yl]oxy-1,3-benzothiazol-2-yl]ethanamide × 4 NA SODIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9W4N Structure of rat TRPV1 in complex with SB-366791 提交 2025-07-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | ZEI (2E)-3-(4-chlorophenyl)-N-(3-methoxyphenyl)prop-2-enamide × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM Hepes, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 9W4T ratTRPV1 bound with antagonist AMG9810 提交 2025-08-01 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–838（838 aa）
链 B
1–838（838 aa）
链 C
1–838（838 aa）
链 D
1–838（838 aa）
|
未记录 | A1D6W (~{Z})-3-(4-~{tert}-butylphenyl)-~{N}-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)prop-2-enamide × 4 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.87 Å |