当前蛋白身份：O43189
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2E5P Solution structure of the TUDOR domain of PHD finger protein 1 (PHF1 protein) 提交 2006-12-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
29–83（55 aa）
片段：TUDOR domain, residues 8-62
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2M0O The solution structure of human PHF1 in complex with H3K36me3 提交 2012-10-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
6–83（78 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成
0.3-0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PHF1 tudor, 0.6-1.0 mM H3K36me3 peptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 4HCZ PHF1 Tudor in complex with H3K36me3 提交 2012-10-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–85（58 aa）
片段：Tudor domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.244 |
| 4HCZ PHF1 Tudor in complex with H3K36me3 提交 2012-10-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
28–85（58 aa）
片段：Tudor domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.244 |
| 5XFN Structure of the N-terminal domains of PHF1 提交 2017-04-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
25–340（316 aa）
片段：UNP residues 25-340
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Tris-pH 8.0, 10% PEG 3350, 22% ethylene glycerol
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.218 |
| 5XFO Structure of the N-terminal domains of PHF1 提交 2017-04-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
25–340（316 aa）
片段：UNP residues 25-340
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Tris-pH 8.0, 10% PEG 3350, 22% ethylene glycerol
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.227 |
| 5XFP Binary complex of PHF1 and a double stranded DNA 提交 2017-04-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
25–360（336 aa）
片段：UNP residues 25-360
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Tris-pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 10mM MgCl2
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.244 |
| 5XFP Binary complex of PHF1 and a double stranded DNA 提交 2017-04-11 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
25–360（336 aa）
片段：UNP residues 25-360
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Tris-pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 10mM MgCl2
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.244 |
| 5XFP Binary complex of PHF1 and a double stranded DNA 提交 2017-04-11 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
25–360（336 aa）
片段：UNP residues 25-360
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Tris-pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 10mM MgCl2
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.244 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 AA
28–87（60 aa）
链 AC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 10 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 JA
28–87（60 aa）
链 JC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 11 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 KA
28–87（60 aa）
链 KC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 12 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 LA
28–87（60 aa）
链 LC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 13 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 MA
28–87（60 aa）
链 MC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 14 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 NA
28–87（60 aa）
链 NC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 15 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 OA
28–87（60 aa）
链 OC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 BA
28–87（60 aa）
链 BC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 CA
28–87（60 aa）
链 CC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 15 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 DA
28–87（60 aa）
链 DC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 EA
28–87（60 aa）
链 EC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 FA
28–87（60 aa）
链 FC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 GA
28–87（60 aa）
链 GC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 HA
28–87（60 aa）
链 HC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 15 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 | Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 IA
28–87（60 aa）
链 IC
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.268 |
| 6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–87（60 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 17 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.241 |
| 6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.241 |
| 6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.241 |
| 6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
28–87（60 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.241 |
| 7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–87（60 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.281 |
| 7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
28–87（60 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.281 |
| 7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
28–87（60 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.281 |
| 7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
28–87（60 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.281 |
| 7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
28–87（60 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.281 |
| 7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
28–87（60 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.281 |
| 7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
28–87（60 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.281 |
| 7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
28–87（60 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.281 |