当前蛋白身份：O43602
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1MJD Structure of N-terminal domain of human doublecortin 提交 2002-08-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
87–192（106 aa）
片段：N-terminal domain, Residues (45-150)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
1mM doublecortin 45-150 U-15N, 13C; 50mM phosphate buffer; 5mMM DTT | 90% H2O, 10% H2O
|
分辨率未提供 |
| 2BQQ X-ray Structure of the N-terminal Domain of Human Doublecortin 提交 2005-04-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
45–150（106 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 45-150
|
突变：YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；1.4 M NAH2PO4, 0.35 M K2HPO4, 0.6% PEG 150, SITTING DROP, pH 4.40
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.237 |
| 2XRP Human Doublecortin N-DC Repeat (1MJD) and Mammalian Tubulin (1JFF and 3HKE) Docked into the 8-Angstrom Cryo-EM Map of Doublecortin- Stabilised Microtubules 提交 2010-09-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 I
46–140（95 aa）
片段：RESIDUES 46-140
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未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
80MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP；pH 6.8；80MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
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分辨率 8.20 Å |
| 4ATU Human doublecortin N-DC repeat plus linker, and tubulin (2XRP) docked into an 8A cryo-EM map of doublecortin-stabilised microtubules reconstructed in absence of kinesin 提交 2012-05-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 I
2–360（359 aa）
片段：RESIDUES 2-360
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP；pH 6.8；20MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT
|
分辨率 8.30 Å |
| 5IKC X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN in complex with FAB 提交 2016-03-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 M
52–140（89 aa）
片段：N-terminal domain, UNP Residues 133-221
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.265 |
| 5IKC X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN in complex with FAB 提交 2016-03-03 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 N
52–140（89 aa）
片段：N-terminal domain, UNP Residues 133-221
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.265 |
| 5IN7 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
127–231（105 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 127-231
|
突变：K215D, K216D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.236 |
| 5IN7 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-07 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
127–231（105 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 127-231
|
突变：K215D, K216D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.236 |
| 5IO9 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
133–230（98 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 133-231
|
突变：K215D, K216D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.210 |
| 5IO9 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
133–230（98 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 133-231
|
突变：K215D, K216D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.210 |
| 5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
133–231（99 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231
|
突变：K215D, K216D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.234 |
| 5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
133–231（99 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231
|
突变：K215D, K216D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.234 |
| 5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
133–231（99 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231
|
突变：K215D, K216D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.234 |
| 5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
133–231（99 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231
|
突变：K215D, K216D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.234 |
| 5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
133–231（99 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231
|
突变：K215D, K216D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.234 |
| 5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
133–231（99 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231
|
突变：K215D, K216D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.234 |
| 5IP4 X-RAY STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
251–341（91 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 251-341
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEGMME, 100 mM Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.246 |
| 5IP4 X-RAY STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
251–341（91 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 251-341
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEGMME, 100 mM Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.246 |
| 6FNZ Crystal Structure of domain-swapped C-terminal domain of human doublecortin 提交 2018-02-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
174–254（81 aa）
片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254
链 C
174–254（81 aa）
片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；20 mg/mL protein and 3x cmc CHAPS in 20mM CAPS/NaOH pH10.5, 100mM NaCl, 5mM TCEP mixed 60-70% with 40-30% reservoir consisting of 0.1M HEPES/NaOH pH7.0, 10% PEG 5000 MME, 5% Tacsimate
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.231 |
| 6FNZ Crystal Structure of domain-swapped C-terminal domain of human doublecortin 提交 2018-02-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
174–254（81 aa）
片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254
链 D
174–254（81 aa）
片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；20 mg/mL protein and 3x cmc CHAPS in 20mM CAPS/NaOH pH10.5, 100mM NaCl, 5mM TCEP mixed 60-70% with 40-30% reservoir consisting of 0.1M HEPES/NaOH pH7.0, 10% PEG 5000 MME, 5% Tacsimate
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.231 |
| 6REV Cryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of human doublecortin (DCX) bound to 13-protofilament GDP-microtubule 提交 2019-04-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 N
44–142（99 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6RF2 Cryo-EM structure of the C-terminal DC repeat (CDC) of human doublecortin (DCX) bound to 13-protofilament GDP.Pi-microtubule 提交 2019-04-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
178–264（87 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6RF8 Cryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of NDC-NDC chimera (human sequence) bound to 13-protofilament GDP-microtubule 提交 2019-04-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 N
44–142（99 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6RFD Cryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of NDC-NDC chimera (human sequence) bound to 14-protofilament GDP-microtubule 提交 2019-04-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 N
44–142（99 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |