当前蛋白身份：O43741
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2F15 Glycogen-Binding Domain Of The Amp-Activated Protein Kinase beta2 Subunit 提交 2005-11-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
69–163（95 aa）
片段：Glycogen-Binding Domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；27% MPD, 0.1 M Hepes, pH 7.5, 0.2 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
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分辨率 2.00 Å R-free 0.296 |
| 2V8Q Crystal structure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complexes with AMP 提交 2007-08-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
187–272（86 aa）
片段：RESIDUES 187-272
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未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å R-free 0.237 |
| 2V92 Crystal structure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complexes with ATP-AMP 提交 2007-08-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
187–272（86 aa）
片段：RESIDUES 187-272
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.40 Å R-free 0.259 |
| 2V9J Crystal structure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complexes with Mg.ATP-AMP 提交 2007-08-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
187–272（86 aa）
片段：RESIDUES 187-272
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.53 Å R-free 0.266 |
| 2Y8L Structure of the regulatory fragment of mammalian aMPK in complex with two ADP 提交 2011-02-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
187–272（86 aa）
片段：RESIDUES 187-272
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.253 |
| 2Y8Q Structure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complex with one ADP 提交 2011-02-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
187–272（86 aa）
片段：RESIDUES 187-272
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å R-free 0.275 |
| 2YA3 STRUCTURE OF THE REGULATORY FRAGMENT OF MAMMALIAN AMPK IN COMPLEX WITH COUMARIN ADP 提交 2011-02-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
187–272（86 aa）
片段：RESIDUES 187-272
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未记录 | J7V 3'-(7-diethylaminocoumarin-3-carbonylamino)-3'-deoxy-ADP × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.51 Å R-free 0.263 |
| 4CFH Structure of an active form of mammalian AMPK 提交 2013-11-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
187–272（86 aa）
片段：RESIDUES 187-272
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未记录 | STU STAUROSPORINE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP METHOD WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 8% ISOPROPANOL AND 5% MPD AS PRECIPITANT IN 0.1M TRIS AT PH 7.5 AT 18 DEGREES.
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分辨率 3.24 Å R-free 0.268 |
| 4EAI Co-crystal structure of an AMPK core with AMP 提交 2012-03-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
189–272（84 aa）
片段：UNP residues 189-272
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未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.26；298 K；MES, 16% IPP, 1% 1,4-butanediol, pH 6.26, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K
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分辨率 2.29 Å R-free 0.252 |
| 4EAJ Co-crystal of AMPK core with AMP soaked with ATP 提交 2012-03-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
189–272（84 aa）
片段：UNP residues 189-272
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.26；298 K；MES pH 6.26, 16% IPP, 1% 1,4-butanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K
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分辨率 2.61 Å R-free 0.258 |
| 4RER Crystal structure of the phosphorylated human alpha1 beta2 gamma1 holo-AMPK complex bound to AMP and cyclodextrin 提交 2014-09-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
76–272（197 aa）
片段：Human AMPK beta2 subunit [A76-I272]
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | STU STAUROSPORINE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；12% PEG 4000,0.1 M HEPES, pH7.8, 10% 2-propanol (v/v) and 0.19 mM 7-cyclohexyl-1-heptyl-D-maltoside, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 4.05 Å R-free 0.260 |
| 4REW Crystal structure of the non-phosphorylated human alpha1 beta2 gamma1 holo-AMPK complex 提交 2014-09-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
76–272（197 aa）
片段：Human AMPK beta2 subunit [A76-I272]
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未记录 | STU STAUROSPORINE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.8；293 K；0.1 M N-acetamido-iminodiacetic acid, pH 6.8, 9% 2-methyl-2,4-pentanediol, and 11.5 mM C-HEGA, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 4.58 Å R-free 0.259 |
| 6B2E Structure of full length human AMPK (a2b2g1) in complex with a small molecule activator SC4. 提交 2017-09-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–272（272 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | STU STAUROSPORINE × 1 CG7 5-{[6-chloro-5-(2'-hydroxy[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl]oxy}-2-methylbenzoic acid × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；6-8% PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 0.001% cocamidopropyl betaine and 0.1 M imidazole
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分辨率 3.80 Å R-free 0.277 |
| 7JHG Cryo-EM structure of ATP-bound fully inactive AMPK in complex with Dorsomorphin (Compound C) and Fab-nanobody 提交 2020-07-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 B
75–272（198 aa）
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未记录 | TAK 6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.47 Å |
| 7JHH Cryo-EM structure of ATP-bound fully inactive AMPK in complex with Fab and nanobody 提交 2020-07-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 B
75–272（198 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.92 Å |
| 7JIJ ATP-bound AMP-activated protein kinase 提交 2020-07-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
76–272（197 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M tri-lithium citrate,10% w/v PEG3350, pH7.5,0.01 M barium chloride
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分辨率 5.50 Å R-free 0.323 |
| 7M74 ATP-bound AMP-activated protein kinase 提交 2021-03-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 B
76–272（197 aa）
|
未记录 | TAK 6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.93 Å |