当前蛋白身份：O43791
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2CR2 Solution structure of N-terminal domain of speckle-type POZ protein 提交 2005-05-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
28–173（146 aa）
片段：math domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.25mM math domain U-13C,15N; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3HQI Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx/BTB/3-box-PucSBC1 提交 2009-06-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
28–329（302 aa）
片段：UNP residues 28-329
链 B
28–329（302 aa）
片段：UNP residues 28-329
|
突变：D140G 突变：D140G | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.275 |
| 3HQL Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases:SPOPMATHx-PucSBC1_pep2 提交 2009-06-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
片段：UNP residues 28-166
|
突变：D140G | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.258 |
| 3HQL Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases:SPOPMATHx-PucSBC1_pep2 提交 2009-06-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
28–166（139 aa）
片段：UNP residues 28-166
|
突变：D140G | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.258 |
| 3HQM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-CiSBC2 提交 2009-06-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
片段：UNP residues 28-166
|
突变：D140G | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.74 Å R-free 0.218 |
| 3HQM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-CiSBC2 提交 2009-06-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
28–166（139 aa）
片段：UNP residues 28-166
|
突变：D140G | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.74 Å R-free 0.218 |
| 3HSV Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-MacroH2ASBCpep2 提交 2009-06-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
链 B
28–166（139 aa）
|
突变：D140G 突变：D140G | ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.43 Å R-free 0.206 |
| 3HTM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPBTB/3-box 提交 2009-06-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
172–329（158 aa）
片段：UNP residues 172-329
链 B
172–329（158 aa）
片段：UNP residues 172-329
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.256 |
| 3HTM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPBTB/3-box 提交 2009-06-11 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
172–329（158 aa）
片段：UNP residues 172-329
链 D
172–329（158 aa）
片段：UNP residues 172-329
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.256 |
| 3HU6 Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx/BTB/3-box-PucSBC1 提交 2009-06-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
28–329（302 aa）
片段：UNP residues 28-329
链 B
28–329（302 aa）
片段：UNP residues 28-329
|
突变：D140G 突变：D140G | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.70 Å R-free 0.296 |
| 3IVB Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-MacroH2ASBCpep1 提交 2009-08-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
片段：UNP residues 28-166
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；10-20% PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.6, 50 mM zinc acetate. Cryoprotection 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.247 |
| 3IVQ Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-CiSBC2 提交 2009-09-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；28% PME 550, 0.1 M BTP, Cryoprotection: 35% PME 550, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.279 |
| 3IVQ Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-CiSBC2 提交 2009-09-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
28–166（139 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；28% PME 550, 0.1 M BTP, Cryoprotection: 35% PME 550, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.279 |
| 3IVV Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-PucSBC1_pep1 提交 2009-09-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；22% PME 550, 0.1 M HEPES, Cryoprotection: 30% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.199 |
| 4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
177–319（143 aa）
片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319
链 C
177–319（143 aa）
片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.263 |
| 4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
177–319（143 aa）
片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.263 |
| 4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
177–319（143 aa）
片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.263 |
| 4HS2 Crystal Structure of the Human SPOP C-terminal Domain 提交 2012-10-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
270–374（105 aa）
片段：C-terminal domain (UNP residues 270-374)
|
突变：L273D, L282D, L285K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；26% PEG 1500, 7% isopropanol, 0.1M CaCl2, 0.1M imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.151 |
| 4J8Z Crystal Structure of the Human SPOP BTB Domain 提交 2013-02-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
169–374（206 aa）
片段：SPOP BTB domain, UNP residues 178-374
|
突变：Y353E | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；32% PEG3350, 17% isopropanol, 0.1M tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.255 |
| 4J8Z Crystal Structure of the Human SPOP BTB Domain 提交 2013-02-15 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
169–374（206 aa）
片段：SPOP BTB domain, UNP residues 178-374
|
突变：Y353E | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；32% PEG3350, 17% isopropanol, 0.1M tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.255 |
| 4O1V SPOP Promotes Tumorigenesis by Acting as a Key Regulatory Hub in Kidney Cancer 提交 2013-12-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
片段：MATH domain (UNP residues 28-166)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 100 mM sodium malonate, 36% PEG400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.221 |
| 6F8F Co-crystal structure of SPOP MATH domain and human Pdx1 fragment 提交 2017-12-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
28–166（139 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES pH 6.5, 10% (w/v) PEG6000 (final pH 7.0)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.274 |
| 6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
链 B
28–166（139 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.262 |
| 6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
28–166（139 aa）
链 D
28–166（139 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.262 |
| 6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
28–166（139 aa）
链 D
28–166（139 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.262 |
| 6I41 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (wild-type) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM NaCl, 25% (w/v) PEG3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.238 |
| 6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
|
突变：E47K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.227 |
| 6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
28–166（139 aa）
|
突变：E47K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.227 |
| 6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
28–166（139 aa）
|
突变：E47K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.227 |
| 6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
28–166（139 aa）
|
突变：E47K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.227 |
| 6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
|
突变：M117V | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.237 |
| 6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
28–166（139 aa）
|
突变：M117V | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.237 |
| 6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
28–166（139 aa）
|
突变：M117V | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.237 |
| 6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
28–166（139 aa）
|
突变：M117V | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.237 |
| 6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
链 E
28–166（139 aa）
|
突变：D140N 突变：D140N | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.234 |
| 6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
28–166（139 aa）
链 G
28–166（139 aa）
|
突变：D140N 突变：D140N | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.234 |
| 7D3D Crystal structure of SPOP bound with a peptide 提交 2020-09-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
片段：UNP residues 28-166
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；200 mM sodium acetate trihydrate, pH 7.0, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.189 |
| 7D3D Crystal structure of SPOP bound with a peptide 提交 2020-09-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
28–166（139 aa）
片段：UNP residues 28-166
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；200 mM sodium acetate trihydrate, pH 7.0, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.189 |
| 7KLZ Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide 提交 2020-11-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
29–166（138 aa）
片段：MATH domain
|
突变：D140G | PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.241 |
| 7KLZ Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide 提交 2020-11-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
29–166（138 aa）
片段：MATH domain
|
突变：D140G | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.241 |
| 7LIN X-ray structure of SPOP MATH domain (D140G) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
29–166（138 aa）
片段：MATH domain
|
突变：D140G | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH was at 24 mg/ml and 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio.
Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml. Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4
|
分辨率 1.44 Å R-free 0.186 |
| 7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
29–166（138 aa）
片段：MATH domain
|
突变：S119D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.277 |
| 7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
29–166（138 aa）
片段：MATH domain
|
突变：S119D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.277 |
| 7LIP X-ray structure of SPOP MATH domain (D140G) 提交 2021-01-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
29–166（138 aa）
片段：MATH domain
|
突变：D140G | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4. Two ul of the protein at 24 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT was mixed with 2 ul of the reservoir solution. The reservoir solution was 0.5 ml.
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.205 |
| 7LIQ X-ray structure of SPOP MATH domain (S119A) 提交 2021-01-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
29–166（138 aa）
片段：MATH domain
|
突变：S119A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the SPOP MATH S119A at 20 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-Tris, pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3,350).
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.225 |
| 8DWS Full-length E47K SPOP 提交 2022-08-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–374（374 aa）
链 B
1–374（374 aa）
链 D
1–374（374 aa）
链 E
1–374（374 aa）
链 F
1–374（374 aa）
链 G
1–374（374 aa）
链 H
1–374（374 aa）
|
突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.73 Å |
| 8DWT SPOP W22R Form 2 提交 2022-08-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
2–374（373 aa）
链 B
2–374（373 aa）
链 C
2–374（373 aa）
链 D
2–374（373 aa）
链 E
2–374（373 aa）
链 F
2–374（373 aa）
链 G
2–374（373 aa）
链 H
2–374（373 aa）
链 I
2–374（373 aa）
链 J
2–374（373 aa）
链 K
2–374（373 aa）
链 L
2–374（373 aa）
|
突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 8DWU SPOP W22R Form 1 提交 2022-08-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
1–374（374 aa）
链 B
1–374（374 aa）
链 C
1–374（374 aa）
链 D
1–374（374 aa）
链 E
1–374（374 aa）
链 F
1–374（374 aa）
链 H
1–374（374 aa）
链 I
1–374（374 aa）
链 J
1–374（374 aa）
|
突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8DWV Full-length wild type SPOP 提交 2022-08-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–373（373 aa）
链 B
1–373（373 aa）
链 E
1–373（373 aa）
链 F
1–373（373 aa）
链 G
1–373（373 aa）
链 H
1–373（373 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9HFV MyD88 peptide_2 bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 20,000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.214 |
| 9HGG SETD2 peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
28–166（139 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.256 |
| 9OUT SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
1–374（374 aa）
链 B
1–374（374 aa）
链 C
1–374（374 aa）
链 D
1–374（374 aa）
链 E
1–374（374 aa）
链 F
1–374（374 aa）
链 G
1–374（374 aa）
链 H
1–374（374 aa）
链 I
1–374（374 aa）
链 J
1–374（374 aa）
链 K
1–374（374 aa）
链 L
1–374（374 aa）
链 M
1–374（374 aa）
链 N
1–374（374 aa）
链 P
1–374（374 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9OUU SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
1–373（373 aa）
链 B
1–373（373 aa）
链 C
1–373（373 aa）
链 D
1–373（373 aa）
链 E
1–373（373 aa）
链 F
1–373（373 aa）
链 G
1–373（373 aa）
链 H
1–373（373 aa）
链 I
1–373（373 aa）
链 J
1–373（373 aa）
链 K
1–373（373 aa）
链 L
1–373（373 aa）
链 M
1–373（373 aa）
链 N
1–373（373 aa）
链 P
1–373（373 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9OUW SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–373（373 aa）
链 B
1–373（373 aa）
链 D
1–373（373 aa）
链 F
1–373（373 aa）
链 H
1–373（373 aa）
链 I
1–373（373 aa）
链 J
1–373（373 aa）
链 L
1–373（373 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |