当前蛋白身份：O75417
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4X0P Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog 提交 2014-11-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1792–2590（799 aa）
片段：UNP residues 1792-2590
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, calcium chloride, TRIS buffer, glycerol
|
分辨率 3.91 Å R-free 0.302 |
| 4X0P Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog 提交 2014-11-21 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1792–2590（799 aa）
片段：UNP residues 1792-2590
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, calcium chloride, TRIS buffer, glycerol
|
分辨率 3.91 Å R-free 0.302 |
| 4X0P Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog 提交 2014-11-21 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 C
1792–2590（799 aa）
片段：UNP residues 1792-2590
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, calcium chloride, TRIS buffer, glycerol
|
分辨率 3.91 Å R-free 0.302 |
| 4X0P Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog 提交 2014-11-21 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
1792–2590（799 aa）
片段：UNP residues 1792-2590
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, calcium chloride, TRIS buffer, glycerol
|
分辨率 3.91 Å R-free 0.302 |
| 4X0Q Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddGTP opposite dCMP 提交 2014-11-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1819–2590（772 aa）
片段：UNP residues 1815-2590
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, TRIS buffer, glycerol
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.316 |
| 4X0Q Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddGTP opposite dCMP 提交 2014-11-22 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1819–2590（772 aa）
片段：UNP residues 1815-2590
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, TRIS buffer, glycerol
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.316 |
| 5A9F Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta in complex with ADP 提交 2015-07-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
67–894（828 aa）
片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 67-894
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
19% PEG 3350, 0.2M POTASSIUM CITRATE TRIBASIC
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.273 |
| 5A9J Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta, apo-form 提交 2015-07-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–894（894 aa）
片段：HELICASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-894
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.2M NACL, 20% PEG 6K, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.0
|
分辨率 3.55 Å R-free 0.265 |
| 5A9J Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta, apo-form 提交 2015-07-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–894（894 aa）
片段：HELICASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-894
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.2M NACL, 20% PEG 6K, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.0
|
分辨率 3.55 Å R-free 0.265 |
| 5A9J Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta, apo-form 提交 2015-07-21 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–894（894 aa）
片段：HELICASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-894
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.2M NACL, 20% PEG 6K, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.0
|
分辨率 3.55 Å R-free 0.265 |
| 5A9J Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta, apo-form 提交 2015-07-21 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–894（894 aa）
片段：HELICASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-894
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.2M NACL, 20% PEG 6K, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.0
|
分辨率 3.55 Å R-free 0.265 |
| 5AGA Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta in complex with AMPPNP 提交 2015-01-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
67–894（828 aa）
片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 67-894
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 FLC CITRATE ANION × 4 K POTASSIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
19% PEG 3350, 0.2M POTASSIUM CITRATE TRIBASIC
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 5AGA Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta in complex with AMPPNP 提交 2015-01-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
67–894（828 aa）
片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 67-894
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 FLC CITRATE ANION × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
19% PEG 3350, 0.2M POTASSIUM CITRATE TRIBASIC
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 6XBU polymerase domain of polymerase-theta 提交 2020-06-07 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1819–1860（42 aa）
链 A
1068–1089（22 aa）
链 A
1935–2145（211 aa）
链 A
2176–2260（85 aa）
链 A
2307–2512（206 aa）
链 A
2527–2590（64 aa）
|
未记录 | DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% (w/v) Ethanol
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.281 |
| 7ZUS Crystal structure of ternary complex of Pol theta polymerase domain 提交 2022-05-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 AAA
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate.
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.238 |
| 7ZUS Crystal structure of ternary complex of Pol theta polymerase domain 提交 2022-05-13 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 BBB
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate.
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.238 |
| 7ZUS Crystal structure of ternary complex of Pol theta polymerase domain 提交 2022-05-13 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 CCC
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate.
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.238 |
| 7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 AAA
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K7X 2-[5-bromanyl-3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]oxy-~{N}-ethyl-~{N}-(3-methylphenyl)ethanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.252 |
| 7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 BBB
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.252 |
| 7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 CCC
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.252 |
| 7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 DDD
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.252 |
| 7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19 | Assembly 5 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 EEE
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.252 |
| 7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19 | Assembly 6 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.252 |
| 7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 AAA
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K8I (2~{S},3~{R})-1-[3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-~{N}-methyl-~{N}-(3-methylphenyl)-3-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.260 |
| 7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 BBB
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K8I (2~{S},3~{R})-1-[3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-~{N}-methyl-~{N}-(3-methylphenyl)-3-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.260 |
| 7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 CCC
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K8I (2~{S},3~{R})-1-[3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-~{N}-methyl-~{N}-(3-methylphenyl)-3-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.260 |
| 7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 DDD
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K8I (2~{S},3~{R})-1-[3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-~{N}-methyl-~{N}-(3-methylphenyl)-3-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.260 |
| 7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19 | Assembly 5 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 EEE
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.260 |
| 7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19 | Assembly 6 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1820–2590（771 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.260 |
| 8E23 Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor 提交 2022-08-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1818–2590（773 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 UAF N-methyl-N-phenyl[(3aM)-3-(trifluoromethyl)cyclopenta[c]pyrazol-2(1H)-yl]ethanethioamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；18.5 % PEG 3350; 0.2M diammonium tartrate
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.295 |
| 8E23 Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor 提交 2022-08-13 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
1818–2590（773 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；18.5 % PEG 3350; 0.2M diammonium tartrate
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.295 |
| 8E24 Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor 提交 2022-08-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1818–2590（773 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 UA6 2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenyl-N-[3-(pyridazin-3-yl)prop-2-yn-1-yl]acetamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；16% PEG 3350, 0.2M diammonium tartrate, 2% glycerol
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.266 |
| 8E24 Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor 提交 2022-08-13 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
1818–2590（773 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 UA6 2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenyl-N-[3-(pyridazin-3-yl)prop-2-yn-1-yl]acetamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；16% PEG 3350, 0.2M diammonium tartrate, 2% glycerol
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.266 |
| 8GD7 Loop Deleted DNA Polymerase Theta Polymerase Domain in Complex with Double Strand DNA Overhang and Inhibitor 提交 2023-03-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1819–2590（772 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 Z5X 2-(3-methyl-2-oxoimidazolidin-1-yl)-4,6-bis(trifluoromethyl)phenyl (4-fluorophenyl)methylcarbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；0.24 M Sodium citrate, 18% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis Tris Propane pH 7.5
|
分辨率 3.24 Å R-free 0.244 |
| 8W0A Human DNA polymerase theta helicase domain in complex with ssDNA, dimer form 提交 2024-02-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–894（894 aa）
链 C
1–894（894 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9ASJ Human DNA polymerase theta helicase domain in complex with AMP-PNP, dimer form 提交 2024-02-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–894（894 aa）
链 B
1–894（894 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9ASK Human DNA polymerase theta helicase domain dimer, apo-form 提交 2024-02-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–894（894 aa）
链 B
1–894（894 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9ASL Human DNA polymerase theta helicase domain tetramer, apo-form 提交 2024-02-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–894（894 aa）
链 B
1–894（894 aa）
链 C
1–894（894 aa）
链 D
1–894（894 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9AU5 Ternary complex of human DNA polymerase theta polymerase domain with a cognate C:G base pair 提交 2024-02-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1792–2590（799 aa）
|
未记录 | DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.11 Å |
| 9AU8 Ternary complex of human DNA polymerase theta polymerase domain with a mismatched T:T base pair 提交 2024-02-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1792–2590（799 aa）
|
未记录 | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.44 Å |
| 9AU9 Ternary complex of human DNA polymerase theta polymerase domain with a mismatched T:G base pair 提交 2024-02-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1792–2590（799 aa）
|
未记录 | DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 9BH6 Human DNA polymerase theta helicase domain tetramer in the apo form 提交 2024-04-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–894（893 aa）
链 B
2–894（893 aa）
链 C
2–894（893 aa）
链 D
2–894（893 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane pool cooled by liquid nitrogen using a manual plunge freezer.
|
分辨率 3.30 Å |
| 9BH7 Human DNA polymerase theta helicase domain dimer in the apo form 提交 2024-04-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–894（893 aa）
链 B
2–894（893 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane pool cooled by liquid nitrogen using a manual plunge freezer.
|
分辨率 3.50 Å |
| 9BH8 Human DNA polymerase theta helicase domain dimer bound to DNA in the microhomology searching conformation 提交 2024-04-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–894（893 aa）
链 B
2–894（893 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane bath cooled by liquid nitrogen.
|
分辨率 3.60 Å |
| 9BH9 Human DNA polymerase theta helicase domain dimer bound to DNA in the microhomology aligning conformation 提交 2024-04-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–894（893 aa）
链 B
2–894（893 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted for 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane bath cooled by liquid nitrogen.
|
分辨率 3.50 Å |
| 9BHA Human DNA polymerase theta helicase domain dimer bound to DNA in the microhomology annealed conformation 提交 2024-04-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–894（893 aa）
链 B
2–894（893 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane bath cooled by liquid nitrogen.
|
分辨率 3.50 Å |
| 9BP9 Human DNA polymerase theta helicase domain in complex with inhibitor AB25583, dimer form 提交 2024-05-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–894（894 aa）
链 C
1–894（894 aa）
|
未记录 | WCN (4P)-N-{5-[(4-chlorophenyl)methoxy]-1,3,4-thiadiazol-2-yl}-4-(2-methoxyphenyl)pyridine-3-carboxamide × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 9BPA Human DNA polymerase theta helicase domain in complex with inhibitor AB25583, tetramer form 提交 2024-05-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–894（894 aa）
链 C
1–894（894 aa）
链 E
1–894（894 aa）
链 G
1–894（894 aa）
|
未记录 | WCN (4P)-N-{5-[(4-chlorophenyl)methoxy]-1,3,4-thiadiazol-2-yl}-4-(2-methoxyphenyl)pyridine-3-carboxamide × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 9C5Q Human DNA polymerase theta helicase domain in microhomology annealed state 2, dimer form 提交 2024-06-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
68–891（824 aa）
链 C
68–891（824 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9D6N Loop-Deleted DNA Polymerase Theta in Complex with a dsDNA Overhang and an Allostertic Inhibitor 提交 2024-08-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1819–2590（772 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1A2C 2-{3-[(2R)-3-(dimethylamino)-2-hydroxypropyl]-2-oxoimidazolidin-1-yl}-4,6-bis(trifluoromethyl)phenyl (4-fluorophenyl)(methyl)carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1M Bis Tris Propane pH 7.5, 16% PEG 3350, 0.23M Sodium Citrate
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.237 |
| 9D6N Loop-Deleted DNA Polymerase Theta in Complex with a dsDNA Overhang and an Allostertic Inhibitor 提交 2024-08-15 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1819–2590（772 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1A2C 2-{3-[(2R)-3-(dimethylamino)-2-hydroxypropyl]-2-oxoimidazolidin-1-yl}-4,6-bis(trifluoromethyl)phenyl (4-fluorophenyl)(methyl)carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1M Bis Tris Propane pH 7.5, 16% PEG 3350, 0.23M Sodium Citrate
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.237 |
| 9D6O Loop-Deleted DNA Polymerase Theta Polymerase Domain in Complex with a dsDNA Overhang and an Allosteric Inhibitor 提交 2024-08-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1819–2590（772 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1A2D 2-[3-(2-hydroxyethyl)-2-oxoimidazolidin-1-yl]-4,6-bis(trifluoromethyl)phenyl (4-fluorophenyl)(methyl)carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1M Bis Tris Propane pH 7.5, 18% (w/v) PEG 3350, 0.29M Sodium Tartrate
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.234 |
| 9OSW Tetrameric POLQ Helicase-like Domain Bound to Cmpd 19, a Small-Molecule ATPase Inhibitor and Drug Candidate Analog 提交 2025-05-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–904（904 aa）
片段：N-terminal domain
链 B
1–904（904 aa）
片段：N-terminal domain
链 C
1–904（904 aa）
片段：N-terminal domain
链 D
1–904（904 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | A1CER (3M)-2'-chloro-N-{5-[(1S,2S)-2-(4-cyanophenyl)cyclopropyl]-1,3,4-thiadiazol-2-yl}-5'-methoxy[3,4'-bipyridine]-4-carboxamide × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NaCl,
1 mM TCEP, 5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microL drop of sample suspension is applied to an EM grid that has been plasma-cleaned using a Gatan Solarus. After blotting the sample away with filter paper, grids are plunge-frozen in liquid ethane. Grids are stored under liquid nitrogen until transferred to the transmission electron microscope for imaging.
|
分辨率 2.67 Å |
| 9OSY Tetrameric POLQ Helicase-like Domain Bound to Cmpd 36, a Small-Molecule ATPase Inhibitor and Drug Candidate Analog 提交 2025-05-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–904（904 aa）
片段：N-terminal domain
链 B
1–904（904 aa）
片段：N-terminal domain
链 C
1–904（904 aa）
片段：N-terminal domain
链 D
1–904（904 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | A1CEQ (2P)-N-[5-(cyclopropylethynyl)-1,3,4-thiadiazol-2-yl]-2-[2-(difluoromethyl)-5-methoxypyridin-4-yl]-4-[(4-hydroxyoxan-4-yl)ethynyl]benzamide × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NaCl,
1 mM TCEP, 5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microL drop of sample suspension is applied to an EM grid that has been plasma-cleaned using a Gatan Solarus. After blotting the sample away with filter paper, grids are plunge-frozen in liquid ethane. Grids are stored under liquid nitrogen until transferred to the transmission electron microscope for imaging.
|
分辨率 2.90 Å |
| 9YSH Allosteric inhibitor of human DNA polymerase theta 提交 2025-10-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1818–2590（773 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1CZX N-(4-{2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenylacetamido}but-2-yn-1-yl)pyridine-3-carboxamide × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；14% PEG 3350, 200 mM sodium-potassium tartrate, 6% glycerol, 0.02% sucrose monolaurate, and 20 mM spermine tetrahydrochloride
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.251 |
| 9YSH Allosteric inhibitor of human DNA polymerase theta 提交 2025-10-18 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
1818–2590（773 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1CZX N-(4-{2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenylacetamido}but-2-yn-1-yl)pyridine-3-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；14% PEG 3350, 200 mM sodium-potassium tartrate, 6% glycerol, 0.02% sucrose monolaurate, and 20 mM spermine tetrahydrochloride
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.251 |
| 9YSI Covalent allosteric inhibitor of human DNA polymerase theta 提交 2025-10-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1818–2590（773 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 3 A1CZ4 N-(4-{2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenylacetamido}but-2-yn-1-yl)-2-(ethanesulfonamido)benzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；22% PEG 3350, 200 mM sodium-potassium tartrate, 3% glycerol, 0.02% sucrose monolaurate, and 20 mM spermine tetrahydrochloride
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.211 |
| 9YSI Covalent allosteric inhibitor of human DNA polymerase theta 提交 2025-10-18 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
1818–2590（773 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2 A1CZ4 N-(4-{2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenylacetamido}but-2-yn-1-yl)-2-(ethanesulfonamido)benzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；22% PEG 3350, 200 mM sodium-potassium tartrate, 3% glycerol, 0.02% sucrose monolaurate, and 20 mM spermine tetrahydrochloride
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.211 |