当前蛋白身份：O95071
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1I2T X-RAY STRUCTURE OF THE HUMAN HYPERPLASTIC DISCS PROTEIN: AN ORTHOLOG OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF POLY(A)-BINDING PROTEIN 提交 2001-02-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2392–2452（61 aa）
片段：HYPERPLASTIC DISCS DOMAIN
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.04 Å R-free 0.171 |
| 2QHO Crystal structure of the UBA domain from EDD ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-07-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
180–230（51 aa）
片段：residues 180-230
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M citric acid, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.258 |
| 2QHO Crystal structure of the UBA domain from EDD ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-07-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
180–230（51 aa）
片段：residues 180-230
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M citric acid, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.258 |
| 2QHO Crystal structure of the UBA domain from EDD ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-07-02 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
180–230（51 aa）
片段：residues 180-230
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M citric acid, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.258 |
| 2QHO Crystal structure of the UBA domain from EDD ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-07-02 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
180–230（51 aa）
片段：residues 180-230
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M citric acid, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.258 |
| 3PT3 Crystal structure of the C-terminal lobe of the human UBR5 HECT domain 提交 2010-12-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2687–2799（113 aa）
片段：C-terminal lobe of HECT domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M Bis-Tris, 0.2M NaCl, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.276 |
| 3PT3 Crystal structure of the C-terminal lobe of the human UBR5 HECT domain 提交 2010-12-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2687–2799（113 aa）
片段：C-terminal lobe of HECT domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M Bis-Tris, 0.2M NaCl, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.276 |
| 8BJA Structure of the human UBR5 Dimer. 提交 2022-11-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2798（2798 aa）
链 B
1–2798（2798 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.00 Å |
| 8C06 Structure of Dimeric HECT E3 Ubiquitin Ligase UBR5 提交 2022-12-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2799（2799 aa）
链 B
1–2799（2799 aa）
链 D
1–2799（2799 aa）
链 E
1–2799（2799 aa）
链 F
1–2799（2799 aa）
链 G
1–2799（2799 aa）
|
突变：K503R, L710D 突变：K503R, L710D 突变：K503R, L710D 突变：K503R, L710D 突变：K503R, L710D 突变：K503R, L710D | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8C07 Structure of HECT E3 UBR5 forming K48 linked Ubiquitin chains 提交 2022-12-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–2799（2799 aa）
链 J
1–2799（2799 aa）
|
未记录 | SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8D4X Structure of the human UBR5 HECT-type E3 ubiquitin ligase in a dimeric form 提交 2022-06-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2799（2799 aa）
链 B
1–2799（2799 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot 2S, blot forth 2
|
分辨率 2.80 Å |
| 8E0Q Structure of the human UBR5 HECT-type E3 ubiquitin ligase in a C2 symmetric dimeric form 提交 2022-08-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2799（2799 aa）
链 B
1–2799（2799 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot 2S, blot forth 2
|
分辨率 2.66 Å |
| 8EWI Structure of the human UBR5 HECT-type E3 ubiquitin ligase in a tetrameric form 提交 2022-10-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2799（2799 aa）
链 B
1–2799（2799 aa）
链 C
1–2799（2799 aa）
链 D
1–2799（2799 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot 2S, blot forth 2
|
分辨率 3.50 Å |
| 8P82 Cryo-EM structure of dimeric UBR5 提交 2023-05-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2799（2799 aa）
链 B
1–2799（2799 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.36 Å |
| 8P83 Cryo-EM structure of full-length human UBR5 (homotetramer) 提交 2023-05-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2799（2799 aa）
链 B
1–2799（2799 aa）
链 C
1–2799（2799 aa）
链 D
1–2799（2799 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.87 Å |