当前蛋白身份：P01911
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2WBJ TCR complex 提交 2009-03-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
30–227（198 aa）
片段：MHC CLASS II, RESIDUES 29-227
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.3；0.2 M LISO4, 0.8 M K2HPO4, 1.2 M NAH2PO4, 0.1 M CAPS PH 10.5, 8 % 1,1,1,3,3, 3-HEXAFLUORO-2-PROPANOL
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.288 |
| 2WBJ TCR complex 提交 2009-03-02 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
30–227（198 aa）
片段：MHC CLASS II, RESIDUES 29-227
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.3；0.2 M LISO4, 0.8 M K2HPO4, 1.2 M NAH2PO4, 0.1 M CAPS PH 10.5, 8 % 1,1,1,3,3, 3-HEXAFLUORO-2-PROPANOL
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.288 |
| 5V4M Structure of HLA-DR15 with bound alpha3(135-145) peptide 提交 2017-03-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
29–219（191 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M KNO3 and 0.1M Bis-Tris-propane (pH 7.5)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.244 |
| 5V4M Structure of HLA-DR15 with bound alpha3(135-145) peptide 提交 2017-03-10 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
29–219（191 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M KNO3 and 0.1M Bis-Tris-propane (pH 7.5)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.244 |
| 5V4M Structure of HLA-DR15 with bound alpha3(135-145) peptide 提交 2017-03-10 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
29–219（191 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M KNO3 and 0.1M Bis-Tris-propane (pH 7.5)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.244 |
| 5V4M Structure of HLA-DR15 with bound alpha3(135-145) peptide 提交 2017-03-10 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
29–219（191 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M KNO3 and 0.1M Bis-Tris-propane (pH 7.5)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.244 |
| 8PJE Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting influenza A virus haemagglutinin (HA)306-318 PKYVKQNTLKLAT 提交 2023-06-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
30–219（190 aa）
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 GOL GLYCEROL × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 25 % PEG8000, 15 % Glycerol
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.203 |
| 8PJE Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting influenza A virus haemagglutinin (HA)306-318 PKYVKQNTLKLAT 提交 2023-06-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
30–219（190 aa）
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 25 % PEG8000, 15 % Glycerol
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.203 |
| 8PJF Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting P11T->R modified influenza A virus haemagglutinin (HA)306-318 PKYVKQNTLKLAR 提交 2023-06-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
30–219（190 aa）
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M MES pH 7.0, 25 % PEG4000, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.192 |
| 8PJG F11 TCR in complex with Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting P11T->R modified influenza A virus haemagglutinin (HA)306-318 PKYVKQNTLKLAR 提交 2023-06-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
30–219（190 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5, 15 % PEG8000, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.214 |
| 8TBP HLA-DRB1*15:01 in complex with smith antigen 提交 2023-06-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
30–219（190 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2M Disodium Malon
20% w/v PEG 3350
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.253 |
| 8TBP HLA-DRB1*15:01 in complex with smith antigen 提交 2023-06-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
30–219（190 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2M Disodium Malon
20% w/v PEG 3350
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.253 |
| 8TRL T cell recognition of citrullinated alpha-enolase peptide presented by HLA-DR4 提交 2023-08-09 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
30–219（190 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 2 FMT FORMIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4-10% Tacsimate, 18-23% w/v PEG3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.234 |
| 8TRL T cell recognition of citrullinated alpha-enolase peptide presented by HLA-DR4 提交 2023-08-09 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
30–219（190 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4-10% Tacsimate, 18-23% w/v PEG3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.234 |
| 8TRQ T cell recognition of citrullinated vimentin peptide presented by HLA-DR4 提交 2023-08-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
30–219（190 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M di-sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, tri-glycine additive
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分辨率 2.75 Å R-free 0.264 |
| 8TRR T cell recognition of citrullinated vimentin peptide presented by HLA-DR4 提交 2023-08-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
30–219（190 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 7 SO4 SULFATE ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% w/v PEG8000, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.244 |
| 8TRR T cell recognition of citrullinated vimentin peptide presented by HLA-DR4 提交 2023-08-10 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 G
30–219（190 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% w/v PEG8000, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.244 |
| 8VRW Cryo-EM structure of human invariant chain in complex with HLA-DR15 提交 2024-01-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 B
1–266（266 aa）
链 E
1–266（266 aa）
链 H
1–266（266 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.03 Å |