当前蛋白身份：P02649
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1B68 APOLIPOPROTEIN E4 (APOE4), 22K FRAGMENT 提交 1999-01-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–209（191 aa）
片段：22K FRAGMENT, ISOFORM E4, RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-191
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；WELL : 28% PEG 400, 20MM NAOAC, PH 6.0, 0.1% BME PROTEIN SOLN: 40MM (NH4)H(CO3), 7MG/ML PROTEIN DROPS : WELL/PROTEIN 1/3, ROOM TEMPERATURE, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.00 Å R-free 0.255 |
| 1BZ4 APOLIPOPROTEIN E3 (APO-E3), TRUNCATION MUTANT 165 提交 1998-11-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
40–183（144 aa）
片段：22K FRAGMENT, RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-165, TRUNCATION AT RESIDUE 165
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；RT, 50MM NA-CACODYLATE, PH 5.6, 20-25% PEG 400, 1% 2-ME. NOTE : W/O 2-ME, ANOTHER ORTHORHOMBIC FORM APPEARS (SEE PDB ENTRY 1oR2).
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分辨率 1.85 Å R-free 0.245 |
| 1EA8 Apolipoprotein E3 22kD fragment LYS146GLU mutant 提交 2001-07-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–209（191 aa）
片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-191
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突变：YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；50MM NA-CACODYLATE, PH 5.6, ORTHORHOMBIC FORM ORTHO-2 APPEARS (SEE PDB ENTRY 1OR2).
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分辨率 1.95 Å R-free 0.258 |
| 1GS9 Apolipoprotein E4, 22k domain 提交 2002-01-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–183（165 aa）
片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-165
|
突变：YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；50MM NA-CACODYLATE, PH 5.6, 20-25% PEG 400, 1% 2-ME, RT, CRYSTALLIZED FROM FULL LENGTH APOE4 CONSTRUCT (299 RESIDUES). PROTEOLYTIC CLEAVAGE IN CRYSTALLIZATION DROP TO 22K FRAGMENT. NEW, THIRD ORTHOGONAL CRYSTAL FORM OF APOE (ORTHO-3)
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分辨率 1.70 Å R-free 0.247 |
| 1H7I Apolipoprotein E3 22kD fragment LYS146GLN mutant 提交 2001-07-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–209（191 aa）
片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-191
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突变：YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；50MM NA-CACODYLATE, PH 5.6, 20-25% PEG 400, 1% 2-ME. RT. ORTHORHOMBIC FORM ORTHO-2 APPEARS (SEE PDB ENTRY 1OR2).
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分辨率 1.90 Å R-free 0.259 |
| 1LE2 STRUCTURAL BASIS FOR ALTERED FUNCTION IN THE COMMON MUTANTS OF HUMAN APOLIPOPROTEIN-E 提交 1991-08-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–184（144 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 1LE4 STRUCTURAL BASIS FOR ALTERED FUNCTION IN THE COMMON MUTANTS OF HUMAN APOLIPOPROTEIN-E 提交 1991-08-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–184（144 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å |
| 1LPE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE LDL RECEPTOR-BINDING DOMAIN OF HUMAN APOLIPOPROTEIN E 提交 1991-08-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–184（144 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.25 Å |
| 1NFN APOLIPOPROTEIN E3 (APOE3) 提交 1996-07-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–209（191 aa）
片段：22KD RECEPTOR BINDING DOMAIN
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å R-free 0.259 |
| 1NFO APOLIPOPROTEIN E2 (APOE2, D154A MUTATION) 提交 1996-07-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–209（191 aa）
片段：22KD RECEPTOR BINDING DOMAIN
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突变：D154A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å R-free 0.270 |
| 1OEF PEPTIDE OF HUMAN APOE RESIDUES 263-286, NMR, 5 STRUCTURES AT PH 4.8, 37 DEGREES CELSIUS AND PEPTIDE:SDS MOLE RATIO OF 1:90 提交 1996-03-16 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
281–304（24 aa）
片段：RESIDUES 263 - 286
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.8；310 K
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分辨率未提供 |
| 1OEG PEPTIDE OF HUMAN APOE RESIDUES 267-289, NMR, 5 STRUCTURES AT PH 6.0, 37 DEGREES CELSIUS AND PEPTIDE:SDS MOLE RATIO OF 1:90 提交 1996-03-16 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
285–307（23 aa）
片段：RESIDUES 267 - 289
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；310 K
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分辨率未提供 |
| 1OR2 APOLIPOPROTEIN E3 (APOE3) TRUNCATION MUTANT 165 提交 1999-03-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–183（165 aa）
片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-165
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突变：TRUNCATION AT RESIDUE 165 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；50MM NA-CACODYLATE, PH 5.6, 10-20% PEG 400 AT ROOM TEMPERATURE. NO 2-ME ADDED. NOTE: WITH 2-ME OR LOWER PEG CONCENTRATIONS, OTHER CRYSTAL FORMS APPEARS (SEE PDB ENTRIES 1BZ4, 1OR3), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.297 |
| 1OR3 APOLIPOPROTEIN E3 (APOE3), TRIGONAL TRUNCATION MUTANT 165 提交 1998-12-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–183（165 aa）
片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；RT, 50MM NA-CACODYLATE, PH 5.6, 10-20% PEG 400, 1% 2-ME. NOTE: W/O 2-ME OR
HIGHER PEG CONCENTRATIONS, OTHER CRYSTAL FORMS APPEARS (SEE PDB ENTRIES 1BZ4,
1OR2).
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分辨率 1.73 Å R-free 0.238 |
| 2KC3 NMR solution structure of complete receptor binding domain of human apolipoprotein E 提交 2008-12-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–201（183 aa）
片段：UNP residues 19-201
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-70% 2H] Human apolipoprotein E N-terminal domain-1, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-30% 2H] Human apolipoprotein E N-terminal domain-2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供 |
| 2KNY Fusion construct of CR17 from LRP-1 and ApoE residues 130-149 提交 2009-09-08 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
147–167（21 aa）
片段：Fusion of LRP UNP residues 2770-2817 and Apo-E UNP residues 147-167
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未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.45；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR测量条件
pH 7.45；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成
20 mM [U-99% 2H] HEPES-1, 50 mM sodium chloride-2, 3 mM sodium azide-3, 5 mM CALCIUM ION-4, 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity_1-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
20 mM [U-99% 2H] HEPES-6, 50 mM sodium chloride-7, 3 mM sodium azide-8, 5 mM CALCIUM ION-9, 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity_1-10, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
20 mM [U-99% 2H] HEPES-11, 50 mM sodium chloride-12, 3 mM sodium azide-13, 5 mM CALCIUM ION-14, 0.8 mM [U-99% 15N] entity_1-15, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
20 mM [U-99% 2H] HEPES-16, 150 mM sodium chloride-17, 3 mM sodium azide-18, 2 mM [U-99% 2H] EDTA-19, 0.5 mM [U-99% 15N] entity_2-20, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
20 mM [U-99% 2H] HEPES-21, 150 mM sodium chloride-22, 3 mM sodium azide-23, 2 mM [U-99% 2H] EDTA-24, 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity_2-25, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2L7B NMR Structure of full length apoE3 提交 2010-12-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–317（299 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.9；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-13C; U-15N; U-2H] apoE3, 100 mM sodium phosphate, 10 mM DTT, 5 mM [U-100% 2H] EDTA, 1 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-50% 2H] apoE3, 10 mM DTT, 1 mM DSS, 5 mM [U-100% 2H] EDTA, 100 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6IWB Crystal structure of a computationally designed protein (LD3) in complex with BCL-2 提交 2018-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
41–186（146 aa）
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；17% PEG2000, 0.1M Sodium Succinate (pH 5.5), 0.32M Ammonium Sulfate
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分辨率 2.50 Å R-free 0.275 |
| 6IWB Crystal structure of a computationally designed protein (LD3) in complex with BCL-2 提交 2018-12-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
41–186（146 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；17% PEG2000, 0.1M Sodium Succinate (pH 5.5), 0.32M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.275 |
| 6NCN Fragment-based Discovery of an apoE4 Stabilizer 提交 2018-12-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
20–181（162 aa）
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未记录 | KJM 1-(3-chlorophenyl)cyclobutane-1-carboximidamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether mesylate 5,000; 0.1M Bis-Tris buffer at pH6.5
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.219 |
| 6NCO Fragment-based Discovery of an apoE4 Stabilizer 提交 2018-12-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
20–181（162 aa）
|
未记录 | KQP 1-[5-chloro-4'-(2-hydroxypropan-2-yl)[1,1'-biphenyl]-3-yl]cyclobutane-1-carboximidamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether mesylate 5,000; 0.1M Bis-Tris buffer at pH6.5
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.220 |
| 6V7M Crystal structure of a proteolytically cleaved, amino terminal domain of apolipoprotein E3 提交 2019-12-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–100（100 aa）
片段：UNP residues 1-100
链 B
101–183（83 aa）
片段：UNP residues 101-183
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未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；Crystallization was by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates at room temperature. Reservoirs were 16% to 18 % 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) buffered with 0.1 M sodium acetate at pH 5.8 and including 0.25% octyl-beta-D-1-thioglucopyranoside. The droplets were initial composed of equal amounts of the reservoir and an 8 mg/ml solution of the protein in 0.02 M ammonium carbonate.
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分辨率 2.00 Å R-free 0.260 |
| 7FCR Crystal structure of the N-terminal domain of mutants of Human Apolipoprotein-E (ApoE) 提交 2021-07-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–209（191 aa）
|
突变：C130I | NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5.15；294 K；100 mM sodium cacodylate, 28% PEG 400
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.194 |
| 7FCS Crystal structure of the N-terminal domain of mutants of Human Apolipoprotein-E (ApoE) 提交 2021-07-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–209（191 aa）
|
突变：C130V | NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5.15；294 K；100 mM sodium cacodylate, 28% PEG 400
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.216 |
| 7UVJ Rationally Designed ED1 Epitope-Scaffold Immunogen for SARS-CoV-2 提交 2022-05-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
40–183（144 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.312 |
| 7UVJ Rationally Designed ED1 Epitope-Scaffold Immunogen for SARS-CoV-2 提交 2022-05-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
40–183（144 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.312 |
| 8AX8 Human Apolipoprotein E4 (ApoE4) N-terminal domain (space group P3121) 提交 2022-08-31 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–317（299 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；HEPES, PEG3350
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.231 |
| 8AX9 Human Apolipoprotein E4 (ApoE4) N-terminal domain (space group P212121) 提交 2022-08-31 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–317（299 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；HEPES, PEG3350
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.195 |
| 8CDY N-terminal domain of human apolipoprotein E 提交 2023-02-01 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–317（299 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；HEPES, PEG 6000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.231 |
| 8CE0 N-terminal domain of human apolipoprotein E 提交 2023-02-01 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–317（299 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；NaCl, Hepes, PEG 8000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.215 |
| 8GRX APOE4 receptor in complex with APOE4 NTD 提交 2022-09-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
41–180（140 aa）
链 C
41–180（140 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |