当前蛋白身份：P03692
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CR0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE HELICASE DOMAIN OF THE GENE4 PROTEIN OF BACTERIOPHAGE T7 提交 1999-08-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
271–566（296 aa）
片段：HELICASE DOMAIN
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；298 K；AMMONIUM SULFATE, ACES, pH 9.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.298 |
| 1CR1 CRYSTAL STRUCTURE OF THE HELICASE DOMAIN OF THE GENE 4 PROTEIN OF BACTERIOPHAGE T7: COMPLEX WITH DTTP 提交 1999-08-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
271–566（296 aa）
片段：HELICASE DOMAIN
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 12 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；298 K；AMMONIUM SULFATE, ACES, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.288 |
| 1CR2 CRYSTAL STRUCTURE OF THE HELICASE DOMAIN OF THE GENE 4 PROTEIN OF BACTERIOPHAGE T7: COMPLEX WITH DATP 提交 1999-08-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
271–566（296 aa）
片段：HELICASE DOMAIN
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 12 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；298 K；ammonium sulfate, ACES, pH 9.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.296 |
| 1CR4 CRYSTAL STRUCTURE OF THE HELICASE DOMAIN OF THE GENE 4 PROTEIN OF BACTERIOPHAGE T7: COMPLEX WITH DTDP 提交 1999-08-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
271–566（296 aa）
片段：HELICASE DOMAIN
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 12 TYD THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；298 K；AMMONIUM SULFATE, ACES, pH 9.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.287 |
| 1E0J gp4d helicase from phage T7 ADPNP complex 提交 2000-03-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
261–549（289 aa）
片段：DOMAIN 4D
链 B
261–549（289 aa）
片段：DOMAIN 4D
链 C
261–549（289 aa）
片段：DOMAIN 4D
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9.5；pH 9.50
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.304 |
| 1E0J gp4d helicase from phage T7 ADPNP complex 提交 2000-03-30 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
261–549（289 aa）
片段：DOMAIN 4D
链 E
261–549（289 aa）
片段：DOMAIN 4D
链 F
261–549（289 aa）
片段：DOMAIN 4D
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9.5；pH 9.50
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.304 |
| 1E0K gp4d helicase from phage T7 提交 2000-03-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
261–549（289 aa）
片段：DOMAIN 4D
链 B
261–549（289 aa）
片段：DOMAIN 4D
链 C
261–549（289 aa）
片段：DOMAIN 4D
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9.5；pH 9.50
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.308 |
| 1E0K gp4d helicase from phage T7 提交 2000-03-30 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
261–549（289 aa）
片段：DOMAIN 4D
链 E
261–549（289 aa）
片段：DOMAIN 4D
链 F
261–549（289 aa）
片段：DOMAIN 4D
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9.5；pH 9.50
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.308 |
| 1NUI Crystal Structure of the primase fragment of Bacteriophage T7 primase-helicase protein 提交 2003-01-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–255（255 aa）
片段：residues 1-255
|
突变：M64G | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；Sodium Formate, MES, DTT, ATP, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.277 |
| 1NUI Crystal Structure of the primase fragment of Bacteriophage T7 primase-helicase protein 提交 2003-01-31 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–255（255 aa）
片段：residues 1-255
|
突变：M64G | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；Sodium Formate, MES, DTT, ATP, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.277 |
| 1Q57 The Crystal Structure of the Bifunctional Primase-Helicase of Bacteriophage T7 提交 2003-08-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
64–566（503 aa）
链 B
64–566（503 aa）
链 C
64–566（503 aa）
链 D
64–566（503 aa）
链 E
64–566（503 aa）
链 F
64–566（503 aa）
链 G
64–566（503 aa）
|
突变：G317V, K318M 突变：G317V, K318M 突变：G317V, K318M 突变：G317V, K318M 突变：G317V, K318M 突变：G317V, K318M 突变：G317V, K318M | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277 K；MES, sodium citrate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.326 |
| 5IKN Crystal Structure of the T7 Replisome in the Absence of DNA 提交 2016-03-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 D
64–549（486 aa）
链 E
64–549（486 aa）
链 F
64–549（486 aa）
链 G
64–549（486 aa）
链 H
64–549（486 aa）
链 I
64–549（486 aa）
链 J
64–549（486 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；1.47-1.62M Sodium Formate
0.1M Tris pH 7.5
|
分辨率 4.80 Å R-free 0.318 |
| 6N7I Structure of bacteriophage T7 E343Q mutant gp4 helicase-primase in complex with ssDNA, dTTP, AC dinucleotide and CTP (gp4(5)-DNA) 提交 2018-11-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–566（566 aa）
链 B
1–566（566 aa）
链 C
1–566（566 aa）
链 D
1–566（566 aa）
链 E
1–566（566 aa）
链 F
1–566（566 aa）
|
突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6N7N Structure of bacteriophage T7 E343Q mutant gp4 helicase-primase in complex with ssDNA, dTTP, AC dinucleotide and CTP (form I) 提交 2018-11-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–566（566 aa）
链 B
1–566（566 aa）
链 C
1–566（566 aa）
链 D
1–566（566 aa）
链 E
1–566（566 aa）
链 F
1–566（566 aa）
|
突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6N7S Structure of bacteriophage T7 E343Q mutant gp4 helicase-primase in complex with ssDNA, dTTP, AC dinucleotide and CTP (form II) 提交 2018-11-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–566（566 aa）
链 B
1–566（566 aa）
链 C
1–566（566 aa）
链 D
1–566（566 aa）
链 E
1–566（566 aa）
链 F
1–566（566 aa）
|
突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 6N7T Structure of bacteriophage T7 E343Q mutant gp4 helicase-primase in complex with ssDNA, dTTP, AC dinucleotide and CTP (form III) 提交 2018-11-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–566（566 aa）
链 B
1–566（566 aa）
链 C
1–566（566 aa）
链 D
1–566（566 aa）
链 E
1–566（566 aa）
链 F
1–566（566 aa）
|
突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6N7V Structure of bacteriophage T7 gp4 (helicase-primase, E343Q mutant) in complex with ssDNA, dTTP, AC dinucleotide, and CTP (from multiple lead complexes) 提交 2018-11-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–566（566 aa）
链 B
1–566（566 aa）
链 C
1–566（566 aa）
链 D
1–566（566 aa）
链 E
1–566（566 aa）
链 F
1–566（566 aa）
|
突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6N9U Structure of bacteriophage T7 lagging-strand DNA polymerase (D5A/E7A) interacting with primase domains of two gp4 subunits bound to an RNA/DNA hybrid and dTTP (from LagS1) 提交 2018-12-04 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–566（566 aa）
链 F
1–566（566 aa）
|
突变：E343Q 突变：E343Q | ZN ZINC ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6N9V Structure of bacteriophage T7 lagging-strand DNA polymerase (D5A/E7A) and gp4 (helicase/primase) bound to DNA including RNA/DNA hybrid, and an incoming dTTP (LagS1) 提交 2018-12-04 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–566（566 aa）
链 B
1–566（566 aa）
链 C
1–566（566 aa）
链 D
1–566（566 aa）
链 E
1–566（566 aa）
链 F
1–566（566 aa）
|
突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6N9W Structure of bacteriophage T7 lagging-strand DNA polymerase (D5A/E7A) and gp4 (helicase/primase) bound to DNA including RNA/DNA hybrid, and an incoming dTTP (LagS2) 提交 2018-12-04 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–566（566 aa）
链 B
1–566（566 aa）
链 C
1–566（566 aa）
链 D
1–566（566 aa）
链 E
1–566（566 aa）
链 F
1–566（566 aa）
|
突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q | ZN ZINC ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6N9X Structure of bacteriophage T7 lagging-strand DNA polymerase (D5A/E7A) and gp4 (helicase/primase) bound to DNA including RNA/DNA hybrid, and an incoming dTTP (LagS3) 提交 2018-12-04 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–566（566 aa）
链 B
1–566（566 aa）
链 C
1–566（566 aa）
链 D
1–566（566 aa）
链 E
1–566（566 aa）
链 F
1–566（566 aa）
|
突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q 突变：E343Q | ZN ZINC ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |