当前蛋白身份：P03712
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1C5E BACTERIOPHAGE LAMBDA HEAD PROTEIN D 提交 1999-11-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
16–110（95 aa）
链 B
16–110（95 aa）
链 C
16–110（95 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；28% PEG 4000, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 10 % GLYCEROL
|
分辨率 1.10 Å R-free 0.133 |
| 1TCZ Crystal structure of a truncated version of the phage lamda protein gpD 提交 2004-05-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
16–110（95 aa）
片段：N-terminal truncation
链 B
16–110（95 aa）
片段：N-terminal truncation
链 C
16–110（95 aa）
片段：N-terminal truncation
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；Tris-HCl, PEG 4000, Mg acetate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.232 |
| 1TCZ Crystal structure of a truncated version of the phage lamda protein gpD 提交 2004-05-21 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
16–110（95 aa）
片段：N-terminal truncation
链 E
16–110（95 aa）
片段：N-terminal truncation
链 F
16–110（95 aa）
片段：N-terminal truncation
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；Tris-HCl, PEG 4000, Mg acetate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.232 |
| 1VD0 Capsid stabilizing protein GPD, NMR, 20 Structures 提交 2004-03-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–110（109 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1.3mm 15N labelled GPD, 20mm sodium phosphate | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.3mm GPD, 50mm sodium phosphate | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
21–110（90 aa）
片段：UNP residues 21-110
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.214 |
| 5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
21–110（90 aa）
片段：UNP residues 21-110
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.214 |
| 5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
21–110（90 aa）
片段：UNP residues 21-110
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.214 |
| 5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
21–110（90 aa）
片段：UNP residues 21-110
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.214 |
| 7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 840 PDB 声明：840-meric（840） 与蛋白数一致 |
链 H
1–110（110 aa）
链 I
1–110（110 aa）
链 J
1–110（110 aa）
链 K
1–110（110 aa）
链 L
1–110（110 aa）
链 M
1–110（110 aa）
链 N
1–110（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 5.60 Å |
| 7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 H
1–110（110 aa）
链 I
1–110（110 aa）
链 J
1–110（110 aa）
链 K
1–110（110 aa）
链 L
1–110（110 aa）
链 M
1–110（110 aa）
链 N
1–110（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 5.60 Å |
| 7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：70-meric（70） 与蛋白数一致 |
链 H
1–110（110 aa）
链 I
1–110（110 aa）
链 J
1–110（110 aa）
链 K
1–110（110 aa）
链 L
1–110（110 aa）
链 M
1–110（110 aa）
链 N
1–110（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 5.60 Å |
| 7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：84-meric（84） 与蛋白数一致 |
链 H
1–110（110 aa）
链 I
1–110（110 aa）
链 J
1–110（110 aa）
链 K
1–110（110 aa）
链 L
1–110（110 aa）
链 M
1–110（110 aa）
链 N
1–110（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 5.60 Å |
| 7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 H
1–110（110 aa）
链 I
1–110（110 aa）
链 J
1–110（110 aa）
链 K
1–110（110 aa）
链 L
1–110（110 aa）
链 M
1–110（110 aa）
链 N
1–110（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 5.60 Å |
| 7VIK Asymmetric unit of cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 3.76 Angstrom 提交 2021-09-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 H
1–110（110 aa）
链 I
1–110（110 aa）
链 J
1–110（110 aa）
链 K
1–110（110 aa）
链 L
1–110（110 aa）
链 M
1–110（110 aa）
链 N
1–110（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.76 Å |
| 8XQB Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric（71） 与蛋白数一致 |
链 H0
1–110（110 aa）
链 H1
1–110（110 aa）
链 H2
1–110（110 aa）
链 H3
1–110（110 aa）
链 H4
1–110（110 aa）
链 I0
1–110（110 aa）
链 I1
1–110（110 aa）
链 I2
1–110（110 aa）
链 I3
1–110（110 aa）
链 I4
1–110（110 aa）
链 J0
1–110（110 aa）
链 J1
1–110（110 aa）
链 J2
1–110（110 aa）
链 J3
1–110（110 aa）
链 J4
1–110（110 aa）
链 N0
1–110（110 aa）
链 N1
1–110（110 aa）
链 N2
1–110（110 aa）
链 N3
1–110（110 aa）
链 N4
1–110（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 4.07 Å |