当前蛋白身份：P05725
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AF5 GROUP I MOBILE INTRON ENDONUCLEASE 提交 1997-03-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4–138（135 aa）
|
突变：D56G | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 23% PEG 6000, 0.1M CITRATE,PH 5.0
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.373 |
| 1BP7 GROUP I MOBILE INTRON ENDONUCLEASE I-CREI COMPLEXED WITH HOMING SITE DNA 提交 1998-08-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–153（152 aa）
链 B
2–153（152 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.281 |
| 1BP7 GROUP I MOBILE INTRON ENDONUCLEASE I-CREI COMPLEXED WITH HOMING SITE DNA 提交 1998-08-13 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–153（152 aa）
链 D
2–153（152 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.281 |
| 1G9Y HOMING ENDONUCLEASE I-CREI / DNA SUBSTRATE COMPLEX WITH CALCIUM 提交 2000-11-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–153（152 aa）
链 B
2–153（152 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；25% PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.260 |
| 1G9Z LAGLIDADG HOMING ENDONUCLEASE I-CREI / DNA PRODUCT COMPLEX WITH MAGNESIUM 提交 2000-11-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–153（152 aa）
链 B
2–153（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；30% PEG400, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.249 |
| 1N3E Crystal structure of I-CreI bound to a palindromic DNA sequence I (palindrome of left side of wildtype DNA target sequence) 提交 2002-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–163（163 aa）
链 B
1–163（163 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；25% PEG 400, 20 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.245 |
| 1N3E Crystal structure of I-CreI bound to a palindromic DNA sequence I (palindrome of left side of wildtype DNA target sequence) 提交 2002-10-28 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–163（163 aa）
链 H
1–163（163 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；25% PEG 400, 20 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.245 |
| 1N3F Crystal structure of I-CreI bound to a palindromic DNA sequence II (palindrome of right side of wildtype DNA target sequence) 提交 2002-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–163（163 aa）
链 B
1–163（163 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；25% PEG 400, 20 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.228 |
| 1N3F Crystal structure of I-CreI bound to a palindromic DNA sequence II (palindrome of right side of wildtype DNA target sequence) 提交 2002-10-28 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–163（163 aa）
链 H
1–163（163 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；25% PEG 400, 20 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.228 |
| 1T9I I-CreI(D20N)/DNA complex 提交 2004-05-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–163（163 aa）
链 B
1–163（163 aa）
|
突变：D20N 突变：D20N | CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PEG400, sodium chloride, calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.211 |
| 1T9J I-CreI(Q47E)/DNA complex 提交 2004-05-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–163（163 aa）
链 B
1–163（163 aa）
|
突变：Q47E 突变：Q47E | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PEG 400, sodium chloride, calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.268 |
| 1U0C Y33C Mutant of Homing endonuclease I-CreI 提交 2004-07-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–163（163 aa）
链 B
1–163（163 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.277 |
| 1U0D Y33H Mutant of Homing endonuclease I-CreI 提交 2004-07-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–163（163 aa）
链 B
1–163（163 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å R-free 0.257 |
| 2I3P K28R mutant of Homing Endonuclease I-CreI 提交 2006-08-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–153（153 aa）
链 B
1–153（153 aa）
|
突变：K28R 突变：K28R | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；PEG 400 28%, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.292 |
| 2I3Q Q44V mutant of Homing Endonuclease I-CreI 提交 2006-08-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–153（153 aa）
链 B
1–153（153 aa）
|
突变：Q44V 突变：Q44V | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；PEG 400 28%, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.264 |
| 2O7M The C-terminal loop of the homing endonuclease I-CreI is essential for DNA binding and cleavage. Identification of a novel site for specificity engineering in the I-CreI scaffold 提交 2006-12-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–156（156 aa）
片段：residues 1-156
链 B
1–156（156 aa）
片段：residues 1-156
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.235 |
| 2VBJ Molecular basis of human XPC gene recognition and cleavage by engineered homing endonuclease heterodimers 提交 2007-09-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–153（152 aa）
片段：RESIDUES 2-153
链 B
2–153（152 aa）
片段：RESIDUES 2-153
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；HANGING-DROP DNA-PROTEIN COMPLEX SOLUTION WAS 4 MG/ML. 35% 2-ETHOXYETHANOL IN 0.1M NA-CACODYLATE PH6.5
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.216 |
| 2VBL Molecular basis of human XPC gene recognition and cleavage by engineered homing endonuclease heterodimers 提交 2007-09-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–153（153 aa）
片段：RESIDUES 1-153
链 B
1–153（153 aa）
片段：RESIDUES 1-153
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；4 MG/ML PROTEIN, 35% METHANOL, 0.1M NACACODYLATE PH 6.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.197 |
| 2VBN Molecular basis of human XPC gene recognition and cleavage by engineered homing endonuclease heterodimers 提交 2007-09-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–153（153 aa）
片段：RESIDUES 1-153
链 B
1–153（153 aa）
片段：RESIDUES 1-153
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.5；4 MG/ML PROTEIN, 20% PEG1000, 0.1M IMIDAZOLE PH 8.0, 0.2 M CAAC2
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.223 |
| 2VBO Molecular basis of human XPC gene recognition and cleavage by engineered homing endonuclease heterodimers 提交 2007-09-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–153（153 aa）
片段：RESIDUES 1-153
链 B
1–153（153 aa）
片段：RESIDUES 1-153
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.5；pH 4.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.225 |
| 4AAB Crystal structure of the mutant D75N I-CreI in complex with its wild- type target (The four central bases, 2NN region, are composed by GTAC from 5' to 3') 提交 2011-12-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–153（152 aa）
链 B
2–153（152 aa）
|
突变：YES 突变：YES | PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 5 MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；30% PROPANEDIOL, 0.1M HEPES PH 7.5, 20% PEG400
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.225 |
| 4AAD Crystal structure of the mutant D75N I-CreI in complex with its wild- type target in absence of metal ions at the active site (The four central bases, 2NN region, are composed by GTAC from 5' to 3') 提交 2011-12-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–153（152 aa）
链 B
2–153（152 aa）
|
突变：YES 突变：YES | GOL GLYCEROL × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；20% PEG300, 0.1M TRIS PH 8.5, 5% PEG8000, 10% GLYCEROL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.238 |
| 4AAE Crystal structure of the mutant D75N I-CreI in complex with an altered target (The four central bases, 2NN region, are composed by AGCG from 5' to 3') 提交 2011-12-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–154（153 aa）
链 B
2–154（153 aa）
|
突变：YES 突变：YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9.5；50% PEG400, 0.1M CHES PH 9.5, 0.2M NACL
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.242 |
| 4AAF Crystal structure of the mutant D75N I-CreI in complex with an altered target (The four central bases, 2NN region, are composed by TGCA from 5' to 3') 提交 2011-12-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–153（152 aa）
链 B
2–153（152 aa）
|
突变：YES 突变：YES | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；35% METOH, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5,
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.247 |
| 4AAG Crystal structure of the mutant D75N I-CreI in complex with its wild- type target in presence of Ca at the active site (The four central bases, 2NN region, are composed by GTAC from 5' to 3') 提交 2011-12-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–153（152 aa）
链 B
2–153（152 aa）
|
突变：YES 突变：YES | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；30% PEG400, 0.1M HEPES PH 7.5, 0.1M NACL
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.250 |
| 4AQU Crystal structure of I-CreI complexed with its target methylated at position plus 2 (in the b strand) in the presence of calcium 提交 2012-04-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–153（152 aa）
片段：RESIDUES 2-153
链 B
2–153（152 aa）
片段：RESIDUES 2-153
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.249 |
| 4AQX Crystal structure of I-CreI complexed with its target methylated at position plus 2 (in the b strand) in the presence of magnesium 提交 2012-04-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–153（152 aa）
片段：RESIDUES 2-153
链 B
2–153（152 aa）
片段：RESIDUES 2-153
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.242 |
| 6FB2 Crystal Structure of a Tailored I-CreI Homing Endonuclease Protein (3115 variant) in complex with its target DNA (Haemoglobin beta subunit gene) in the presence of Manganese 提交 2017-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–154（153 aa）
链 B
2–155（154 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.4, 33-40% (v/v) 1,2-propanediol
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.235 |
| 6FB7 Crystal Structure of the I-CreI Homing Endonuclease D75N variant in complex with its target DNA in the presence of Manganese 提交 2017-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–153（152 aa）
链 B
2–153（152 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.4, 33-40% (v/v) 1,2-propanediol
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.211 |
| 6FB8 Crystal Structure of the I-CreI Homing Endonuclease D75N variant in complex with an altered version of its target DNA at 5NNN region in the presence of Magnesium 提交 2017-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–153（152 aa）
链 B
2–153（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.4, 33-40% (v/v) 1,2-propanediol
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.224 |
| 6FB9 Crystal Structure of the I-CreI Homing Endonuclease D75N variant in complex with an altered version of its target DNA at 5NNN region in the presence of Manganese 提交 2017-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–153（152 aa）
链 B
2–153（152 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 5 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.4, 33-40% (v/v) 1,2-propanediol
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.203 |