当前蛋白身份：P06612
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CY0 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 3'-5'-ADENOSINE DIPHOSPHATE 提交 1999-08-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–597（597 aa）
片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
|
未记录 | A3P ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICRODIALYSIS；pH 5；287 K；2.14M ammonium sulfate, pH 5.0, MICRODIALYSIS, temperature 287K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.274 |
| 1CY1 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'PTPTPT 提交 1999-08-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–597（597 aa）
片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 THP THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；2.3M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.307 |
| 1CY2 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH TPTPTP3' 提交 1999-08-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–597（597 aa）
片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；2.3M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.284 |
| 1CY4 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'pTpTpTp3' 提交 1999-08-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–597（597 aa）
片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；2.2M AMMONIUM SULFATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.299 |
| 1CY6 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 3' THYMIDINE MONOPHOSPHATE 提交 1999-08-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–597（597 aa）
片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 T3P THYMIDINE-3'-PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；2.2M AMMONIUM SULFATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.309 |
| 1CY7 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE 提交 1999-08-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–597（597 aa）
片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
|
突变：GLY-SER ATTACHED AT N-TERMINUS DUE TO CONSTRUCT | PO4 PHOSPHATE ION × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；2.3M AMMONIUM SULFATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.295 |
| 1CY8 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE AND 3'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE 提交 1999-08-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–597（597 aa）
片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 T3P THYMIDINE-3'-PHOSPHATE × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；2.2M AMMONIUM SULFATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.295 |
| 1CY9 CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. MONOCLINIC FORM 提交 1999-08-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
214–477（264 aa）
片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III
链 B
214–477（264 aa）
片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；11-13%(W/V) PEG 3500, 20MM MES PH 6.0, 50MM KCL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.242 |
| 1CYY CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. HEXAGONAL FORM 提交 1999-08-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
214–477（264 aa）
片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III
链 B
214–477（264 aa）
片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；2M AMMONIUM SULFATE, 100MM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.282 |
| 1CYY CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. HEXAGONAL FORM 提交 1999-08-31 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
214–477（264 aa）
片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III
链 B
214–477（264 aa）
片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；2M AMMONIUM SULFATE, 100MM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.282 |
| 1CYY CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. HEXAGONAL FORM 提交 1999-08-31 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
214–477（264 aa）
片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III
链 B
214–477（264 aa）
片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；2M AMMONIUM SULFATE, 100MM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.282 |
| 1ECL AMINO TERMINAL 67KDA DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI DNA TOPOISOMERASE I (RESIDUES 2-590 OF MATURE PROTEIN) CLONING ARTIFACT ADDS TWO RESIDUES TO THE AMINO-TERMINUS WHICH WERE NOT OBSERVED IN THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY (GLY-2, SER-1). 提交 1995-05-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–597（597 aa）
|
突变：GLY SER INSERTION AT N-TERMINUS, INSERTION OF STOP CODON AT 598; ENGINEERED | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å |
| 1MW8 Crystal Structure of a Complex between H365R mutant of 67 kDA N-terminal fragment of E. coli DNA Topoisomerase I and 5'-ACTTCGGGATG-3' 提交 2002-09-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–592（592 aa）
片段：67 kDa N-terminal fragment
|
突变：H365R | SO4 SULFATE ION × 5 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.273 |
| 1MW9 Crystal Structure of H365R mutant of 67 kDA N-terminal fragment of E. coli DNA Topoisomerase I 提交 2002-09-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 X
1–592（592 aa）
片段：67 kDa N-terminal fragment
|
突变：H365R | SO4 SULFATE ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
DIALYSIS；pH 8；287 K；ammonium sulfate, pH 8, DIALYSIS, temperature 287K
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.216 |
| 1YUA C-TERMINAL DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I 提交 1995-03-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
745–865（121 aa）
片段：122 C-TERMINAL RESIDUES
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 3PWT Crystal structure of mutant E.coli topoisomerase IA 提交 2010-12-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–596（596 aa）
片段：N-terminal catalytical domain, 67K
|
突变：D111N | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；288 K；2M ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 288K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.249 |
| 9GDA RNAP-TopoI complex on duplex scaffold 提交 2024-08-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–865（865 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9GDB RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - consensus reconstruction 提交 2024-08-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–865（865 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9GDC RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - single-bubble configuration 提交 2024-08-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–865（865 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9GDD RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - two-bubble configuration 提交 2024-08-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–865（865 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9GDE RNAP-TopoI complex on long-overhang scaffold - orientation 1 提交 2024-08-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–865（865 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9GDH RNAP-TopoI complex on long-overhang scaffold - orientation 2 提交 2024-08-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–865（865 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |