当前蛋白身份：P06710
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1JR3 Crystal Structure of the Processivity Clamp Loader Gamma Complex of E. coli DNA Polymerase III 提交 2001-08-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–373（373 aa）
链 B
1–373（373 aa）
链 C
1–373（373 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；Polyethylene glycol, ammonium sulphate, dithiothreitol, dimethylacetamide, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING
DROP, temperature 21K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.304 |
| 1NJF Nucleotide bound form of an isolated E. coli clamp loader gamma subunit 提交 2002-12-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–243（243 aa）
片段：N-terminal domains 1 and 2
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.8；293 K；PEG 10000, KNO3, 1,4-Butanediol, pH 2.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 1NJF Nucleotide bound form of an isolated E. coli clamp loader gamma subunit 提交 2002-12-30 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–243（243 aa）
片段：N-terminal domains 1 and 2
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.8；293 K；PEG 10000, KNO3, 1,4-Butanediol, pH 2.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 1NJF Nucleotide bound form of an isolated E. coli clamp loader gamma subunit 提交 2002-12-30 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–243（243 aa）
片段：N-terminal domains 1 and 2
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.8；293 K；PEG 10000, KNO3, 1,4-Butanediol, pH 2.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 1NJF Nucleotide bound form of an isolated E. coli clamp loader gamma subunit 提交 2002-12-30 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–243（243 aa）
片段：N-terminal domains 1 and 2
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.8；293 K；PEG 10000, KNO3, 1,4-Butanediol, pH 2.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 1NJG Nucleotide-free form of an Isolated E. coli Clamp Loader Gamma Subunit 提交 2002-12-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–243（243 aa）
片段：N-terminal domains 1 and 2
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 3350, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.268 |
| 1NJG Nucleotide-free form of an Isolated E. coli Clamp Loader Gamma Subunit 提交 2002-12-30 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–243（243 aa）
片段：N-terminal domains 1 and 2
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 3350, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.268 |
| 1XXH ATPgS Bound E. Coli Clamp Loader Complex 提交 2004-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–373（373 aa）
链 C
1–373（373 aa）
链 D
1–373（373 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.95；293 K；PEG 3350, Sodium Phosphate, Anapoe X-405, pH 7.95, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.350 |
| 1XXH ATPgS Bound E. Coli Clamp Loader Complex 提交 2004-11-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 G
1–373（373 aa）
链 H
1–373（373 aa）
链 I
1–373（373 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.95；293 K；PEG 3350, Sodium Phosphate, Anapoe X-405, pH 7.95, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.350 |
| 1XXI ADP Bound E. coli Clamp Loader Complex 提交 2004-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–368（368 aa）
链 C
1–368（368 aa）
链 D
1–368（368 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.95；293 K；PEG 3350, Sodium Phosphate, Anapoe X-405, pH 7.95, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.369 |
| 1XXI ADP Bound E. coli Clamp Loader Complex 提交 2004-11-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 G
1–368（368 aa）
链 H
1–368（368 aa）
链 I
1–368（368 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.95；293 K；PEG 3350, Sodium Phosphate, Anapoe X-405, pH 7.95, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.369 |
| 2AYA Solution Structure of the C-Terminal 14 kDa Domain of the tau subunit from Escherichia coli DNA Polymerase III 提交 2005-09-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
499–625（127 aa）
片段：tau subunit of DNA polymerase III
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
1.8 mM tau14 15N,13C; 5 mM phosphate buffer with 100 mM NaCl; pH 6.8; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.6 mM tau14 10% 13C; 5 mM phosphate buffer with 100 mM NaCl; pH 6.8; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.8 mM tau14, 5 mM phosphate buffer with 100 mM NaCl; pH 6.8; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.8 mM tau14, 5 mM phosphate buffer with 100 mM NaCl; pD 7.0; 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3GLF Crystal Structure of the Ecoli Clamp Loader Bound to Primer-Template DNA 提交 2009-03-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 C
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 D
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；9% PEG 400, 150 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.39 Å R-free 0.260 |
| 3GLF Crystal Structure of the Ecoli Clamp Loader Bound to Primer-Template DNA 提交 2009-03-12 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 H
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 I
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；9% PEG 400, 150 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.39 Å R-free 0.260 |
| 3GLG Crystal Structure of a Mutant (gammaT157A) E. coli Clamp Loader Bound to Primer-Template DNA 提交 2009-03-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 C
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 D
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
|
突变：T157A 突变：T157A 突变：T157A | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；9% PEG 400, 150 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.263 |
| 3GLG Crystal Structure of a Mutant (gammaT157A) E. coli Clamp Loader Bound to Primer-Template DNA 提交 2009-03-12 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 H
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 I
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
|
突变：T157A 突变：T157A 突变：T157A | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；9% PEG 400, 150 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.263 |
| 3GLH Crystal Structure of the E. coli clamp loader bound to Psi Peptide 提交 2009-03-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 C
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 D
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；300 mM NaK Tartrate, 10% PEG 3350, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.89 Å R-free 0.361 |
| 3GLH Crystal Structure of the E. coli clamp loader bound to Psi Peptide 提交 2009-03-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 G
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 H
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 I
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；300 mM NaK Tartrate, 10% PEG 3350, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.89 Å R-free 0.361 |
| 3GLH Crystal Structure of the E. coli clamp loader bound to Psi Peptide 提交 2009-03-12 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 L
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 M
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 N
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；300 mM NaK Tartrate, 10% PEG 3350, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.89 Å R-free 0.361 |
| 3GLI Crystal Structure of the E. coli clamp loader bound to Primer-Template DNA and Psi Peptide 提交 2009-03-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 C
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 D
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；9% PEG 400, 150 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.257 |
| 3GLI Crystal Structure of the E. coli clamp loader bound to Primer-Template DNA and Psi Peptide 提交 2009-03-12 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 H
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
链 I
1–373（373 aa）
片段：UNP residues 1-373
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；9% PEG 400, 150 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.257 |
| 5FKU cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex in DNA free state (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, tau complex) 提交 2015-10-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
500–643（144 aa）
片段：POLYMERASE-BINDING DOMAIN OF TAU, UNP RESIDUES 500-643
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
|
分辨率 8.34 Å |
| 5FKV cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, tau complex) 提交 2015-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 E
500–643（144 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
|
分辨率 8.04 Å |
| 8GIY E. coli clamp loader with closed clamp 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
1–430（430 aa）
链 C
1–430（430 aa）
链 D
1–430（430 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30 mM Na.HEPES pH 7.5, 3 mM MgCl2, 2 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol, 1 mM ATPgammaS.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8GIZ E. coli clamp loader with open clamp 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
1–430（430 aa）
链 C
1–430（430 aa）
链 D
1–430（430 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30 mM Na.HEPES pH 7.5, 3 mM MgCl2, 2 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol, 1 mM ATPgammaS.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8GJ0 E. coli clamp loader with open clamp on primed template DNA (form 1) 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.
|
分辨率 2.90 Å |
| 8GJ1 E. coli clamp loader with open clamp on primed template DNA (form 2) 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.
|
分辨率 3.00 Å |
| 8GJ2 E. coli clamp loader with closed clamp on primed template DNA 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.
|
分辨率 2.60 Å |
| 8GJ3 E. coli clamp loader on primed template DNA 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.
|
分辨率 2.80 Å |
| 8VAL Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Open-DNAp/t conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–373（373 aa）
链 C
1–373（373 aa）
链 D
1–373（373 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8VAM Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Semi-Open conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 B
1–373（373 aa）
链 C
1–373（373 aa）
链 D
1–373（373 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8VAN Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in an Initial-Binding conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 B
1–373（373 aa）
链 C
1–373（373 aa）
链 D
1–373（373 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.70 Å |
| 8VAP Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Fully-Open conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 B
1–373（373 aa）
链 C
1–373（373 aa）
链 D
1–373（373 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8VAQ Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Closed-DNA1 conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–373（373 aa）
链 C
1–373（373 aa）
链 D
1–373（373 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8VAR Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Closed-DNA2 conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–373（373 aa）
链 C
1–373（373 aa）
链 D
1–373（373 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8VAS Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in an Altered-Collar conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–373（373 aa）
链 C
1–373（373 aa）
链 D
1–373（373 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8VAT Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Open-RNAp/t conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–373（373 aa）
链 C
1–373（373 aa）
链 D
1–373（373 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9OYB Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 1-nt gapped DNA in state 1 conformer 1 with flexibly bound DNA at the shoulder 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 9OYC Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 1-nt gapped DNA in state 1 conformer 2 with flexibly bound DNA at the shoulder 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.71 Å |
| 9OYD Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 1-nt gapped DNA in state 1 conformer 3 with disordered DNA at the shoulder 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.73 Å |
| 9OYE Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 1-nt gapped DNA in state 2 conformer 1 with sharply bent DNA 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.72 Å |
| 9OYF Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 1-nt gapped DNA in state 2 conformer 2 with less bent DNA 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 9OYG Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex alone 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 9OYH Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 1 the DNA recognition state 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 9OYI Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 2 conformer 1 with fully open clamp and unsettled DNA 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 9OYJ Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 2 conformer 2 with fully open clamp and settled DNA 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.53 Å |
| 9OYK Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 2 conformer 3 with partially closed clamp 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9OYL Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 2 conformer 4 with fully closed clamp 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–369（369 aa）
链 C
1–369（369 aa）
链 D
1–369（369 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å |
| 9OYM Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 2 conformer 5 with fully closed clamp 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9OYN Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 2 conformer 6 with fully closed clamp 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–643（643 aa）
链 C
1–643（643 aa）
链 D
1–643（643 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |