当前蛋白身份：P07204
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1ADX FIFTH EGF-LIKE DOMAIN OF THROMBOMODULIN (TMEGF5), NMR, 14 STRUCTURES 提交 1997-02-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
405–444（40 aa）
片段：FIFTH EGF-LIKE DOMAIN
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.5；298 K
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分辨率未提供 |
| 1DQB NMR STRUCTURE OF THROMBOMODULIN EGF(4-5) 提交 2000-01-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
344–426（83 aa）
片段：THE FOURTH AND FIFTH EGF-LIKE DOMAINS
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成
1mM TM45 U-15N; 90% H2O, 10% D2O, pH 6.5 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM TM45; 100% D2O | 100% D2O
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分辨率未提供 |
| 1DX5 Crystal structure of the thrombin-thrombomodulin complex 提交 1999-12-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric（4） 待复核 |
链 I
363–480（118 aa）
片段：EGF-LIKE DOMAINS 4 - 6
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突变：YES | FMT FORMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.1 M NA ACETATE (PH 4.6), 1.8 M NA FORMATE, 0.002 M CA CHLORIDE
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分辨率 2.30 Å R-free 0.241 |
| 1DX5 Crystal structure of the thrombin-thrombomodulin complex 提交 1999-12-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric（4） 待复核 |
链 J
363–480（118 aa）
片段：EGF-LIKE DOMAINS 4 - 6
|
突变：YES | FMT FORMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.1 M NA ACETATE (PH 4.6), 1.8 M NA FORMATE, 0.002 M CA CHLORIDE
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.241 |
| 1DX5 Crystal structure of the thrombin-thrombomodulin complex 提交 1999-12-20 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric（4） 待复核 |
链 K
363–480（118 aa）
片段：EGF-LIKE DOMAINS 4 - 6
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突变：YES | FMT FORMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.1 M NA ACETATE (PH 4.6), 1.8 M NA FORMATE, 0.002 M CA CHLORIDE
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.241 |
| 1DX5 Crystal structure of the thrombin-thrombomodulin complex 提交 1999-12-20 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric（4） 待复核 |
链 L
363–480（118 aa）
片段：EGF-LIKE DOMAINS 4 - 6
|
突变：YES | FMT FORMIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.1 M NA ACETATE (PH 4.6), 1.8 M NA FORMATE, 0.002 M CA CHLORIDE
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分辨率 2.30 Å R-free 0.241 |
| 1EGT THROMBIN-BOUND STRUCTURE OF AN EGF SUBDOMAIN FROM HUMAN THROMBOMODULIN DETERMINED BY TRANSFERRED NUCLEAR OVERHAUSER EFFECTS 提交 1994-10-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
427–444（18 aa）
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突变：DEL(ILE 420) | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1FGD EPIDERMAL GROWTH FACTOR (EGF) SUBDOMAIN OF HUMAN THROMBOMODULIN (NMR, 11 STRUCTURES) 提交 1995-11-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
427–444（18 aa）
片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN, RESIDUES 409 - 426, OF 5TH EPIDERMAL GROWTH FACTOR (EGF)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1FGE EPIDERMAL GROWTH FACTOR (EGF) SUBDOMAIN OF HUMAN THROMBOMODULIN (NMR, 14 STRUCTURES) 提交 1995-11-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
425–444（20 aa）
片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN, RESIDUES 407 - 426, OF 5TH EPIDERMAL GROWTH FACTOR (EGF)
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突变：C409A | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1HLT THE STRUCTURE OF A NONADECAPEPTIDE OF THE FIFTH EGF DOMAIN OF THROMBOMODULIN COMPLEXED WITH THROMBIN 提交 1994-08-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 R
426–444（19 aa）
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未记录 | 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 1TMR THE STRUCTURE OF A 19 RESIDUE FRAGMENT FROM THE C-LOOP OF THE FOURTH EPIDERMAL GROWTH FACTOR-LIKE DOMAIN OF THROMBOMODULIN 提交 1994-05-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
389–407（19 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1ZAQ FOURTH EGF-LIKE DOMAIN OF THROMBOMODULIN, NMR, 12 STRUCTURES 提交 1995-09-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
364–407（44 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 2ADX FIFTH EGF-LIKE DOMAIN OF THROMBOMODULIN (TMEGF5), NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-02-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
405–444（40 aa）
片段：FIFTH EGF-LIKE DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.5；298 K
|
分辨率未提供 |
| 3GIS Crystal Structure of Na-free Thrombin in Complex with Thrombomodulin 提交 2009-03-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 X
363–483（121 aa）
片段：Thrombomodulin EGF domains 4-5-6, UNP residues 363-483
|
突变：M388L,R456G,H457Q | SO4 SULFATE ION × 7 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；294 K；0.2M LiSO4, 22% PEG3350, pH7.0, vapor diffusion, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.259 |
| 3GIS Crystal Structure of Na-free Thrombin in Complex with Thrombomodulin 提交 2009-03-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Y
363–483（121 aa）
片段：Thrombomodulin EGF domains 4-5-6, UNP residues 363-483
|
突变：M388L,R456G,H457Q | SO4 SULFATE ION × 5 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；294 K；0.2M LiSO4, 22% PEG3350, pH7.0, vapor diffusion, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.259 |
| 3GIS Crystal Structure of Na-free Thrombin in Complex with Thrombomodulin 提交 2009-03-06 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Z
363–483（121 aa）
片段：Thrombomodulin EGF domains 4-5-6, UNP residues 363-483
|
突变：M388L,R456G,H457Q | SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；294 K；0.2M LiSO4, 22% PEG3350, pH7.0, vapor diffusion, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.259 |
| 5TO3 Crystal structure of thrombin mutant W215A/E217A fused to EGF456 of thrombomodulin via a 31-residue linker and bound to PPACK 提交 2016-10-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
363–483（121 aa）
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突变：W215A, E217A | 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 K POTASSIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100 mM HEPES and 20% PEG 8000
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分辨率 2.34 Å R-free 0.255 |
| 7T4R CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with THBD and neutralizing fabs MSL-109 and 13H11 提交 2021-12-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric（19） 与蛋白数一致 |
链 A
1–516（516 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5s before plunging
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分辨率 3.30 Å |