当前蛋白身份：P07237
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BJX HUMAN PROTEIN DISULFIDE ISOMERASE, NMR, 24 STRUCTURES 提交 1998-06-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
136–245（110 aa）
片段：B DOMAIN
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K
|
分辨率未提供 |
| 1MEK HUMAN PROTEIN DISULFIDE ISOMERASE, NMR, 40 STRUCTURES 提交 1996-04-16 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
18–137（120 aa）
片段：PROLYL 4-HYDROXYLASE BETA SUBUNIT
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1X5C The solution structure of the second thioredoxin-like domain of human Protein disulfide-isomerase 提交 2005-05-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
368–475（108 aa）
片段：Thioredoxin like domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.2mM thioredoxin like domain U-15N,13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2BJX PROTEIN DISULFIDE ISOMERASE 提交 1999-01-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
136–245（110 aa）
片段：B DOMAIN
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；压力 1
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分辨率未提供 |
| 2K18 Solution structure of bb' domains of human protein disulfide isomerase 提交 2008-02-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
135–357（223 aa）
片段：residues 135-357
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1
NMR样品组成
2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] hPDI-bb, 25 mM sodium phosphate, 70 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
2 mM hPDI-bb, 25 mM sodium phosphate, 70 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 5 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 15N] hPDI-bb, 25 mM sodium phosphate, 70 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 5 mM DTT, 12 mg/mL Pf1 phages, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3BJ5 Alternative conformations of the x region of human protein disulphide-isomerase modulate exposure of the substrate binding b' domain 提交 2007-12-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
230–368（139 aa）
片段：;b'x domain, UNPR residues 230-368
;
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突变：I272A | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295.15 K；2.95M Ammonium sulfate, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.255 |
| 3UEM Crystal structure of human PDI bb'a' domains 提交 2011-10-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
137–479（343 aa）
片段：;bb'a' domains
;
|
未记录 | D1D (4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；25%(w/v) PEG3350, 0.1M Tris-HCl, 0.2M ammonium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.280 |
| 4EKZ Crystal structure of reduced hPDI (abb'xa') 提交 2012-04-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
18–479（462 aa）
片段：reduced full-length hPDI, UNP residues 18-479
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 9.8；294 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M ammonium acetate, pH 9.8, EVAPORATION, temperature 294K
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.250 |
| 4EL1 Crystal structure of oxidized hPDI (abb'xa') 提交 2012-04-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
18–479（462 aa）
片段：oxidized full-length hPDI, UNP residues 18-479
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 9.8；294 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M ammonium acetate, pH 9.8, EVAPORATION, temperature 294K
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.281 |
| 4EL1 Crystal structure of oxidized hPDI (abb'xa') 提交 2012-04-10 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
18–479（462 aa）
片段：oxidized full-length hPDI, UNP residues 18-479
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 9.8；294 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M ammonium acetate, pH 9.8, EVAPORATION, temperature 294K
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.281 |
| 4JU5 Crystal structure of the dimeric form of the bb' domains of human protein disulfide isomerase 提交 2013-03-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
135–367（233 aa）
片段：;bb' domain
;
链 B
135–367（233 aa）
片段：;bb' domain
;
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；25% (w/v) polyethylene glycol 1500, 25 mM sodium malonate, 37.5 mM imidazole, 37.5 mM boric acid, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.290 |
| 6I7S Microsomal triglyceride transfer protein 提交 2018-11-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
18–508（491 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 7 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PE5 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.25, 0.2 M Li2SO4, 32% v/v PEG 400, 2% Polypropylene glycol P425
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.257 |
| 6I7S Microsomal triglyceride transfer protein 提交 2018-11-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
18–508（491 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 5 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 PE5 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL × 1 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.25, 0.2 M Li2SO4, 32% v/v PEG 400, 2% Polypropylene glycol P425
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.257 |
| 7ZSC Crystal structure of the heterodimeric human C-P4H-II with truncated alpha subunit (C-P4H-II delta281) 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
18–508（491 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；278 K；20% (w/v) PEG4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 3% methanol
|
分辨率 3.85 Å R-free 0.278 |
| 7ZSC Crystal structure of the heterodimeric human C-P4H-II with truncated alpha subunit (C-P4H-II delta281) 提交 2022-05-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
18–508（491 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；278 K；20% (w/v) PEG4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 3% methanol
|
分辨率 3.85 Å R-free 0.278 |
| 8EOJ Microsomal triglyceride transfer protein 提交 2022-10-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–508（508 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.07 Å |
| 8GDY Crystal structure of the human PDI first domain with 9 mutations 提交 2023-03-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
18–137（120 aa）
|
突变：K31R, K42R, K57R, K65R, K69R, K71R, K114R, K130R, K131R | SCN THIOCYANATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6；277 K；0.1 M potassium thiocyanate, 0.1 M MES, and 24% (w/v) PEG 20k
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分辨率 2.05 Å R-free 0.239 |
| 8GDY Crystal structure of the human PDI first domain with 9 mutations 提交 2023-03-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
18–137（120 aa）
|
突变：K31R, K42R, K57R, K65R, K69R, K71R, K114R, K130R, K131R | SCN THIOCYANATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6；277 K；0.1 M potassium thiocyanate, 0.1 M MES, and 24% (w/v) PEG 20k
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.239 |