当前蛋白身份：P07858
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CSB Crystal structure of cathepsin b inhibited with CA030 at 2.1 angstroms resolution: A basis for the design of specific epoxysuccinyl inhibitors 提交 1994-12-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
80–126（47 aa）
链 B
129–333（205 aa）
|
未记录 | EP0 N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-isoleucyl-L-proline × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å |
| 1CSB Crystal structure of cathepsin b inhibited with CA030 at 2.1 angstroms resolution: A basis for the design of specific epoxysuccinyl inhibitors 提交 1994-12-09 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
80–126（47 aa）
链 E
129–333（205 aa）
|
未记录 | EP0 N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-isoleucyl-L-proline × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å |
| 1GMY Cathepsin B complexed with dipeptidyl nitrile inhibitor 提交 2001-09-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
79–339（261 aa）
片段：PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 80-333
|
未记录 | AEM 2-AMINOETHANIMIDIC ACID × 1 APD 3-METHYLPHENYLALANINE × 1 DFA DIPHENYLACETIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；pH 5.50
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.199 |
| 1GMY Cathepsin B complexed with dipeptidyl nitrile inhibitor 提交 2001-09-25 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
79–339（261 aa）
片段：PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 80-333
|
未记录 | AEM 2-AMINOETHANIMIDIC ACID × 1 APD 3-METHYLPHENYLALANINE × 1 DFA DIPHENYLACETIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；pH 5.50
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.199 |
| 1GMY Cathepsin B complexed with dipeptidyl nitrile inhibitor 提交 2001-09-25 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
79–339（261 aa）
片段：PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 80-333
|
未记录 | AEM 2-AMINOETHANIMIDIC ACID × 1 APD 3-METHYLPHENYLALANINE × 1 DFA DIPHENYLACETIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；pH 5.50
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.199 |
| 1HUC THE REFINED 2.15 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN LIVER CATHEPSIN B: THE STRUCTURAL BASIS FOR ITS SPECIFICITY 提交 1993-04-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
80–126（47 aa）
链 B
129–333（205 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
| 1HUC THE REFINED 2.15 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN LIVER CATHEPSIN B: THE STRUCTURAL BASIS FOR ITS SPECIFICITY 提交 1993-04-21 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
80–126（47 aa）
链 D
129–333（205 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
| 1PBH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RECOMBINANT PROCATHEPSIN B AT 3.2 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-02-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
18–333（316 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.3；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 6000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES, PH 7.3
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.252 |
| 2IPP Crystal Structure of the tetragonal form of human liver cathepsin B 提交 2006-10-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
80–126（47 aa）
片段：light chain, residues 80-126
链 B
129–333（205 aa）
片段：heavy chain, residues 129-333
|
未记录 | PYS 2-PYRIDINETHIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.15 Å |
| 2PBH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROCATHEPSIN B AT 3.3 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-02-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
18–333（316 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M AMMONIUM SULFATE, 700 MM TRIS, PH 7.2
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.269 |
| 3AI8 Cathepsin B in complex with the nitroxoline 提交 2010-05-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
78–333（256 aa）
|
未记录 | HNQ 5-nitroquinolin-8-ol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3；293 K；0.1M citric acid, 21% PEG6000, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.244 |
| 3AI8 Cathepsin B in complex with the nitroxoline 提交 2010-05-11 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
78–333（256 aa）
|
未记录 | HNQ 5-nitroquinolin-8-ol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3；293 K；0.1M citric acid, 21% PEG6000, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.244 |
| 3CBJ Chagasin-Cathepsin B complex 提交 2008-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
74–339（266 aa）
|
突变：C29A, H110A, S115A | PO4 PHOSPHATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.210 |
| 3CBJ Chagasin-Cathepsin B complex 提交 2008-02-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
74–339（266 aa）
|
突变：C29A, H110A, S115A | PO4 PHOSPHATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.210 |
| 3CBK chagasin-cathepsin B 提交 2008-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
74–339（266 aa）
|
突变：C29A, H110A, S115A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；0.14M ammonium fluoride, 14% PEG 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.67 Å R-free 0.242 |
| 3K9M Cathepsin B in complex with stefin A 提交 2009-10-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
80–333（254 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M ammonium suphate, 24% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.250 |
| 3K9M Cathepsin B in complex with stefin A 提交 2009-10-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
80–333（254 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M ammonium suphate, 24% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.250 |
| 3PBH REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROCATHEPSIN B AT 2.5 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-02-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
18–333（316 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.72；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M AMMONIUM SULFATE, PH 5.72
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.234 |
| 5MBL Cathepsin B in complex with DARPin 81 提交 2016-11-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
78–333（256 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；292 K；buffer:
50mM Tris/HCl, 300mM NaCl, 0.05% Tween-20
precipitant:
0.1M MES, 1.8M NH4SO4
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.193 |
| 5MBM Cathepsin B in complex with DARPin 8h6 提交 2016-11-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
78–333（256 aa）
片段：UNP residues 78-333
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0,1 M Na-citrate
15% PEG6000
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.281 |
| 5MBM Cathepsin B in complex with DARPin 8h6 提交 2016-11-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
78–333（256 aa）
片段：UNP residues 78-333
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0,1 M Na-citrate
15% PEG6000
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.281 |
| 6AY2 Structure of CathB with covalently linked Compound 28 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
79–333（255 aa）
|
未记录 | C1G N~1~-[(2S)-1-amino-5-(carbamoylamino)pentan-2-yl]-N'~1~-[(1R)-1-(thiophen-3-yl)ethyl]cyclobutane-1,1-dicarboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；295 K；as published
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.176 |
| 6AY2 Structure of CathB with covalently linked Compound 28 提交 2017-09-07 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
79–333（255 aa）
|
未记录 | C1G N~1~-[(2S)-1-amino-5-(carbamoylamino)pentan-2-yl]-N'~1~-[(1R)-1-(thiophen-3-yl)ethyl]cyclobutane-1,1-dicarboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；295 K；as published
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.176 |
| 8B4T Human cathepsin B in complex with the carbamate inhibitor 7 提交 2022-09-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
79–333（255 aa）
|
突变：S115A | P9F (2S)-2-[[(2S)-2-[(4-chloranylphenoxy)carbonylamino]-3-cyclohexyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 5.5, 20% PEG 2000 MME
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.208 |
| 8B5F Human cathepsin B in complex with the carbamate inhibitor 31 提交 2022-09-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
79–333（255 aa）
|
突变：S115A | P9U (2S)-2-[[(2S)-2-[[3-chloranyl-4-[[3-phenyl-2-(phenylmethyl)propanoyl]amino]phenoxy]carbonylamino]-3-cyclohexyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 5.5, 30% PEG 5000 MME
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.205 |
| 8HE9 Crystal structure of CTSB in complex with K777 提交 2022-11-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
79–333（255 aa）
|
未记录 | 0IW Nalpha-[(4-methylpiperazin-1-yl)carbonyl]-N-[(3S)-1-phenyl-5-(phenylsulfonyl)pentan-3-yl]-L-phenylalaninamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；17.1 % v/v Polyethylene glycol 600, 50 mM MES pH 5.6, 8.6 % w/v Polyethylene glycol 4,000
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.202 |
| 8HEI Crystal structure of CTSB in complex with E64d 提交 2022-11-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
77–333（257 aa）
|
未记录 | E6D ethyl (3S)-3-hydroxy-4-({(2S)-4-methyl-1-[(3-methylbutyl)amino]-1-oxopentan-2-yl}amino)-4-oxobutanoate × 1 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.173 |
| 8HEN Crystal structure of CTSB in complex with 212-148 提交 2022-11-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
77–333（257 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 L4F 2-[4-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-phenyl-1-[[(3~{S})-1-phenyl-5-(phenylsulfonyl)pentan-3-yl]amino]propan-2-yl]carbamoyl]piperazin-1-yl]ethyl 4-carbamimidamidobenzoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M NaAc pH 5.2, 28% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.232 |
| 9VA8 Crystal Structure of Human Cathepsin B with a L-peptide substrate 提交 2025-06-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
80–333（254 aa）
|
突变：S115A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.209 |
| 9XHR Crystal Structure of Human Cathepsin B with a D-peptide substrate 提交 2025-11-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
79–333（255 aa）
|
突变：S115A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M bicine, 20% PEG 10K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.170 |