当前蛋白身份：P0A6H1
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1OVX NMR structure of the E. coli ClpX chaperone zinc binding domain dimer 提交 2003-03-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–60（60 aa）
片段：N-terminal domain (residues 1-60)
链 B
1–60（60 aa）
片段：N-terminal domain (residues 1-60)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成
1.3 mM ClpX U-15N,13C | 20 mM sodium phosphate buffer, 0.03% sodium azide, pH 7.5; 150 mM sodium chloride; 90% H2O, 10% H2O
|
分辨率未提供 |
| 2DS5 Structure of the ZBD in the orthorhomibic crystal from 提交 2006-06-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–51（51 aa）
片段：Zinc binding domain(ZBD)
链 B
1–51（51 aa）
片段：Zinc binding domain(ZBD)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 200mM calcium chloride, 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.221 |
| 2DS6 Structure of the ZBD in the tetragonal crystal form 提交 2006-06-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–51（51 aa）
片段：Zinc binding domain(ZBD)
链 B
1–51（51 aa）
片段：Zinc binding domain(ZBD)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；100mM tri-sodium citrate, pH 5.6, 2% ethyleneimine polymer, 500mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.313 |
| 2DS7 Structure of the ZBD in the hexagonal crystal form 提交 2006-06-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–51（51 aa）
片段：Zinc binding domain(ZBD)
|
突变：C43M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；100mM sodium acetate, pH 4.6, 200mM lithium sulfate, 12% 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.272 |
| 2DS8 Structure of the ZBD-XB complex 提交 2006-06-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–51（51 aa）
片段：Zinc binding domain(ZBD)
链 B
1–51（51 aa）
片段：Zinc binding domain(ZBD)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；1.6M tri-sodium citrate, pH 6.5, 10-fold molar excess of XB peptide addition, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.226 |
| 3HTE Crystal structure of nucleotide-free hexameric ClpX 提交 2009-06-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
片段：Covalently linked ClpX residues 62-424
链 B
62–424（363 aa）
片段：Covalently linked ClpX residues 62-424
链 C
62–424（363 aa）
片段：Covalently linked ClpX residues 62-424
链 D
62–424（363 aa）
片段：Covalently linked ClpX residues 62-424
链 E
62–424（363 aa）
片段：Covalently linked ClpX residues 62-424
链 F
62–424（363 aa）
片段：Covalently linked ClpX residues 62-424
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；75 mM Sodium acetate, 1.9 M ammonium sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 4.03 Å R-free 0.313 |
| 3HWS Crystal structure of nucleotide-bound hexameric ClpX 提交 2009-06-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain
链 B
62–424（363 aa）
片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain
链 C
62–424（363 aa）
片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain
链 D
62–424（363 aa）
片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain
链 E
62–424（363 aa）
片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain
链 F
62–424（363 aa）
片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain
|
突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；Sodium acetate, ammonium sulfate
Soaked overnight in mother liquor plus 5 mM ATP-G-S / 5 mM magnesium chloride, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.282 |
| 3HWS Crystal structure of nucleotide-bound hexameric ClpX 提交 2009-06-18 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain
链 E
62–424（363 aa）
片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain
链 F
62–424（363 aa）
片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain
|
突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；Sodium acetate, ammonium sulfate
Soaked overnight in mother liquor plus 5 mM ATP-G-S / 5 mM magnesium chloride, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.282 |
| 3HWS Crystal structure of nucleotide-bound hexameric ClpX 提交 2009-06-18 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
62–424（363 aa）
片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain
链 C
62–424（363 aa）
片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain
链 D
62–424（363 aa）
片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain
|
突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；Sodium acetate, ammonium sulfate
Soaked overnight in mother liquor plus 5 mM ATP-G-S / 5 mM magnesium chloride, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.282 |
| 4I34 Crystal Structure of W-W-W ClpX Hexamer 提交 2012-11-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
链 B
62–424（363 aa）
链 C
62–424（363 aa）
链 D
62–424（363 aa）
链 E
62–424（363 aa）
链 F
62–424（363 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.8；298 K；75 mM sodium acetate, 1.9 M ammonium sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 4.12 Å R-free 0.308 |
| 4I4L Crystal Structure of Nucleotide-Bound W-W-W ClpX Hexamer 提交 2012-11-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
链 B
62–424（363 aa）
链 C
62–424（363 aa）
链 D
62–424（363 aa）
链 E
62–424（363 aa）
链 F
62–424（363 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.8；298 K；75 mM sodium acetate, 1.9 M ammonium sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.323 |
| 4I5O Crystal Structure of W-W-R ClpX Hexamer 提交 2012-11-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
链 B
62–424（363 aa）
链 C
62–424（363 aa）
链 D
62–424（363 aa）
链 E
62–424（363 aa）
链 F
62–424（363 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9；298 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M ammonium bromide, 0.1 M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 4.48 Å R-free 0.323 |
| 4I63 Crystal Structure of E-R ClpX Hexamer 提交 2012-11-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
链 B
62–424（363 aa）
链 C
62–424（363 aa）
链 D
62–424（363 aa）
链 E
62–424（363 aa）
链 F
62–424（363 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9；298 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M ammonium bromide, 0.1 M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 5.71 Å R-free 0.315 |
| 4I81 Crystal Structure of ATPgS bound ClpX Hexamer 提交 2012-12-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
链 B
62–424（363 aa）
链 C
62–424（363 aa）
链 D
62–424（363 aa）
链 E
62–424（363 aa）
链 F
62–424（363 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.8；298 K；75 mM sodium acetate, 1.9 M ammonium sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 3.82 Å R-free 0.295 |
| 4I9K Crystal structure of symmetric W-W-W ClpX Hexamer 提交 2012-12-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
链 B
62–424（363 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；2 M ammonium sulfate, 0.15 M potassium sulfate, 4 mM ATP, 4 mM magnesium sulfate, 50 mM EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 5.00 Å R-free 0.354 |
| 6WR2 ClpP and ClpX IGF loop in ClpX-ClpP complex bound to ssrA tagged GFP 提交 2020-04-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
链 B
62–424（363 aa）
链 C
62–424（363 aa）
链 D
62–424（363 aa）
链 E
62–424（363 aa）
链 F
62–424（363 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å |
| 6WRF ClpX-ClpP complex bound to GFP-ssrA, recognition complex 提交 2020-04-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
链 B
62–424（363 aa）
链 C
62–424（363 aa）
链 D
62–424（363 aa）
链 E
62–424（363 aa）
链 F
62–424（363 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 6WSG ClpX-ClpP complex bound to ssrA-tagged GFP, intermediate complex 提交 2020-04-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 B
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 C
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 D
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 E
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 F
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 8E7V Cryo-EM structure of substrate-free DNClpX.ClpP from singly capped particles 提交 2022-08-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 B
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 C
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 D
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 E
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 F
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
|
突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8E8Q Cryo-EM structure of substrate-free DNClpX.ClpP 提交 2022-08-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 B
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 C
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 D
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 E
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 F
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
|
突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 8V9R Cryo-EM Structure of a Proteolytic ClpXP AAA+ Machine Poised to Unfold a Branched-Degron DHFR-ssrA Substrate Bound with MTX 提交 2023-12-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric（21） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 B
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 C
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 D
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 E
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 F
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MTX METHOTREXATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9C87 Cryo-EM Structure of a Proteolytic ClpXP AAA+ Machine Poised to Unfold a Linear-Degron DHFR-ssrA Substrate Bound with MTX 提交 2024-06-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric（21） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
链 B
62–424（363 aa）
链 C
62–424（363 aa）
链 D
62–424（363 aa）
链 E
62–424（363 aa）
链 F
62–424（363 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MTX METHOTREXATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9C88 Cryo-EM Structure of a Proteolytic ClpXP AAA+ Machine Translocating a Portion of a Branched-Degron DHFR Substrate 提交 2024-06-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric（21） 与蛋白数一致 |
链 A
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 B
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 C
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 D
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 E
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
链 F
62–424（363 aa）
片段：UNP residues 62-424
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |