当前蛋白身份：P0A6K3
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BS4 PEPTIDE DEFORMYLASE AS ZN2+ CONTAINING FORM (NATIVE) IN COMPLEX WITH INHIBITOR POLYETHYLENE GLYCOL 提交 1998-09-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；REFERENCE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (
1998) BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.240 |
| 1BS4 PEPTIDE DEFORMYLASE AS ZN2+ CONTAINING FORM (NATIVE) IN COMPLEX WITH INHIBITOR POLYETHYLENE GLYCOL 提交 1998-09-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；REFERENCE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (
1998) BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.240 |
| 1BS4 PEPTIDE DEFORMYLASE AS ZN2+ CONTAINING FORM (NATIVE) IN COMPLEX WITH INHIBITOR POLYETHYLENE GLYCOL 提交 1998-09-01 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；REFERENCE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (
1998) BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.240 |
| 1BS5 PEPTIDE DEFORMYLASE AS ZN2+ CONTAINING FORM 提交 1998-09-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.258 |
| 1BS5 PEPTIDE DEFORMYLASE AS ZN2+ CONTAINING FORM 提交 1998-09-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.258 |
| 1BS5 PEPTIDE DEFORMYLASE AS ZN2+ CONTAINING FORM 提交 1998-09-01 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.258 |
| 1BS6 PEPTIDE DEFORMYLASE AS NI2+ CONTAINING FORM IN COMPLEX WITH TRIPEPTIDE MET-ALA-SER 提交 1998-09-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.258 |
| 1BS6 PEPTIDE DEFORMYLASE AS NI2+ CONTAINING FORM IN COMPLEX WITH TRIPEPTIDE MET-ALA-SER 提交 1998-09-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.258 |
| 1BS6 PEPTIDE DEFORMYLASE AS NI2+ CONTAINING FORM IN COMPLEX WITH TRIPEPTIDE MET-ALA-SER 提交 1998-09-01 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.258 |
| 1BS7 PEPTIDE DEFORMYLASE AS NI2+ CONTAINING FORM 提交 1998-09-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.272 |
| 1BS7 PEPTIDE DEFORMYLASE AS NI2+ CONTAINING FORM 提交 1998-09-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.272 |
| 1BS7 PEPTIDE DEFORMYLASE AS NI2+ CONTAINING FORM 提交 1998-09-01 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.272 |
| 1BS8 PEPTIDE DEFORMYLASE AS ZN2+ CONTAINING FORM IN COMPLEX WITH TRIPEPTIDE MET-ALA-SER 提交 1998-09-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.261 |
| 1BS8 PEPTIDE DEFORMYLASE AS ZN2+ CONTAINING FORM IN COMPLEX WITH TRIPEPTIDE MET-ALA-SER 提交 1998-09-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.261 |
| 1BS8 PEPTIDE DEFORMYLASE AS ZN2+ CONTAINING FORM IN COMPLEX WITH TRIPEPTIDE MET-ALA-SER 提交 1998-09-01 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.261 |
| 1BSJ COBALT DEFORMYLASE INHIBITOR COMPLEX FROM E.COLI 提交 1998-08-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–169（168 aa）
|
未记录 | CO COBALT (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MLN (S)-2-(PHOSPHONOXY)CAPROYL-L-LEUCYL-P-NITROANILIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.207 |
| 1BSK ZINC DEFORMYLASE INHIBITOR COMPLEX FROM E.COLI 提交 1998-08-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–169（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MLN (S)-2-(PHOSPHONOXY)CAPROYL-L-LEUCYL-P-NITROANILIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.221 |
| 1BSZ PEPTIDE DEFORMYLASE AS FE2+ CONTAINING FORM (NATIVE) IN COMPLEX WITH INHIBITOR POLYETHYLENE GLYCOL 提交 1998-09-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | FE FE (III) ION × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.247 |
| 1BSZ PEPTIDE DEFORMYLASE AS FE2+ CONTAINING FORM (NATIVE) IN COMPLEX WITH INHIBITOR POLYETHYLENE GLYCOL 提交 1998-09-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–168（168 aa）
|
未记录 | FE FE (III) ION × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.247 |
| 1BSZ PEPTIDE DEFORMYLASE AS FE2+ CONTAINING FORM (NATIVE) IN COMPLEX WITH INHIBITOR POLYETHYLENE GLYCOL 提交 1998-09-01 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | FE FE (III) ION × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；SEE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER (1998)
BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.247 |
| 1DEF PEPTIDE DEFORMYLASE CATALYTIC CORE (RESIDUES 1-147), NMR, 9 STRUCTURES 提交 1996-03-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–147（147 aa）
片段：ACTIVE CATALYTIC CORE, RESIDUES 1 - 147
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.2；318 K
|
分辨率未提供 |
| 1DFF PEPTIDE DEFORMYLASE 提交 1997-08-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.88 Å R-free 0.289 |
| 1G27 CRYSTAL STRUCTURE OF E.COLI POLYPEPTIDE DEFORMYLASE COMPLEXED WITH THE INHIBITOR BB-3497 提交 2000-10-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 BB1 2-[(FORMYL-HYDROXY-AMINO)-METHYL]-HEXANOIC ACID (1-DIMETHYLCARBAMOYL-2,2-DIMETHYL-PROPYL)-AMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；10mg/ml PDF, 20mM BB-3497, 25% PEG 4000, 0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium acetate,
pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 290K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.270 |
| 1G27 CRYSTAL STRUCTURE OF E.COLI POLYPEPTIDE DEFORMYLASE COMPLEXED WITH THE INHIBITOR BB-3497 提交 2000-10-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 BB1 2-[(FORMYL-HYDROXY-AMINO)-METHYL]-HEXANOIC ACID (1-DIMETHYLCARBAMOYL-2,2-DIMETHYL-PROPYL)-AMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；10mg/ml PDF, 20mM BB-3497, 25% PEG 4000, 0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium acetate,
pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 290K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.270 |
| 1G27 CRYSTAL STRUCTURE OF E.COLI POLYPEPTIDE DEFORMYLASE COMPLEXED WITH THE INHIBITOR BB-3497 提交 2000-10-17 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 BB1 2-[(FORMYL-HYDROXY-AMINO)-METHYL]-HEXANOIC ACID (1-DIMETHYLCARBAMOYL-2,2-DIMETHYL-PROPYL)-AMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；10mg/ml PDF, 20mM BB-3497, 25% PEG 4000, 0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium acetate,
pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 290K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.270 |
| 1G2A THE CRYSTAL STRUCTURE OF E.COLI PEPTIDE DEFORMYLASE COMPLEXED WITH ACTINONIN 提交 2000-10-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 BB2 ACTINONIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；10mg/ml PDF, 20mM actinonin, 50mM HEPES, pH 7.5 + 25-32% PEG 4000, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, 0.2M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 290K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.250 |
| 1G2A THE CRYSTAL STRUCTURE OF E.COLI PEPTIDE DEFORMYLASE COMPLEXED WITH ACTINONIN 提交 2000-10-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 BB2 ACTINONIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；10mg/ml PDF, 20mM actinonin, 50mM HEPES, pH 7.5 + 25-32% PEG 4000, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, 0.2M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 290K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.250 |
| 1G2A THE CRYSTAL STRUCTURE OF E.COLI PEPTIDE DEFORMYLASE COMPLEXED WITH ACTINONIN 提交 2000-10-18 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 BB2 ACTINONIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；10mg/ml PDF, 20mM actinonin, 50mM HEPES, pH 7.5 + 25-32% PEG 4000, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, 0.2M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 290K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.250 |
| 1ICJ PDF PROTEIN IS CRYSTALLIZED AS NI2+ CONTAINING FORM, COCRYSTALLIZED WITH INHIBITOR POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 提交 1998-03-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
链 B
1–168（168 aa）
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 3 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 3 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å R-free 0.230 |
| 1LRU Crystal Structure of E.coli Peptide Deformylase Complexed with Antibiotic Actinonin 提交 2002-05-16 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 BB2 ACTINONIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；0.5M (NH4)2SO4, 28%PEG400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.10 Å |
| 1LRU Crystal Structure of E.coli Peptide Deformylase Complexed with Antibiotic Actinonin 提交 2002-05-16 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 BB2 ACTINONIN × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；0.5M (NH4)2SO4, 28%PEG400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.10 Å |
| 1LRU Crystal Structure of E.coli Peptide Deformylase Complexed with Antibiotic Actinonin 提交 2002-05-16 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 BB2 ACTINONIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；0.5M (NH4)2SO4, 28%PEG400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.10 Å |
| 1LRU Crystal Structure of E.coli Peptide Deformylase Complexed with Antibiotic Actinonin 提交 2002-05-16 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–168（168 aa）
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 BB2 ACTINONIN × 2 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；0.5M (NH4)2SO4, 28%PEG400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.10 Å |
| 1XEM High Resolution Crystal Structure of Escherichia coli Zinc- Peptide Deformylase bound to formate 提交 2004-09-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FMT FORMIC ACID × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；Sodium Acetate, Sodium Formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.204 |
| 1XEN High Resolution Crystal Structure of Escherichia coli Iron- Peptide Deformylase Bound To Formate 提交 2004-09-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | FE FE (III) ION × 1 FMT FORMIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；Sodium Acetate, Sodium Formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.218 |
| 1XEO High Resolution Crystals Structure of Cobalt- Peptide Deformylase Bound To Formate 提交 2004-09-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | CO COBALT (II) ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；Sodium Acetate, Sodium Formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.215 |
| 2AI8 E.coli Polypeptide Deformylase complexed with SB-485343 提交 2005-07-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 SB7 [HYDROXY(3-PHENYLPROPYL)AMINO]METHANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.70 Å R-free 0.226 |
| 2AI8 E.coli Polypeptide Deformylase complexed with SB-485343 提交 2005-07-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 SB7 [HYDROXY(3-PHENYLPROPYL)AMINO]METHANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.70 Å R-free 0.226 |
| 2AI8 E.coli Polypeptide Deformylase complexed with SB-485343 提交 2005-07-29 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 SB7 [HYDROXY(3-PHENYLPROPYL)AMINO]METHANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.70 Å R-free 0.226 |
| 2DEF PEPTIDE DEFORMYLASE CATALYTIC CORE (RESIDUES 1-147), NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-12-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–147（146 aa）
片段：ACTIVE CATALYTIC CORE, RESIDUES 1 - 147
|
突变：S1A | NI NICKEL (II) ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.2；318 K
|
分辨率未提供 |
| 2KMN Solution structure of peptide deformylase complexed with actinonin 提交 2009-08-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–148（147 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 BB2 ACTINONIN × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.2；310 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient
NMR样品组成
0.6-1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein-1, 1.2 mM ACTINONIN-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2W3T Chloro complex of the Ni-Form of E.coli deformylase 提交 2008-11-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–169（168 aa）
片段：RESIDUES 2-169
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EOH ETHANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4；293 K；20.5% PEG4000, 100MM NAOAC PH 4.0, 293 K
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.243 |
| 2W3U formate complex of the Ni-Form of E.coli deformylase 提交 2008-11-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–169（168 aa）
片段：RESIDUES 2-169
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.1；293 K；20% PEG4000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M NAOAC PH 4.1, 293 K
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.285 |
| 3K6L The structure of E.coli peptide deformylase (PDF) in complex with peptidomimetic ligand BB2827 提交 2009-10-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 2BB (2S,3R)-N~4~-[(1S)-1-(dimethylcarbamoyl)-2,2-dimethylpropyl]-N~1~,2-dihydroxy-3-(2-methylpropyl)butanediamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% PEG3350, 0.2M Potassium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.319 |
| 3K6L The structure of E.coli peptide deformylase (PDF) in complex with peptidomimetic ligand BB2827 提交 2009-10-09 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 2BB (2S,3R)-N~4~-[(1S)-1-(dimethylcarbamoyl)-2,2-dimethylpropyl]-N~1~,2-dihydroxy-3-(2-methylpropyl)butanediamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% PEG3350, 0.2M Potassium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.319 |
| 3K6L The structure of E.coli peptide deformylase (PDF) in complex with peptidomimetic ligand BB2827 提交 2009-10-09 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% PEG3350, 0.2M Potassium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.319 |
| 4AL2 peptide deformylase (Ni-form) with hydrosulfide 提交 2012-02-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–169（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；293 K；25% PEG 4000, 200 MM NAOAC PH 4.6, 293 K, INCUBATED IN H2S ATMOSPHERE EQUILIBRATED WITH 50 MM NA2S AT PH 4.6
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.298 |
| 4AL2 peptide deformylase (Ni-form) with hydrosulfide 提交 2012-02-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2–169（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；293 K；25% PEG 4000, 200 MM NAOAC PH 4.6, 293 K, INCUBATED IN H2S ATMOSPHERE EQUILIBRATED WITH 50 MM NA2S AT PH 4.6
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.298 |
| 4AL2 peptide deformylase (Ni-form) with hydrosulfide 提交 2012-02-29 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
2–169（168 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；293 K；25% PEG 4000, 200 MM NAOAC PH 4.6, 293 K, INCUBATED IN H2S ATMOSPHERE EQUILIBRATED WITH 50 MM NA2S AT PH 4.6
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.298 |
| 4AL3 peptide deformylase (Co-form) with mercaptoethanol 提交 2012-02-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–169（168 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CO COBALT (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；293 K；20.5% PEG 4000, 100 MM NA-ACETATE PH 4.0, 293 K. TRANSFERRED TO 20% PEG, 50 MM ACETATE PH 6.0, THEN SOAKED WITH 10 MM MERCAPTOETHANOL
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.276 |
| 4AZ4 E.coli deformylase with Co(II) and hydrosulfide 提交 2012-06-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–169（168 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CO COBALT (II) ION × 1 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；293 K；2 UL PROTEIN PLUS 2 UL (20% PEG 4000, 0.1 M NAOAC PH 4.6), 293 K. SOAKED IN 10% PEG4000, 20% PEG400, 0.1 M NAOAC PH 4.6, 293 K, FOR 1 DAY. INCUBATED IN H2S ATMOSPHERE EQUILIBRATED WITH 50 MM NA2S AT PH 4.6
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.221 |
| 4V5B Structure of PDF binding helix in complex with the ribosome. 提交 2007-11-22 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 A5
147–162（16 aa）
|
突变：YES | MG MAGNESIUM ION × 170 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 3.74 Å R-free 0.323 |
| 6IY7 E. coli peptide deformylase crystal structure fitted into the cryo-EM density map of E. coli 70S ribosome in complex with peptide deformylase 提交 2018-12-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 P
1–169（169 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.50 Å |
| 6IZI Crystal structure of E. coli peptide deformylase and methionine aminopeptidase fitted into the cryo-EM density map of the complex 提交 2018-12-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
1–169（169 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.80 Å |
| 7D6Z Molecular model of the cryo-EM structure of 70S ribosome in complex with peptide deformylase and trigger factor 提交 2020-10-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 g
1–169（169 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7D80 Molecular model of the cryo-EM structure of 70S ribosome in complex with peptide deformylase, trigger factor, and methionine aminopeptidase 提交 2020-10-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 3
1–169（169 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |