当前蛋白身份：P0A7K2
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CTF STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF THE RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12 FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.7 ANGSTROMS 提交 1986-09-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
47–120（74 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.70 Å |
| 1RQS NMR structure of C-terminal domain of ribosomal protein L7 from E.coli 提交 2003-12-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
47–120（74 aa）
片段：C-Terminal Domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.9；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成
1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 99.9% D2O; 30 C | 99.9% D2O
NMR样品组成
1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C; Tobacco virus alignment medium | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1RQT NMR structure of dimeric N-terminal domain of ribosomal protein L7 from E.coli 提交 2003-12-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–37（37 aa）
片段：N-Terminal Domain
链 B
1–37（37 aa）
片段：N-Terminal Domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.9；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成
1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 99.9% D2O; 30 C | 99.9% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1RQU NMR structure of L7 dimer from E.coli 提交 2003-12-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–120（120 aa）
片段：L7 dimer
链 B
1–120（120 aa）
片段：L7 dimer
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.9；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成
1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 99.9% D2O; 30 C | 99.9% D2O
NMR样品组成
1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C; Tobacco virus alignment medium | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1RQV Spatial model of L7 dimer from E.coli with one hinge region in helical state 提交 2003-12-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–120（120 aa）
片段：L7 dimer
链 B
1–120（120 aa）
片段：L7 dimer
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.9；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成
1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 99.9% D2O; 30 C | 99.9% D2O
NMR样品组成
1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C; Tobacco virus alignment medium | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2BCW Coordinates of the N-terminal domain of ribosomal protein L11,C-terminal domain of ribosomal protein L7/L12 and a portion of the G' domain of elongation factor G, as fitted into cryo-em map of an Escherichia coli 70S*EF-G*GDP*fusidic acid complex 提交 2005-10-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
53–120（68 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine；pH 7.5；20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件
RAPID-FREEZING IN LIQUID ETHANE
|
分辨率 11.20 Å |
| 3J7Z Structure of the E. coli 50S subunit with ErmCL nascent chain 提交 2014-08-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 6
1–121（121 aa）
|
未记录 | ERY ERYTHROMYCIN A × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 3.90 Å |
| 4V4V Structure of a pre-translocational E. coli ribosome obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1056 提交 2006-05-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 B3
2–120（119 aa）
链 B5
2–120（119 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 15.00 Å |
| 4V4W Structure of a SecM-stalled E. coli ribosome complex obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1143 提交 2006-05-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 B3
3–121（119 aa）
链 B5
3–121（119 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 15.00 Å |
| 4V5M tRNA tranlocation on the 70S ribosome: the pre-translocational translocation intermediate TI(PRE) 提交 2010-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 BL
1–121（121 aa）
|
未记录 | FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- VITROBOT (FEI)
|
分辨率 7.80 Å |
| 4V5N tRNA translocation on the 70S ribosome: the post- translocational translocation intermediate TI(POST) 提交 2010-10-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 BL
1–121（121 aa）
|
未记录 | FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- VITROBOT (FEI)
|
分辨率 7.60 Å |
| 4V7B Visualization of two tRNAs trapped in transit during EF-G-mediated translocation 提交 2013-10-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 B6
1–121（121 aa）
|
未记录 | FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
80 mM HEPES potassium, 75 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM BME；pH 7.6；80 mM HEPES potassium, 75 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM BME
cryo-EM玻璃化条件
blot for 5-10 seconds before plunging；96 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 5-10 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I)
|
分辨率 6.80 Å |
| 4V7D Structure of the Ribosome with Elongation Factor G Trapped in the Pre-Translocation State (pre-translocation 70S*tRNA*EF-G structure) 提交 2013-11-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 AL
2–121（120 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer；pH 7.6；10 mM HEPES-KOH, 5 mM MgCl2, 90 mM NH4Cl, 2 mM spermidine, 0.1 mM spermine, 6 mM BME, 0.5 mM viomycin, 0.5 mM GTP, 0.5 mM fusidic acid
cryo-EM玻璃化条件
Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.；冷冻剂 ETHANE；Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.
|
分辨率 7.60 Å |
| 4V89 Crystal Structure of Release Factor RF3 Trapped in the GTP State on a Rotated Conformation of the Ribosome (without viomycin) 提交 2011-11-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 BJ
1–121（121 aa）
链 BK
1–121（121 aa）
链 BL
1–121（121 aa）
链 BM
1–121（121 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Tris Ac PH.7.0 25-35 mM KCL 6.1% PEG 20000 %1 glycerol 50mM sucrose
, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.290 |
| 4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 A6
1–121（121 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.272 |
| 5KCS Cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic Evernimycin, mRNA, TetM and P-site tRNA at 3.9A resolution 提交 2016-06-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 1L
1–121（121 aa）
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未记录 | EVN (2R,3R,4R,6S)-6-{[(2R,3aR,4R,4'R,5'S,6S,6'R,7S,7aR)-6-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-2-{[(2R,3S,4S,5S,6S)-6-({(2R,3aS,3a'R,6S,7R,7' R,7aS,7a'S)-7'-[(2,4-dihydroxy-6-methylbenzoyl)oxy]-7-hydroxyoctahydro-4H-2,4'-spirobi[[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran]-6-yl}ox y)-4-hydroxy-5-methoxy-2-(methoxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-3-hydroxy-5-methoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-4- yl]oxy}-4',7-dihydroxy-4,6',7a-trimethyloctahydro-4H-spiro[1,3-dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-pyran]-5'-yl]oxy}-4-{[(2R,4S,5R, 6S)-5-methoxy-4,6-dimethyl-4-nitrotetrahydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3,5-dichloro-4-hydroxy-2-methoxy-6-methylbenzoate (non-preferred name) × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6I0Y TnaC-stalled ribosome complex with the titin I27 domain folding close to the ribosomal exit tunnel 提交 2018-10-26 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 6
1–121（121 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 143 ZN ZINC ION × 1 TRP TRYPTOPHAN × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.20 Å |
| 7N2C Elongating 70S ribosome complex in a fusidic acid-stalled intermediate state of translocation bound to EF-G(GDP) (INT2) 提交 2021-05-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 LG
1–121（121 aa）
|
未记录 | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 21 MG MAGNESIUM ION × 197 ZN ZINC ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SPD SPERMIDINE × 3 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.72 Å |
| 8PHJ cA4-bound Cami1 in complex with 70S ribosome 提交 2023-06-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 W
2–121（120 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 241 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.67 Å |