当前蛋白身份：P0A910
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BXW OUTER MEMBRANE PROTEIN A (OMPA) TRANSMEMBRANE DOMAIN 提交 1998-10-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
21–192（172 aa）
片段：TRANSMEMBRANE DOMAIN
|
突变：F23L, Q34K, K107Y | C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5；10 % PEG-8000 10 % MPD 0.05 M POTASSIUM PHOSPHATE PH 5.0
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分辨率 2.50 Å R-free 0.235 |
| 1G90 NMR Solution Structure of Outer Membrane Protein A Transmembrane Domain: 10 conformers 提交 2000-11-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
22–197（176 aa）
片段：TRANSMEMBRANE DOMAIN, RESIDUES 1-176
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突变：W15F, W57F, W102F, W103F. | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.3；323 K；离子强度（mmCIF原始值）0.050；压力 ambient
NMR样品组成
1mM OmpA(0-176) U-15N,13C,2H; 600 mM D38-DPC; 10 mM phosphate buffer; pH 6.3; 50 mM NaCl | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2GE4 High-resolution solution structure of outer membrane protein A transmembrane domain 提交 2006-03-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
22–197（176 aa）
片段：transmembrane domain
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突变：W15F, W57F, W102F, W143F | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.3；223 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成
1mM OmpA U-2H,13C,15N; 500mM DPC; 10mM phosphate buffer; pH 6.3; 50mM NaCl | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2JMM NMR solution structure of a minimal transmembrane beta-barrel platform protein 提交 2006-11-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
43–197（155 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] BBP+EF, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供 |
| 3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240） 与蛋白数一致 |
链 A
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
链 B
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
链 C
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.
|
分辨率 19.00 Å |
| 3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
链 B
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
链 C
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.
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分辨率 19.00 Å |
| 3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 A
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
链 B
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
链 C
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.
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分辨率 19.00 Å |
| 3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
链 B
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
链 C
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.
|
分辨率 19.00 Å |
| 3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
链 B
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
链 C
1–346（346 aa）
片段：outer membrane protein A
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.
|
分辨率 19.00 Å |
| 5M2Q Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66F, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-13 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–22（22 aa）
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突变：W66F | CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350
HEPES pH 7
Tryptone
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.249 |
| 5M2Q Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66F, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-13 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–22（22 aa）
|
突变：W66F | CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350
HEPES pH 7
Tryptone
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.249 |
| 6LYR Structure of the BAM complex 提交 2020-02-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 P
180–188（9 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；27-30% PEG 400, 100mM NaCl
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分辨率 3.28 Å R-free 0.280 |
| 9FZC Structure of OmpA-short in complex with nanobody Nb01 提交 2024-07-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
22–191（170 aa）
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未记录 | OCT N-OCTANE × 6 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG MME 2K
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分辨率 2.27 Å R-free 0.234 |
| 9FZC Structure of OmpA-short in complex with nanobody Nb01 提交 2024-07-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
22–191（170 aa）
|
未记录 | OCT N-OCTANE × 11 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG MME 2K
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.234 |