当前蛋白身份：P0A9B2
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1DC3 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–330（330 aa）
片段：APO
链 B
1–330（330 aa）
片段：APO
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.241 |
| 1DC3 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–330（330 aa）
片段：APO
链 B
1–330（330 aa）
片段：APO
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.241 |
| 1DC4 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–330（330 aa）
链 B
1–330（330 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.258 |
| 1DC4 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–330（330 aa）
链 B
1–330（330 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.258 |
| 1DC5 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–330（330 aa）
片段：APO
链 B
1–330（330 aa）
片段：APO
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.281 |
| 1DC5 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–330（330 aa）
片段：APO
链 B
1–330（330 aa）
片段：APO
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.281 |
| 1DC6 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES. 提交 1999-11-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–330（330 aa）
片段：HOLO
链 B
1–330（330 aa）
片段：HOLO
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.291 |
| 1DC6 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES. 提交 1999-11-04 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–330（330 aa）
片段：HOLO
链 B
1–330（330 aa）
片段：HOLO
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.291 |
| 1GAD COMPARISON OF THE STRUCTURES OF WILD TYPE AND A N313T MUTANT OF ESCHERICHIA COLI GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASES: IMPLICATION FOR NAD BINDING AND COOPERATIVITY 提交 1995-10-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 O
1–330（330 aa）
链 P
1–330（330 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å |
| 1GAE COMPARISON OF THE STRUCTURES OF WILD TYPE AND A N313T MUTANT OF ESCHERICHIA COLI GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASES: IMPLICATION FOR NAD BINDING AND COOPERATIVITY 提交 1995-10-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 O
1–330（330 aa）
链 P
1–330（330 aa）
|
突变：N313T 突变：N313T | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.17 Å |
| 1S7C Crystal structure of MES buffer bound form of glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase from Escherichia coli 提交 2004-01-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–330（330 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 20 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；2.4M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.220 |
| 2VYN Structure of E.Coli GAPDH Rat Sperm GAPDH heterotetramer 提交 2008-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–331（331 aa）
链 B
1–331（331 aa）
链 C
1–331（331 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FMT FORMIC ACID × 14 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.2M NA FORMATE, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES PH 7.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.224 |
| 2VYV Structure of E.Coli GAPDH Rat Sperm GAPDH heterotetramer 提交 2008-07-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–331（331 aa）
链 B
1–331（331 aa）
链 C
1–331（331 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FMT FORMIC ACID × 14 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 1GP SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.2M NA FORMATE, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES PH 7.5
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.251 |
| 5O0V crystal structure of E. coli GAP-DH by fortuitous crystallization as an impurity from a solution of human liver FBPase 提交 2017-05-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–331（330 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；unknown
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.189 |
| 5ZA0 A cryo-protectant induces the conformational change of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 提交 2018-02-06 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–331（331 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277.15 K；Ammonium sulfate, MES
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.205 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 J
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 11 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 K
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 12 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 13 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 M
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 14 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 N
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 15 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 O
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 16 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 P
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 G
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 H
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 | Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 I
3–331（329 aa）
|
突变：D78G | AG SILVER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.240 |
| 6IO6 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A at non-catalytic site 提交 2018-10-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3–331（329 aa）
|
突变：D79G | AG SILVER ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.243 |
| 6IOJ Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A (apo-form) 提交 2018-10-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
3–331（329 aa）
|
突变：D79G | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.15M Malic acid, PEG3350 25%
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.221 |