当前蛋白身份：P0ABJ1
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CYW QUINOL OXIDASE (PERIPLASMIC FRAGMENT OF SUBUNIT II) (CYOA) 提交 1995-08-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
111–315（205 aa）
片段：PERIPLASMIC FRAGMENT (RESIDUES 111 - 315)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.326 |
| 1CYW QUINOL OXIDASE (PERIPLASMIC FRAGMENT OF SUBUNIT II) (CYOA) 提交 1995-08-22 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
111–315（205 aa）
片段：PERIPLASMIC FRAGMENT (RESIDUES 111 - 315)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.326 |
| 1CYX QUINOL OXIDASE (PERIPLASMIC FRAGMENT OF SUBUNIT II WITH ENGINEERED CU-A BINDING SITE)(CYOA) 提交 1995-08-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
111–315（205 aa）
片段：PERIPLASMIC FRAGMENT (RESIDUES 111 - 315)
|
突变：N172H, S207C, S209E, Y210I, S211C, F215H | CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.5；pH 4.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.316 |
| 1FFT The structure of ubiquinol oxidase from Escherichia coli 提交 2000-07-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–315（315 aa）
|
未记录 | CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,
temperature 4K
|
分辨率 3.50 Å |
| 1FFT The structure of ubiquinol oxidase from Escherichia coli 提交 2000-07-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
1–315（315 aa）
|
未记录 | CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,
temperature 4K
|
分辨率 3.50 Å |
| 7CUB 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
25–315（291 aa）
|
未记录 | HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.55 Å |
| 7CUQ 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
25–315（291 aa）
|
未记录 | HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.64 Å |
| 7CUW Ubiquinol Binding Site of Cytochrome bo3 from Escherichia coli 提交 2020-08-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
25–315（291 aa）
|
未记录 | HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.63 Å |
| 8F68 E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase monomer 提交 2022-11-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
24–283（260 aa）
|
未记录 | HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 8F6C E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase dimer 提交 2022-11-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
24–283（260 aa）
链 F
24–283（260 aa）
|
未记录 | HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 HEO HEME O × 2 CU COPPER (II) ION × 2 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.46 Å |
| 8GO3 Cryo-EM structure of Escherichia coli cytochrome bo3 in DDM detergent 提交 2022-08-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–315（315 aa）
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未记录 | HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.09 Å |
| 8QQK Cryo-EM structure of E. coli cytochrome bo3 quinol oxidase assembled in peptidiscs 提交 2023-10-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–315（315 aa）
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未记录 | POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20mM Tris-HCL, 150mM NaCl, 2% Glycerol, filtered and degassed.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |