当前蛋白身份：P0C0S5
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3WA9 The nucleosome containing human H2A.Z.1 提交 2013-04-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–128（128 aa）
链 G
1–128（128 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.07 Å R-free 0.271 |
| 4CAY Crystal structure of a human Anp32e-H2A.Z-H2B complex 提交 2013-10-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
19–128（110 aa）
片段：GLOBULAR DOMAIN, RESIDUES 19-128
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M NA CACODYLATE, PH 7.0, 0.2 M NA FORMATE, 24% TO 30% PEG 3350
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.195 |
| 4NFT Crystal structure of human lnkH2B-h2A.Z-Anp32e 提交 2013-11-01 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
16–114（99 aa）
片段：UNP residues 34-126, 16-114
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；0.2M Sodium thiocyanate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.273 |
| 4NFT Crystal structure of human lnkH2B-h2A.Z-Anp32e 提交 2013-11-01 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
16–114（99 aa）
片段：UNP residues 34-126, 16-114
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；0.2M Sodium thiocyanate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.273 |
| 4NFT Crystal structure of human lnkH2B-h2A.Z-Anp32e 提交 2013-11-01 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
16–114（99 aa）
片段：UNP residues 34-126, 16-114
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；0.2M Sodium thiocyanate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.273 |
| 4NFT Crystal structure of human lnkH2B-h2A.Z-Anp32e 提交 2013-11-01 | Assembly 4 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
16–114（99 aa）
片段：UNP residues 34-126, 16-114
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；0.2M Sodium thiocyanate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.273 |
| 5B31 The crystal structure of the heterotypic H2AZ/H2A nucleosome with H3.1. 提交 2016-02-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–128（128 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 8 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.271 |
| 5B32 The crystal structure of the heterotypic H2AZ/H2A nucleosome with H3.3. 提交 2016-02-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–128（128 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.259 |
| 5B33 The crystal structure of the H2AZ nucleosome with H3.3. 提交 2016-02-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–128（128 aa）
链 G
1–128（128 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.252 |
| 5CHL Structural basis of H2A.Z recognition by YL1 histone chaperone component of SRCAP/SWR1 chromatin remodeling complex 提交 2015-07-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
22–113（92 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.19 mM CYMAL-7, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 40% Polyethylene glycol 400
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.231 |
| 5FUG Crystal structure of a human YL1-H2A.Z-H2B complex 提交 2016-01-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
19–128（110 aa）
片段：GLOBULAR DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M SUCCINIC ACID/PHOSPHATE/GLYCINE SYSTEM PH 6/7 ; 25% PEG 1500
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.243 |
| 5FUG Crystal structure of a human YL1-H2A.Z-H2B complex 提交 2016-01-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
19–128（110 aa）
片段：GLOBULAR DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M SUCCINIC ACID/PHOSPHATE/GLYCINE SYSTEM PH 6/7 ; 25% PEG 1500
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.243 |
| 5FUG Crystal structure of a human YL1-H2A.Z-H2B complex 提交 2016-01-27 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
19–128（110 aa）
片段：GLOBULAR DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M SUCCINIC ACID/PHOSPHATE/GLYCINE SYSTEM PH 6/7 ; 25% PEG 1500
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.243 |
| 5FUG Crystal structure of a human YL1-H2A.Z-H2B complex 提交 2016-01-27 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 J
19–128（110 aa）
片段：GLOBULAR DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M SUCCINIC ACID/PHOSPHATE/GLYCINE SYSTEM PH 6/7 ; 25% PEG 1500
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.243 |
| 5Z30 The crystal structure of the nucleosome containing a cancer-associated histone H2A.Z R80C mutant 提交 2018-01-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–128（128 aa）
链 G
1–128（128 aa）
|
突变：R80C 突变：R80C | CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.243 |
| 6JOU Crystal structure of the human nucleosome containing H2A.Z.1 S42R 提交 2019-03-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–128（128 aa）
链 G
1–128（128 aa）
|
突变：S42R 突变：S42R | MN MANGANESE (II) ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.250 |
| 7YRD histone methyltransferase 提交 2022-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
11–123（113 aa）
链 G
11–123（113 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7YRG histone methyltransferase 提交 2022-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
11–123（113 aa）
链 G
11–123（113 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8JHF Native SUV420H1 bound to 167-bp nucleosome 提交 2023-05-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
14–126（113 aa）
链 G
14–126（113 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.68 Å |
| 8T9F Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-06-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–128（128 aa）
链 G
1–128（128 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8THU Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-07-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–128（128 aa）
链 G
1–128（128 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9C62 P400 subcomplex of the native human TIP60 complex 提交 2024-06-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 N
1–128（128 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.28 Å |
| 9GCG CryoEM structure of the human INO80 core- H2A.Z nucleosome complex 提交 2024-08-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 O
2–128（127 aa）
链 S
2–128（127 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.43 Å |
| 9GE4 CryoEM structure of the human INO80 core- H2A.Z nucleosome complex 提交 2024-08-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 O
2–128（127 aa）
链 S
2–128（127 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 9INC High resolutional Crystal Structure of human H2A.Z-H2B dimer in complex with human YL1-Z domain 提交 2024-07-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
17–114（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；45% PEG200
0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.257 |
| 9INC High resolutional Crystal Structure of human H2A.Z-H2B dimer in complex with human YL1-Z domain 提交 2024-07-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
17–114（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；45% PEG200
0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.257 |
| 9INC High resolutional Crystal Structure of human H2A.Z-H2B dimer in complex with human YL1-Z domain 提交 2024-07-06 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
17–114（98 aa）
链 D
17–114（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；45% PEG200
0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.257 |
| 9OGR Cryo-EM analysis of human H2A.Z on methylated Sat2R-P DNA (v1) 提交 2025-05-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–128（127 aa）
链 G
2–128（127 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 9OGS Cryo-EM analysis of human H2A.Z on Sat2R-P DNA (v1) 提交 2025-05-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–128（127 aa）
链 G
2–128（127 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9OGZ Cryo-EM analysis of human H2A.Z on Sat2R-P DNA (v2) 提交 2025-05-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–128（127 aa）
链 G
2–128（127 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9OH0 Cryo-EM analysis of human H2A.Z on methylated Sat2R-P DNA (v2) 提交 2025-05-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–128（127 aa）
链 G
2–128（127 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 9OH1 Cryo-EM analysis of human H2A.Z on 601L DNA 提交 2025-05-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–128（127 aa）
链 G
2–128（127 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 9OH2 Cryo-EM analysis of human H2A.Z on methylated 601L DNA 提交 2025-05-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–128（127 aa）
链 G
2–128（127 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 9UBD The Structural Basis of the Recognition of the Histone Variant H2A.Z by the SRCAP Catalytic Subunit 提交 2025-04-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
17–114（98 aa）
链 D
17–114（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M Potassium thiocyanate 15 % w/v PEG 3,350 pH 7.0
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.288 |